大正时期。灶门炭治郎和家人一起在山里过着朴实而幸福的日子。有一天，去镇上卖炭的炭治郎回到山里，家人被鬼袭击、在血泊中死去。灶门炭治郎为了救助唯一幸存的妹妹祢豆子，背着她拼命向雪山下走去。途中，祢豆子突然发出呻吟声，袭击了炭治郎。

鬼杀队——自古就存在的专门狩猎鬼的组织。为了应对入伍考试“最终选拔”，鳞泷左近次开始了对炭治郎的训练。奔波于布满各式各样圈套的山下、刀的挥舞、瀑布修行，以及呼吸法……来到狭雾山一年后，鳞泷对炭治郎说“已经没有东西能够教你了”，在巨大的岩石面前，鳞泷向炭治郎提出了去进行最终选拔的条件。

最终选拔的合格条件是，在囚禁着鬼杀队所捕捉的鬼怪们的藤袭山中存活超过7天。赌上年轻剑士和鬼的生命的战斗开始了。炭治郎用从鳞泷左近次处学到的呼吸法和战斗法斩杀了鬼。两年的锻炼并没有白费。然而，在那样的炭治郎面前，不应当出现在藤袭山的异形的鬼出现了。

朝阳升起，在七天的战斗中幸存下来的剑士们只有四人。迎接活下去的炭治郎等人的向导，向炭治郎等人说明了鬼杀队的情况。炭治郎等人被给予了鬼杀队的队服、负责传令的鎹鸦，最后选择了制造各自日轮刀的玉钢。之后，等待着回到鳞泷家的炭治郎的是――

身穿鬼杀队队服的炭治郎，腰间佩戴着日轮刀，背着鳞泷特制的省着祢豆子的木箱，去进行鬼杀队的首个任务。每晚都有少女失踪的小镇，在那里，炭治郎遇到了恋人消失后憔悴不堪的和巳。确实，附近有鬼的味道，但是哪里都看不到鬼的身影。

分裂成三人的鬼将炭治郎逼入绝境，此时祢豆子向鬼发动袭击。变成了鬼的妹妹并不是弱小到必须保护的存在——。下定决心的炭治郎，追赶着分裂出的其中一只鬼跳入到从地面蔓延开的沼泽。在沼泽中等待着炭治郎的是——

下一个任务的舞台是东京·浅草市。对大正繁华的都市街道感到不知所措的炭治郎，在那里嗅出了鬼的味道。炭治郎追寻着气味的源头与鬼舞辻惨无惨相遇。但是，炭治郎在打算斩杀鬼舞辻之时，鬼舞辻把路过的人类变成鬼，令城市陷入混乱。在拼命收拾残局的炭治郎面前，某个人物现身了——

帮助炭治郎的人，是名为珠世和愈史郎的鬼。珠世将炭治郎他们引领至施有“目隐”之术的宅邸。在宅邸中，炭治郎通过与珠世的对话找到了将鬼变回人类的出路。这时——追赶着炭治郎的两个鬼发现了宅邸的位置，展开了猛烈的攻击。

炭治郎的困境还在继续。对于矢羽临终前使出的血鬼术“红洁之箭”，炭治郎运用水之呼吸各型勉强熬过。另一方面，祢豆子和朱纱丸的战斗仍在继续，对这种状况感到担忧的珠世，使出了自己的血鬼术——

被鎹鸦告知下一个灭鬼之地位于东南南方向——在前往目的地的途中，炭治郎遇见了在最终选拔中幸存下来的同期剑士·我妻善逸。炭治郎虽然对善逸的消极态度感到棘手，但还是向深山里走去。在宅邸前遇到了哥哥被抓走的两个孩子。在那里，善逸听见了不知从何处传来的鼓声.....

死斗之后，炭治郎在与响凯的战斗中获胜。炭治郎走出宅邸外，遇到了先逃出去的善逸。然而，看到伤痕累累的善逸抱着装有祢豆子的木箱，拔出双刀、戴着猪头的男子站在一旁，炭治郎察觉到眼前的异样的状况——

炭治郎和伊之助同那田蜘蛛山的父亲鬼对峙。炭治郎准备应战之时，却被父亲鬼的怪力击飞，掉落到河川附近遇见了正在折磨姐姐鬼的鬼之少年·累。累将这一被恐怖与憎恶连结起来的关系称为“家族的羁绊”，令炭治郎激怒。累与炭治郎的战斗开始了。

鬼杀队最强的剑士柱到达了那田蜘蛛山。用一刀砍倒父鬼的水柱・富冈义勇，看到他的伊之助因为和自己的格差而兴奋，申请战斗；另一方面，中毒陷入濒死的善逸面前出现了虫柱·蝴蝶忍的身姿——

结束了战斗的炭治郎，与弥豆子一起被鬼杀队本部带走。在那里，鬼杀队的当主·产屋敷和最强的剑士·柱的「柱合会议」被进行。柱谴责了鬼杀队中保护鬼怪违反队规的炭治郎。并且风柱·不死川实弥，把刀转向了尔豆子——

在蝴蝶屋敷进行机能恢复训练的炭治郎，为了使全集中的呼吸能够持续一整天而努力修行。与最初完全敌不过的同期剑士·香奈乎的训练一点点也提高了效果。在每天修行不止的炭治郎的影响下，善逸和伊之助也返回训练……

炭治郎等人结束在蝴蝶屋的修练，前往下个任务的地点无限列车。他们在那里与先行抵达的炼狱会合。不知如何应对过于热情的炼狱的炭治郎、害怕鬼的善逸、以及对列车感到兴奋的伊之助。在这乘载众多乘客的列车上，即将开始新的战役。

祢豆子、善逸、炼狱为了从魇梦手中守护乘客挺身而战。另一方面，炭治郎跟伊之助发现了与列车融合的魇梦的脖子。两人同心协力抵抗魇梦接连不断使出的血鬼术，最终斩断魇梦的脖子，无限列车也跟着脱轨翻覆。两百多人的乘客与炭治郎等人的命运究竟会...

造访游郭的炭治郎等人，各自潜入了宇髓的老婆须磨、牧绪、雏鹤潜入的店家。炭治郎等人在店里一边实习工作，同时也搜索老婆们的下落。就在这时，伊之助听到了牧绪把自己关在房里不出门的传闻。

与堕姬持续进行激烈的战斗时，炭治郎连续使出对身体负担很大的「火之神神乐」。与此同时，抵达腰带鬼巢穴的伊之助，救出了被腰带囚禁的人们。被救出的牧绪、须磨、善逸加入战局，突然，巢穴的天花板被破坏了――宇髓便现身挥舞刀刃。

被堕姬蔑视人类生命所激怒，炭治郎更加猛烈地攻击她，并逐渐将恶魔逼入绝境。 但他已经超越了他的身体极限。 当炭治郎崩溃，一切似乎又迷失了时，祢豆子出现了。 一场恶战接踵而至，祢豆子开始变身为一种更像恶魔的形式……

炭治郎、善逸、伊之助前来与宇髓会合。善逸与伊之助合力对抗堕姬、炭治郎跟宇髓则面对妓夫太郎。然而在获得帮助的堕姬与妓夫太郎的猛攻之下，炭治郎等人陷入苦战。但是，有了雏鹤现身援护以及宇髓的协力，炭治郎将刀刃逼向妓夫太郎的颈...

一个多世纪以来，首例上弦之鬼的死亡在鬼之间引发涟漪。炭治郎前往刀匠村锻造新刀。

炭治郎和缘一零式开始训练，并被小铁坚持不懈的魔鬼式训练推向极限。通过这次训练，炭治郎掌握了一项新技能，即通过嗅觉预测对手的下一步行动会击中哪里。在训练中，炭治郎对缘一零式进行了一次打击，最终将其摧毁，但一把300多年前的剑从里面出现了...

玄弥瞄准了分裂出来的第五只鬼的脖子，然而意外的是，这只鬼的脖子异常坚硬，刀子断了，枪也无效，他被逼入了困境。意识到自己无法亲自斩断鬼的脖子，他将与被认为是本体的第五只鬼对峙的任务交给了炭治郎。炭治郎接受了玄弥的意志，挥动剑向逃窜的鬼劈下——

就算被鬼攻击受到伤害，小铁仍打算救出被玉壶制作的水所囚禁的无一郎。 看着小铁为了自己奋不顾身的模样，无一郎想到炭治郎说过的话，并回想起早已忘记的父亲的样貌。 无一郎得到小铁吹进水中的空气，使出浑身之力施展了霞之呼吸，终于从水中脱困......。