C'est l'histoire d'un jeune magicien anglais de 10 ans Negi Springfield qui est envoyé en stage au Japon pour être professeur d'anglais dans un collège pour filles dans le cadre de ses études de magie. Il devra s'occuper de la fameuse classe des 3-A.

Et dès le premier jour, il fait accidentellement la connaissance d'une de ses élèves Asuna Kagurazaka et lui révèle qu'il est un magicien...