Arata Miyako vient prendre son nouveau poste de fonctionnaire à la mairie de Shinjuku. Il travaille de nuit avec une toute petite équipe, mais il ne sait pas encore en quoi consiste sa mission. Heureusement, ses collègues sont là pour l’initier aux mystères du monde nocturne et des créatures occultes qui le peuplent.

Arata Miyako vient de découvrir qu’il peut entendre et comprendre les conversations des non-humains. Mais même si ce don s’annonce comme un atout de taille dans son nouveau travail, le jeune homme a encore tout à apprendre de cet univers.

L’équipe de Shinjuku est tombée sur un bien étrange rituel dans le parc Toyama. En le touchant, Arata et Kyôichi sont téléportés face à un Autre plutôt joueur, et une horde de cadavres ambulants. La situation est plus critique que jamais !

Huehuecóyotl semble désormais habiter dans la chambre d’Arata, au même titre que Yuki. Mais cela ne change rien au travail des fonctionnaires de nuit qui doivent cette fois faire un recensement annuel des Autres résidant dans le secteur de Kabukichô.

La mairie de Tokyo qui se trouve à Shinjuku est l’objet d’une légende urbaine : prendre l’ascenseur pour l’observatoire peut vous conduire dans un autre monde et vous faire disparaître à jamais. Il semble grand temps d'enquêter sur ces rumeurs, qui ont bien l'air fondées.

Les jeunes filles utilisées lors du rituel jiangshi de Huehuecóyotl commencent à se réveiller et à témoigner. De nombreuses affaires de disparitions semblent désormais clairement liées entre elles, à travers l’espace et même le temps.

Toute l’équipe est désormais sur la piste d’Izumi et de la sœur de Kyôichi. Avec Theo à leurs côtés, il ne faut pas trop longtemps pour isoler des paramètres de recherche qui les mettent sur la voie du mystérieux démon au sable noir.

La sœur de Kyôichi ayant refait surface dans le monde des humains, il faut désormais la réintégrer dans la société, en prenant en compte tout le temps qui s’est écoulé. Arata va quant à lui approfondir sa relation avec Kohaku et partir sur les traces de Seimei.

Arata commence à avoir suffisamment d’expérience dans son travail pour se voir confier une affaire sans l’aide de ses deux collègues. Il devra cependant coopérer avec des agents extérieurs à son service.

En faisant équipe avec l’élite de la mairie de Tokyo, Arata a découvert de nouvelles méthodes de travail expéditives auxquelles il est fermement opposé. Malgré leur dispute, Satoru Kanoichi l’invite sur le chantier du nouveau stade olympique pour constater un nouveau phénomène.

Les méthodes radicales de Satoru Kanoichi se sont retournées contre lui, provoquant la colère d’une entité très puissante. L’oreille de sable d'Arata semble être le dernier espoir pour apaiser les tensions, mais peut-être est-il déjà trop tard.

Arata découvre un Autre isolé au beau milieu du parc de Shinjuku. Ce dernier semble avoir perdu la mémoire et est à peine en mesure de communiquer. Mais qui est-il ? C’est décidé, cette fois, Arata s’occupera tout seul de ce cas.