2401. In una zona di spazio al di fuori dei confini della Federazione, Beverly Crusher, ex ufficiale medico delle Enterprise D ed E, si trova a bordo della nave scientifica SS Eleos XII. Il computer di bordo trasmette il diario di un episodio avvenuto trent'anni prima, quando l'Enterprise D dovette nascondersi in una nebulosa per sfuggire a un cubo Borg. Improvvisamente la Eleos viene attaccata e abbordata da degli alieni sconosciuti.

Due settimane prima, Jack, a bordo della Eleos, si era recato su Sarnia I, in quarantena a causa di un'epidemia, per consegnare un carico di medicinali. Intercettato dai Rangers Fenris (organizzazione di vigilantes di cui faceva parte Sette prima di arruolarsi nella Flotta), non avendo alcuna autorizzazione, aveva cercato di corrompere i rangers con un container di phaser da dividere coi signori della guerra del pianeta. Il capo dei rangers aveva accettato, ma con una comunicazione aveva anche avvisato una certa "donna segnata" di aver trovato il ragazzo.

Nel 2381, circa due anni dopo gli avvenimenti narrati in Star Trek - La nemesi, Picard e Riker si incontrano nel bar di 10, Forward Avenue (che sarà successivamente gestito da Guinan) per brindare al primogenito di Riker, allora capitano della Titan. Qui William racconta all'amico che per arrivare in infermeria e assistere al parto di Deanna ci mise diciasette secondi esatti.

Con il tempo che sta per scadere, Picard, Riker e l'equipaggio devono affrontare i peccati del loro passato e sanare nuove ferite, mentre la Titan è alla deriva impotente verso la distruzione certa all'interno di una misteriosa anomalia spaziale.

Jack continua ad avere visioni violente in cui immagina di massacrare i membri dell'equipaggio, mentre la Flotta prende contatti con Shaw per farsi consegnare Picard e Riker, affinché rispondano della loro insubordinazione, e perché sia consegnato anche il giovane Crusher; con grande sorpresa dei due, l'ufficiale della Flotta venuto a prenderli a bordo della USS Intrepid è una vecchia coscenza di Picard.

Adesso in fuga, Picard e quello che rimane dell'equipaggio della USS Titan devono introdursi nella struttura più segreta della Flotta Stellare per smascherare un complotto che potrebbe distruggere la Federazione. Picard deve rivolgersi un vecchio amico.

Bloccato, con le spalle al muro e senza opzioni, Picard mette in atto uno stratagemma per intrappolare Vadic e rivelare il suo vero movente: una scommessa che pone la Titan nel mirino e costringe Picard e Beverly a mettere in discussione ogni codice morale che abbiano mai osservato.

Vadic costringe Picard a fare una scelta impossibile: consegnare ciò che non potrà mai dare... o vedere il suo equipaggio morire. La loro unica salvezza risiede nella mente di un vecchio amico e di un vecchio nemico.

Una rivelazione devastante su Jack cambia per sempre il corso della vita di Picard e svela una verità che minaccia ogni anima della Federazione. La battaglia finale ha inizio quando Picard e il suo equipaggio corrono per salvare la galassia dall'annientamento, ma non senza un costo straziante.

In un'ultima disperata battaglia, Jean-Luc Picard e generazioni di equipaggi vecchi e nuovi combattono insieme per salvare la galassia dalla più grande minaccia che abbiano mai affrontato, mentre la saga di Star Trek: The Next Generation giunge a un'emozionante ed epica conclusione.