À la fin du 24è siècle, 14 ans après avoir quitté Starfleet, Jean-Luc Picard mène une retraite paisible dans son vignoble du Château Picard. Lorsqu'il est sollicité par une mystérieuse jeune femme, Dahj, qui a besoin de son aide, il se rend rapidement compte qu'elle a peut-être un lien avec son propre passé.

Picard débute son enquête sur la mystérieuse Dahj et sur ce qu'elle représente pour la Fédération. Sans le soutien de Starfleet, Picard est forcé de chercher de l'aide ailleurs, y compris auprès du Dr Agnes Jurati et d'une ancienne collègue, Raffi Musiker. Au même moment, des ennemis insoupçonnés sont intéressés par les conséquences des découvertes de Picard au ...

Dans l’ignorance absolue de sa nature spéciale, Soji continue son travail et attire l’attention du directeur exécutif du projet de recherche du Cube Borg. Après avoir rediscuté les événements passés avec la réticente Raffi, Picard cherche d’autres gens prêts à partir à la recherche de Bruce Maddox, y compris le pilote et ancien officier de Starfleet, Cristóbal Rios.

L'épopée de l'équipage vers Freecloud fait un détour quand Picard ordonne un arrêt à la planète Vashti où Picard et Raffi ont relocalisé des réfugiés romuliens 14 ans plus tôt. À son arrivée, Picard retrouve Elnor (Evan Evagora), un jeune Romulien avec lequel il est devenu ami durant la relocalisation. Pendant ce temps, Narek continue ses tentatives pour en savoir plus sur Soji, tandis que l'impatience de Narissa grandit face à son manque de progrès.

L'équipage de La Sirena se lance dans une expédition imprévisible et mouvementée sur Freecloud à la recherche de Bruce Maddox. Quand ils apprennent que Maddox se trouve dans une situation dangereuse, un être familier offre son assistance.

Picard et son équipage suivent Soji jusqu'au Cube Borg dans l'espace romulien, ce qui fait ressurgir des souvenirs hantants pour Picard. Entre-temps, Narek croit avoir enfin trouvé un moyen d'exploiter Soji en toute sécurité pour lui soutirer des informations.

Picard et Soji se transportent sur la planète Nepenthe où vivent de vieux amis dignes de confiance. Tandis que les autres membres de l’équipage de La Sirena essaient de les rejoindre, Picard aide Soji à y voir clair dans sa mémoire récemment retrouvée. Entre-temps, Hugh et Elnor sont sur le Cube Borg et doivent affronter la colère de Narissa.

Quand des vérités dévastatrices sur l'attaque contre Mars sont révélées, Picard réalise jusqu'où beaucoup sont prêts à aller pour préserver des secrets qui remontent à plusieurs générations. Entre-temps, l'équipage de La Sirena est aux prises avec ses propres secrets et révélations. Narissa ordonne à ses gardes de capturer Elnor, déclenchant une chaîne d'événements inattendus sur le cube Borg...

Après un transit peu conventionnel et dangereux, Picard et son équipe arrive enfin au foyer planétaire de Soji, Coppelius. Néanmoins, avec les oiseaux de guerre Romuliens à leurs trousses, leur arrivée présente un plus grand danger que prévu. L'équipe découvre plus de chose qu'elle ne s'y attendait sur les habitants de la planète.

Une confrontation finale dans le foyer planétaire des Synthétiques, Coppelius, dresse Picard et son équipe contre les Romuliens, aussi bien que les Synthétiques qui cherchent à sauver leur existence à n'importe quel prix.

Premier épisode de la saison. Starfleet doit à nouveau faire appel au légendaire Jean-Luc Picard quand des membres de son ancien équipage - Cristóbal Rios, Seven of Nine, Raffi Musiker et le Dr Agnes Jurati - découvrent une anomalie dans l'espace qui menace la galaxie.

Picard se retrouve transporté dans une ligne temporelle alternative en l'an 2400 où son ennemi de toujours, Q, a orchestré un dernier "procès". Picard recherche son équipage de confiance et tente de trouver la cause de ce futur dystopique.

Picard et son équipage voyagent en 2024 à Los Angeles, à la recherche du « guetteur » qui pourrait les aider à identifier l'instant où la divergence temporelle s'est produite. Seven, Raffi et Rios s'aventurent dans l'inconnu en plongeant 400 ans dans le passé, tandis que Picard et Jurati tentent de soutirer des informations à un allié aussi improbable que dangereux.

Alors que le temps presse pour sauver le futur, Picard décide de prendre les choses en main et d'appeler une vieille amie à la rescousse. Pendant ce temps-là, Rios se retrouve du mauvais côté de la loi et Jurati conclut un marché avec la reine borg.

Picard découvre qu'une personne importante de son passé pourrait jouer un rôle prépondérant dans la divergence chronologique. Q continue de manipuler le temps en s’intéressant au Dr Adam Soong. Seven et Raffi viennent à la rescousse de Rios, tandis que Jurati affronte les conséquences de son accord avec la reine borg.

Avec l'aide de Tallinn, Picard et l'équipage infiltrent un gala la veille du lancement d'une mission spatiale, afin de protéger l'astronaute amenée à jouer selon eux un rôle dans la restauration de la chronologie, Renée Picard. Kore fait une découverte bouleversante concernant les travaux de son père.

Tallinn s'aventure dans le subconscient de Picard pour l'aider à sortir du coma, et affronter à la fois ses secrets les plus sombres et ses peurs les plus profondes. Redoutant que Jurati ne succombe au monstre en elle, Seven et Raffi se lancent à sa poursuite. Rios s'efforce de cacher sa véritable identité à Teresa.

Le lancement de la Mission Europe approche. Picard et Guinan, emprisonnés par le FBI, tentent de se libérer. Seven et Raffi retrouvent Jurati et découvrent l'abomination qu'elle est devenue.

Picard et son équipage luttent pour leur survie, tandis qu'un vieil ennemi les attaque sous une nouvelle forme. Mais pour y parvenir, Picard doit affronter les fantômes de son passé. Seven et Raffi vivent une confrontation finale avec Jurati.

Dans le final de la saison deux, à quelques heures du lancement de la Mission Europe, Picard et l'équipage se lancent dans une course contre la montre pour sauver le futur.