元ボクサーの一號は引退後、都内の交番に勤務するいわゆる「街のお巡りさん」として地域住人のために、日々の仕事を懸命にこなす毎日を送っていた。そんなある日、新宿の雑居ビルでひとりの刑事が脚を撃たれる。そこには大量の銃器類・手榴弾が置かれている。ビルの外に警察が集まってきた様子を見て、傷害やクスリ絡みの犯罪を派手にやっている、俗に言う「半グレ」（暴力団に属さず犯罪行為を行う不良集団）のリーダー格・興津（渋谷謙人）が、今から戦争だと仲間たちに声をかける。総理から直ちにSATを投入せよとの命令が下り、蘇我らSAT隊員たちは現場へ出動する。隊長・中丸が無線で各隊員に制圧の命令を下そうとしたとき、警視総監から指示があるまで待機しろとの命令が。興津らは付近で女性を誘拐し、現金3億円と海外へ逃亡する航空機を要求してきたのだった。さらに興津らは日本の警察は人の命が第一だから人質がいると撃ち返せないとたかをくくり、窓から人質を突き落とす。最前線にいた銃対員・篠田（小澤亮太）は、人質を受けとめるつもりで列から飛び出してしまう。しかしその人質はマネキンで、篠田がそれに気づいた瞬間、銃声が響き篠田の身体が地面に打ち倒される。興津らは篠田を的に銃を乱射し、「警察狩りだ！」とからかうように叫ぶ。身動きが取れない他の銃対員たちのなか、野次馬の足止めのため応援警官として集められていた一號が、盾2枚を結合し篠田に向けて駆け出していく。周囲がどよめくなか篠田を守るように盾を構える一號に、興津たち「半グレ」集団の容赦ない銃弾の雨が降り注ぐ…。そしてその頃、まだ公表されていない新設の特殊部隊チーム、第3の「S」が極秘に投入されていた！

事件のない日々が続き、新設されたNPSの本部で暇を持て余す一號（向井理）ら隊員たち。思い思いの時を過ごしているなか、速田（平山浩行）は、嘘のつけない一號に対して特殊部隊の機密保持ができているのかという不安を口にする。すると突然、梶尾（高橋努）から一號への抜き打ちテストとして、チーム結束にも繋がる、あるミッション＝合コンの幹事を務めるという指令を受ける。一號が、商店街でゆづる（吹石一恵）に合コンのセッティングをお願いしながら歩いていると、停車したスポーツカーから秋（土屋アンナ）が現れる。遅れてきた香椎（大森南朋）が一號の母・花（朝加真由美）の店「定食屋まんぷく」で秋の「実験」につき合わされているところに、速田から都内のデパートで爆発が発生したという連絡が入る。NPS本部に集まった香椎、一號らに捜査帰りの速田と梶尾が事件の報告をする。人為的な爆発、つまりテロの可能性があり、爆破の規模からしてプラスティック爆弾の可能性が高いとうう報告を受けた香椎は、嫌な予感がしていた…。翌日、警察長官・官房審議官の天城（菅原大吉）からSAT隊長の中丸（髙嶋政宏）に一本の連絡が入る。銀行強盗が発生したため、SATはNPSの指揮の元で動くようにという官房長官からの出動要請だった。蘇我（綾野剛）はじめSATの隊員たちは、新設部隊NPSの指揮でSATが動くことに納得できないでいる。そんななか、香椎は犯人の状況を把握するため、一號に偵察命令を下す。現場に潜入するため、建物の共同溝に向かうと、中丸と蘇我が立っていた。中丸はNPSの潜入作戦にSATから蘇我を出すといいだす。こうして一號と蘇我は、初めてバディを組むことになったのだが…

全国にNPSの存在を周知させるため、NPSを代表してTVのインタビュー取材を受けることになった一號（向井理）。特殊部隊に所属する人間がカメラの前に顔を晒すことは、本来あり得ないことである。蘇我（綾野剛）らSATの隊員たちは、一號がＴＶのインタビューで顔を出しているニュースを複雑な思いで見ていた。創設以来30年。ひたすら身分を隠し、家族にも伝えず遺書まで書いて、ただこの国の治安を守るために汗を流してきたSATの隊員たちは、創設されて間もないNPSの行動に、同じ特殊部隊として屈辱と怒りが込み上げる。そんな中、NPSとSATが合同訓練を行うことが決定する。挨拶に訪れた蘇我らと一號たちは訓練についての書類に目を通しながらも激しく睨み合い、合同訓練に不満を漏らす一號に、蘇我は冷たい視線を向け挑発するのだった。合同訓練は1日目の夜に『障害踏破訓練』、2日目は朝から『エントリー訓練』を行うことになっている。不穏な動きを感じていたNPS隊長・香椎（大森南朋）は、無事に訓練が終わることを祈るのだった。そして、いよいよNPSとSAT、どちらがこの国を守るにふさわしい部隊かを決める合同訓練が始まる。号令と共に一號らは闘志をむき出しに障害踏破訓練へと駆け出すその頃、エントリー訓練の人質役に自ら志願していた秋（土屋アンナ）のもとに、国際テロリストとささやかれるM（オダギリジョー）の影が忍び寄っていた…

郊外の訓練施設で実施されたSATとNPSの合同訓練。初日の障害踏破訓練、異なる理念を掲げる2つの特殊部隊の直接対決は、互いの意地と誇りをぶつけ合う熾烈な戦いとなった。二日目「エントリー訓練」の直前に、前代未聞の事件が発生する。「エントリー訓練」に人質役を買って出ていた横川秋（土屋アンナ）が、会場に向かう途中で国際テロリスト「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）に襲撃され拉致されたのだ。警察幹部たちは、日本警察最後の砦たる「S」が出し抜かれたという失態を公にすることを良しとせず、警察内部にも極秘でSAT本部に現場警備本部を設置することにする。息詰まる時間が流れるなか、警察幹部の対応に憤りを感じる一號（向井理）の携帯に、秋からのメールが届く。添付された動画には、傷だらけでグッタリしている秋が拘束されている姿と、銃を秋に突きつけている正木の姿が写っている。そして、正木が一號に対して「お前が一人でここに来い。さもないと、この女の命はない」とメッセージを告げるのだった。「N」システムの照会データと現場付近の防犯カメラ、送られてきた動画の音声解析で秋が拉致された場所をつきとめたSAT・NPSの隊員たちは、ついに侵入を始めるのだが、それは一號を孤立させるための罠だと蘇我（綾野剛）は気がつく。香椎（大森南朋）はそのことを一號に告げるのだが、すでに一號の前には正木が姿を現し･･･。

NPSのメンバーがSATから出向してきた蘇我（綾野剛）の歓迎会を開いていた 頃、女子高生の加藤由真（飯豊まりえ）が、睡眠薬で自殺を図ったという連絡が入る。ここしばらく、自殺者の傍から「M」が使用するのと同じ、ナイクラッド弾が残されている事件が連発していたことが判明し、「M」との関連性が疑われていた。由真が救急車で運ばれた先は、偶然ゆづる（吹石一恵）が勤める病院で、床の上に落ちた拳銃の弾を拾ったゆづるは、ちょうど入院していた秋（土屋アンナ）に、拳銃の弾を見せ相談する。一命を取り留めた由真から一號（向井理）らは話を聞くと、その背景に「神父」というハンドルネームの人物が浮かび上がる。NPSは、「神父」の居場所をつきとめ、確保に向かう。「神父」こと板橋満生（滝藤賢一）の部屋に突入するが、板橋の姿はなかった。その頃、板橋はナイクラッド弾の箱を持って交番に自首をしていたのだった。「神父」こと、板橋から話を聞く一號たちだが、その真意は…。

古橋（池内博之）の別れた妻・西原由紀子（白羽ゆり）と山梨で暮らす息子・史郎（山田日向）が、突然ひとりで古橋を訪ねてきた。理由を聞いても黙っている史郎に困った古橋は、休暇をとっていた一號（向井理）の家に史郎を連れて行く。一號は古橋、史郎、そしてゆづる（吹石一恵）、と近くの公園に遊びに行くことに。夕方になって、史郎を迎えに来た古橋の元妻・由紀子の再婚話を聞いた古橋は、ショックを受け動揺する…。家路へと向かう高速バスまで見送りに来た古橋は、最後の別れ際、史郎に大ッ嫌いと言われてしまう。ゆづるに諭されるも、何も居えずに見送る古橋。そして由紀子と史郎が乗ったバスが高速道路に入った頃、乗客の廣田秋人（若葉竜也）がリュックから鋭い鎌を取り出し運転手の首にあて、行き先の変更を求める。バスジャックの知らせを受けたNPS隊長・香椎（大森南朋）からの電話で史郎たちの乗ったバスがバスジャックされたことを知った一號と古橋は、古橋の車でそのままバスを追いかけ…。

古橋（池内博之）の離婚した妻・由紀子（白羽ゆり）と共に暮らしている一人息子の史郎（山田日向）が突然訪ねてきたものの、その真意を量りかねたまま、河口湖行きのバスへと見送った古橋、一號（向井理）、ゆづる（吹石一恵）。気まずい思いをしたまま別れた古橋たちだが、そのバスが乗客の廣田秋人（若葉竜也）によりバスジャックされてしまう。その頃ゆづるの祖父・棟方耕三（本田博太郎）が狭心症で入院してしまい、一號・ゆづるは不安な思いを抱えているところにNPS隊長の香椎（大森南朋）からバスジャックの連絡を受け、古橋が犯人との交渉にあたる。指揮を執るSATは代替バスを用意し、一気にカタをつけたい算段だが、人質のいる状況で犯人の目的がわからないまま、時間だけが過ぎていく。史郎の機転で、犯人の行き先の見当がついた速田（平山浩行）たちは、ここ数年、没交渉だったと言う犯人・廣田秋人の父親・廣田春貴（大河内浩）を説得のために連れてくる。「SATは人質の命優先で、犯人の安否は二の次」と語る蘇我（綾野剛）の言葉に、廣田は説得を試みるものの、秋人は体にダイナマイトを巻きつけており…

本人の強い希望で、蘇我（綾野剛）のSATへの復帰が突然決まったと聞かされ一號（向井理）らNPSのメンバーは驚く。本日付けで配属される新しい狙撃手は、驚いたことに元陸上自衛隊に所属する女性・林イルマ（新垣結衣）だった。刃物を持った男が元交際相手を脅して、洞道（＝通信ケーブルやガス管、送電線などが通っている地下トンネル）に逃げ込んだとして、香椎（大森南朋）からNPSのメンバーに出動の指令が出る。総距離500キロ、東京23区にまたがって張り巡らされた首都圏の大動脈の中で興奮状態のマル被相手に、威嚇発砲も極力避けながら迅速に確保せよとの命令に、イルマも早速NPSのメンバーとして現場へと向かうことになる。速田（平山浩行）・蘇我チーム、一號、イルマ、梶尾（高橋努）とポインターの二手に分かれて捜索を開始するが、ポインターが早速女性のハイヒールを見つけ、マル被を追い込み、確保するかに思えたのだが… イルマの経歴を暗に聞かされた一號にイルマは、自分は18年前、ゆづる（吹石一恵）の両親を殺害した通り魔を射殺した警察官の娘だと告げる。

日本の各界の有力者10名を拉致した誘拐テロ事件が起き、犯行声明から「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）が事件の首謀者であることが判明した。人質解放のタイムリミットは明日1日となる中、一號（向井理）の実家の定食屋「まんぷく食堂」に正木が現れ、一號に電話を入れる。動転した一號は「まんぷく」に駆けつけ正木に殴りかかるが、逆にカウンターをくらい気絶してしまう。「テロリストとは交渉しない」という警察の大前提のもと、SITの捜査員が潜伏先を特定し、蘇我（綾野剛）、嵐（平山祐介）らSAT基地局車両が制圧に向け出動する。中丸（髙嶋政宏）の号令で作戦が開始され、武装したSAT隊員たちは次々に設定したポイントをクリアしていく。蘇我も狙撃ポイントでライフルを構えバックアップするのだが、蘇我はある違和感を覚える…。時を同じくして、正木は都内のフォーラムで行われている演奏会で、一般の観客たちに交じって演奏に聞き入っていた。美しい旋律が止み、観客たちの拍手が鳴り響くなか、ホールの天井や壁に向けてマシンガンが放たれる。会場での正木たちの動向が動画サイトで、リアルタイム中継されて、取引に応じなかった日本警察への報復のため、1時間後、民間人の人質6名を殺害すると新たな犯行声明を出す。SATが要人救出作戦に出動中のため、警察庁長官官房審議官の天城（菅原大吉）は「確保」を信条とするNPSに対し、正木らの「制圧」を命じる。香椎（大森南朋）は、NPSの生みの親でもあり、『制圧法』制定に向け尽力を尽くす霧山塾の塾頭・霧山（近藤正臣）の罠ではないかと疑うが… NPSの作戦が開始され、イルマ（新垣結衣）の狙撃が見張りの一人の肩を撃ち抜くと同時に物陰から飛び出す一號、通風窓の枠を外す速田（平山浩行）。潜入班の潜入が成功し、作戦は順調に思われたのだが…