超人的な頭脳を持つ根っからの科学少年・千空と体力自慢でまっすぐな性格の親友・大樹。幼馴染の杠に、長年片想いし続けている大樹は、千空にからかわれつつも、ついに杠への想いを告げようとする。しかし、突如、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして全て〝石化〟してしまう謎の現象が起こる……!!それから約3700年後――。文明が全て消えた〝石の世界〟（ストーンワールド）〟で、石化から解放された千空と大樹は再会を果たし、ゼロから文明を作り出すことを誓う！