コールドスリープから目覚めたナツは、共に目覚めた牡丹、嵐、蟬丸と一緒にボートで近くの猫に似た形の島へ漂着する。ナツたちはどこか分からない島でサバイバル生活を余儀なくされる。

巨大化した植物や、凶暴化した動物や昆虫によって、いくつものピンチがナツたちを襲う。ナツたちの窮地を救った謎の人物"百舌"の言葉に、蟬丸が何かを知っていそうな牡丹を問い詰める。

残りの夏のBチームと合流したナツたちは、自分たちが九州近海に、他の各チームはばらばらの場所に集められたこと知る。そこで救援物資がある"7つの富士"の一つ、由布岳を目指すことになる。

東京を目指し、北上していたナツたちは神戸付近で秋のチームが生活する村を見つける。初めて他のチームに出会ったナツたちだったが、秋ヲと蘭の厳しい村のルールに驚愕する。

東京にたどり着いたナツたちは、冬のチームの新巻と出会う。彼は冬のチームは自分一人だけだという。一方、花たち春のチームも神奈川にある"7つの富士"の一つの経ヶ岳にたどり着いていた。

15年先に目覚めたと話す新巻を花たちは初めは疑いつつも、美しい投球ホームを見て甲子園で活躍したあの新巻だと信用する。雨季に入り、青紫の謎の液体が植物や動物を侵食しはじめる…。

ハルが見つけた足跡を辿り、花たちは地下の建物に入る。そこで、秋のチームと遭遇し、ハルが捕まってしまう。解放する代わりにある場所に行って欲しいと指示され、巨大な避難シェルターへ辿りつく。

龍宮シェルターを出た花たちは、安居たち夏のAチームと遭遇した。一方、はぐれた桃太郎はあゆに助けられ看病されるが次第におかしいと気づく。花たちはついに桃太郎を発見するが…。

白いコウモリに襲われ、共闘することになった花と安居たち。夏のAチームの高い能力によって救われ、安居から意外な提案をされる。ナツたちは目覚めた春のチームのひばりから蛍の話を聞く。

"7SEEDSプロジェクト"の試験中、安居は未来に行く以外自分たちが生きて出ることができないと知ってしまう。安居が懲罰房から戻ってから、試験中立て続けに事故が起こるようになる。

花の父親が"7SEEDSプロジェクト"の首謀者の一人だと知る安居たち。安居は花への敵意が収まらずにいた。一方、ナツたちは秋のチームが住んでいた村に着き、花が書いた嵐への手紙を見つける。

水を探すため洞窟の中に入る花たち。暗がりの地下に降りる恐怖を感じながらも、探索を進める花だったが、涼があることを尋ねる。その頃、安居は洞窟内で茂を助けられなかった時の記憶が蘇る。

解除装置の故障でミサイルの発射が止められず、諦めて脱出を目指す夏のＢチームと安居、涼の２人。一方、活性化したバクテリアが鉄を含んだ血を求め、嵐とナツに襲い掛かる。非情にもミサイルの発射のカウントダウンが刻一刻と迫る…。

安居と涼は途中で見つけた夏のＢチームをしばらく観察するつもりだったが、偶然まつりを助けたことから合流することになる。夏のＡチームと全く違う様子に戸惑う２人だったが、安居は鈍臭いが真面目なナツに目をかけるようになる。

安居と涼によって、座礁していた船が使えるようになり、夏のＢチームは海へと繰り出すが、思わぬトラブルが発生する。そのころ、ひばりは同じ春のチームの１人である角又と出会っていた。

船の中でサウナを満喫する夏のＢチームだったが、蟬丸が外に出ようとすると扉が開かなくなっていた。ナツは自分たちが落ちこぼれチームであることを安居に話すが、それを聞いた安居は苛立ちを覚える。

一人、海に取り残されてしまった嵐は、海藻で筏を作り小さな島に流れ着く。一方、海へと流されていた花も目を覚まし、一人でも生き抜くことを決意して、動物たちと触れ合いながらサバイバルを始める。

夏のＢチームと安居、涼の２人を乗せた船は一面を藻に覆われた海域に流れ着き、巨大な船を発見する。巨大船の中に入る夏のＢチームの一方で、船に残ったちまきは帆を下ろそうとして、海に投げ出されてしまう。

突如動き出した巨大船 富士号の中で、散り散りになる夏のＢチーム一行。ナツを探す安居は過去のトラウマから平常心を失ってしまう。夏のＢチームの船に合流した嵐はちまきを救助し、皆を追って富士号へと足を踏み入れる。

気が動転した安居は嵐に銃を向け、別の場所でも、焦って発砲した蟬丸が涼に撃たれていた。螢と牡丹は富士号の再起動により始まった日本列島へのミサイル攻撃を止めるべく、コントロールルームを目指す。

動物たちが集まる水場で大型爬虫類に狙われた花と小動物たちは、巨大な植物の罠で親を亡くした馬に似た動物の子供を助ける。富士号の中では合流したナツと嵐、安居の前で、鉄を食べるバクテリアが急激に増殖を始めた。

富士号の中で転落しかけたナツの姿を見て取り乱した安居が、ナツと嵐に選抜テストの思い出を語りだす。一方、無事に藤子、ちさと合流した花は２人との会話の中で安居と涼に殺されかけた記憶を取り戻していた。

合流した涼から茂についての真実を聞いた安居。揃って上を目指す一行は、螢、牡丹と合流しミサイルの発射を止めるべく動き出す。連絡を取り合いながら、順調にパスワードを集めていく夏のＢチームだったが…。

解除装置の故障でミサイルの発射が止められず、諦めて脱出を目指す夏のＢチームと安居、涼の２人。一方、活性化したバクテリアが鉄を含んだ血を求め、嵐とナツに襲い掛かる。非情にもミサイルの発射のカウントダウンが刻一刻と迫る…。