Girom, Kouga y Pinnochion atacan a Caldia en los planes para capturar al Gran Anciano de Caldia. Dorothy y Ginta, sin embargo, aparecen y derrotan a los tres.

Ian persigue a Chimera con la esperanza de derrotarla y revertir la transformación de Gido. La quimera es más que un rival para Ian al principio, aunque Ian gana la ventaja al usar inteligentemente su Caída de la Luna . Finalmente, mostrando la humanidad, Quimera, antes de morir, rompe la maldición sobre Gido y desea que los dos tengan una vida feliz juntos. La quimera se ve por última vez con los ojos de vuelta a sus propios ojos normales y compasivos.

Con la ayuda de Andarta de Pozun, Ginta y el resto del equipo MÄR asalta el castillo de Lestava para rescatar a Snow. Para llegar a Snow, primero deben atravesar una barrera de piezas de ajedrez y, entre ellas, la responsable del secuestro de Snow, el Knight Magical Roe. Roe mágico, una vez derrotado por Ginta y Alan, se da cuenta de sus fechorías y elige morir para salvar a la princesa, para gran sorpresa de los dos.

En su camino para desterrar a Phantom de la existencia de una vez por todas, Dorothy y Alviss son secuestrados por los seguidores más devotos de su objetivo, Candice y Rolan.

Phantom revela sus esfuerzos finales para derrotar al Equipo MÄR, el Ghost Chess, un poderoso grupo de usuarios de Ghost ÄRM más leales a Phantom. Su líder, Kapel Meister, utiliza un Ghost ÄRM para acelerar el proceso de Alviss 'Zombie Tattoo.

MÄR logra reunirse, y Nanashi encuentra un mapa. En el mapa está la isla de Pultgayin. El grupo deduce que esta es la guarida del Ajedrez Fantasma. Nanashi usa algunas habilidades extrañas de ladrón para llevar al equipo a la isla, pero su balsa se destruye en el camino, y Allan tiene que lanzar al equipo con su guardián. Mientras tanto, Kapellmeister roba a Alviss lejos de Belle y Snow. Con ese éxito, los Ghost Chess están llamados a retirarse, pero antes de irse, las Flat Sisters se fusionan con un Ghost Guardian y atacan al equipo.

MÄR se entera de que Poko ha encontrado una entrada subterránea a la isla, y toman su ballena para entrar sin ser detectados. Mientras tanto, Alviss está en camino a ver a Phantom. Rolan no confía en el cambio de corazón de Alvis y trató de evitar que se reuniera con Phantom. Una vez que Alviss se encuentra con Phantom, Alviss comienza a sentirse atraído hacia el lado oscuro. Rápidamente ataca a Phantom e intenta insertar la llave en el pecho de Phantom, pero Phantom es demasiado poderoso y lo detiene fácilmente. El episodio termina con Alviss en una correa de cadena que Phantom sostiene.

Con el Zombie Tattoo de Alviss haciendo que caiga bajo el control de Phantom, los otros terminan luchando contra Alviss.

Ginta, Dorothy y Belle se acercan al coliseo. Se encuentran dentro por Misty Knights y Misty Hadju. Cuando se niegan a irse, los Caballeros Brumosos prometen matarlos. Mientras tanto, Loco intercambia cuerpos con el General para que Chaton pueda ser arrastrado a la prisión para estar con Alan. Alan y Nanashi se han convertido en ratas de prueba para un experimento Ghost ÄRM destinado a eliminar la necesidad de emociones humanas de Phantom.

Justo antes de que los Misty Knights vuelvan a atacar a Ginta y Dorothy, el barco fantasma de Vestry llega y avisa a los Caballeros que han sido engañados por el Ajedrez Fantasma.

Ginta y Dorothy descubren que el mismo Alviss tendrá que llegar antes de que se abra el camino a Clavier.

El equipo MÄR termina capturado por el Ajedrez Fantasma junto a Loco y Chaton.

El equipo MÄR se dirige al coliseo con Alviss. Se encuentran allí por el Ajedrez Fantasma, luchan para dejar que Alviss pase al Clavier. Loco sacrifica lo último de su poder mágico para salvar a Chaton, y termina siendo un bebé. Alviss llega a Clavier, donde se encuentra con un niño pequeño que quiere salvar a MÄR Heaven. Alviss deja que el niño tome el ÄRM. (Recibimos pistas de que el chico es en realidad un Alvis más joven).

El equipo MÄR retiene a Kapellmeister y al Ajedrez Fantasma de seguir a Alviss a Clavier. Durante la batalla, el uso de Sara de su Ghost ÄRM termina destruyéndola. Al ver que sus miembros de Ghost Chess no pueden derrotar a MÄR, Kapell los absorbe en su cuerpo para activar su último Ghost ÄRM. MÄR lo derrota rápidamente.

Alviss, Ginta y Dorothy regresan al castillo para matar a Phantom. Fueron detenidos por Rolan, quien dijo que solo Alviss podría seguir adelante con él. Cuando ambos llegaron a la sala del trono, Phantom, junto con Candice, habían desaparecido. Enfurecido, Rolan intentó matar a Alviss, pero se detuvo cuando escuchó que el adolescente gritaba de dolor. Con una vid afilada, Rolan se apuñaló hasta la muerte, deseando que él y Phantom pudieran encontrarse de nuevo en una vida más pacífica y renacida. Alviss, Ginta y Dorothy se dirigen hacia Phantom. Candice trató de evitar que mataran a Phantom, pero fracasó. Cuando Alviss estaba a punto de matar a Phantom, vaciló, y Phantom hundió el Prifickave en su propio cuerpo, terminando así su propia vida inmortal, para gran sorpresa de Alviss. Alviss es liberado del Zombie Tattoo.

La verdad de Snow finalmente se revela, que está conectada con Koyuki de la Tierra a través de la maldad de Diana, quien plantó una Piedra Mágica en la madre de Snow para que todo sucediera. Usando su conexión, Diana planea abrir un portal entre ambos mundos.

El rey de las piezas de ajedrez finalmente se revela a sí mismo en un intento final de poner al mundo bajo su control. Para comenzar su plan, King mata a Alan con facilidad. Antes de morir, Alan le da sus últimas palabras al Equipo MÄR y le da a Chaton su pendiente.

Ginta y Dorothy se dirigen a Caldia y terminan liberando al Gran Anciano de Caldia después del ataque de Diana. Mientras tanto, Alviss, Jack, Snow y Nanashi se reencuentran con Pano, que estaba robando comida. Cuando Garon y Leno terminan con el mismo destino que Alan, son atacados por King. Nanashi y Snow terminan convirtiéndose en sus próximas víctimas.

Después de la muerte de Nanashi y Snow, Ginta, Alviss, Dorothy, Ian y Ash descubren el plan de King para apoderarse de la Tierra. Cuando el rey ataca, Ash se convierte en su próxima víctima. Deja atrás un misterioso ÄRM.

Alviss se enfrenta a King y descubre que su identidad es Danna Toramizu, el padre de Ginta y la que ayudó a salvar MÄR-Heaven hace seis años. Cuando Alviss estaba a punto de morir en las manos de King, vio a Rolan y Phantom, quienes lo alentaron a ponerse de pie y pelear, y también a Bell (aunque ella no sabía que estaban allí). Alviss se sacrificó presionando a King para que su ÄRM a Baoa Qu pudiera activarse y hacer explotar a King (junto con él). El rey escapa, pero Alviss está gravemente herido. Antes de morir, Alviss usa lo último de su poder mágico para activar el ÄRM que Ash dejó atrás. Cuando Dorothy, Ginta y Babbo se van para ir al castillo Caldian robado, Alviss agradece a Bell y muere.

Después de la muerte de Alvis, Ginta, Babbo y Dorothy se dirigen hacia el robado castillo flotante de Caldian, donde King se esconde. Una vez allí, Dorothy se enfrenta a Diana. Una vez que Diana es derrotada y asesinada, el rey Danna-Orb llega y la mata.

Después de la muerte de Dorothy después de la muerte de Diana, Ginta se enfrenta al Rey Danna-Orb de la pieza de ajedrez. Durante la batalla, Ginta descubre que el alma de su padre estaba dentro de Babbo mientras que el Orbe de Caldia estaba en el cuerpo de Danna. Después de que el Orb de Caldia se retira de Danna, el Orb de Caldia toma su verdadera forma e invade la Tierra.

Con el Orb de Caldia en la Tierra, Ginta lleva a Gargoyle de Babbo a la Tierra para la batalla final. Los dos terminan en Tokio, donde su batalla erradica la ciudad y destruye a gran parte de la población. Sin embargo, el espíritu de Snow se combina con el de Koyuki para formar un solo ser, y al hacerlo, elimina la piedra mágica de Snow. Ginta usa la piedra para crear una Gárgola más poderosa que usa las esperanzas de MÄR-Heaven para derrotar al Orb de una vez por todas. Con el Orbe destruido, la paz traída a MÄR-Heaven, todos los que fueron asesinados por el Rey revivieron, y Danna restauró, Ginta regresa a su propio mundo con su padre. Al final, Ginta y Koyuki, que se han fusionado en un solo ser con Snow, caminan a casa juntos al atardecer. Ella se aferra a su brazo y ambos se ruborizan.