《第１章》 京都・高山寺に暮らす明恵上人とその妻・古都と三人の子供達は、世間に気味悪がられ、鏡都に移り住むことになった。《第２章》一家は幸せだったが、古都が見る夢は将来必ず起こる災いであったため、夫婦は子供たちを置いて鏡都を去った。《第３章》両親が去り、三人が治める鏡都に、ある日コトと名乗る少女が現れた。

《第４章》過去・コトは神社世界で宮司直轄部隊の兵で師匠でもある稲荷と暮らしていた。《第５章》自分と稲荷が実は本当の親子であること、絵に描かれた黒兎が母ではないかと直感的に気づいていたが、そのことは秘密にしていた。《第６章》現在の鏡都では、三人議会が母と同じ赤い眼をしたコトを両親帰還の兆しと考えていた。

《第７章》実質的に鏡都を管理している鞍馬は、コトに自分たちの母が黒兎であることを教えた。《第８章》彼は幼い頃から知的好奇心が強く、発明を手がけ、父に褒められる事を誇りにし、鏡都以外の場所で自分自身の価値を確かめたいと思っていた。《第９章》研究所の仲間・ショーコ博士の性格と伏見の素性が明らかになる…

《第１０章》鏡都では、要らなくなったものを捨てる行事・駅開きが始まり、八瀬の大事なカップが捨てられてしまった。《第１１章》母・古都との思い出の品に囲まれて生きてきた八瀬のためにコトはカップを取り戻そうとするが…《第１２章》鞍馬と八瀬の因縁を解消しようとしたコトに、母とのつながりを感じる兄姉だった。

《第１３章》三人議会をサボっていた明恵は鏡都を楽しんでいるコトに苛立ちを感じていた。《第１４章》だが、明恵の苛立ちは本当はコトに対してではなく、自分自身、薬師丸と呼ばれていた彼自身の今のありように向けられていたものだった。《第１５章》コトを乗せバイクで禁足地に出かけた明恵は、コトにある提案をもちかけた。

《第１６章》薬師丸は戦火の中、上人の手により拾われ、家族として暮らすこととなるが…《第１７章》時を経て、明恵はコトが自分達の妹と確信したが、稲荷の写真を見せられ上人との違いを不審に思う。《第１８章》一方、鞍馬と八瀬はコトの持つアラタマのエネルギーを利用し母を召喚すべくビ シャマルと戦わせた 。

《第１９章》コトは神社の聖域から母・古都を鏡都に連れ帰る。《第２０章》三兄弟は久々の母との再会を喜ぶが…。《第２１章》コトは母から自分の出生の秘密を聞き出そうとするが、逆に可哀想な父を救うよう言われ困惑し、やり場のない感情を明恵にぶつける。

《第２２章》鏡都に衝撃波と隕石が落ちてきて、人々は逃げ惑い、街は崩壊を始める。コトがアラタマを使って強制介入したことが原因だった。《第２３章》神社と宮司も現れ、鏡都の存在について明かされるが…。《第２４章》コトは、鏡都とみんなを助けてくれなければ、すべてをぶっ壊すと宣言する。

《第２５章》「鏡都」という世界の真実を知りたいと言うコトに、稲荷は感動し、この世界の理を話し始め、言い終わるとコトを御神刀で突く。《第２６章》驚く明恵たち。コトのアラタマが炸裂し、世界は崩壊する。明恵は瓦礫 の中で鞍馬や八瀬と向き合う。《第２７章》この都の真の王として目覚めた明恵は世界の終わりを止めるべく走り出す。

《第２８章》稲荷は、古都に自分が存在する意味を問い、自分は消えるからお前は生きろと告げる。《第２９章》明恵とコトは数珠を使い鏡都の復活を果たそうとするが、二人は天に飛ばされ、「神様」と出会い、新たな鏡都の主になれと言われ る。《第３０章》父・稲荷の真意を確かめ、答えを出すため、コトは聖域で稲荷と対峙する…！