跨過了重複著同一故事的世界“想區”而踏上旅途的艾克斯、蕾娜、塔奧、詩音等人在正要踏入新的想區之時，看到了被怪物襲擊的女孩。根據村人的敘述，艾克斯等人得知那女孩正是要成為“小紅帽”的人物。於是為了拯救不知道消失到何處的小紅帽，他們進入了森林。

　艾克斯等人來到了“唐吉訶德的想區”。但是，與原本的故事不同，恐怖的惡魔群襲擊著人們，天空被染上令人毛骨悚然的紅色，這片想區即將崩毀。為了阻止這事的發生，艾克斯等人立刻開始調查；在那裡，一個意想不到的人物現身了。

故事追溯回過去。在出生的故鄉，艾克斯從小就和名為“灰姑娘（辛德瑞拉）”的女孩度過每一天。早早失去父母的艾克斯，同樣失去父母的灰姑娘，兩人相互扶持，共同成長。不久，實現灰姑娘的命運的夜晚即將來臨。這時，艾克斯在森林遇到了一個名為“蕾娜”的少女。

作為自己的青梅竹馬的灰姑娘的命運，正在偏離正軌。艾克斯從蕾娜口中聽到了各種各樣的事實。對他來說，淨是至今為止從未見過的事。然後，蕾娜給予了艾克斯作戰的力量。為了守護灰姑娘的命運，艾克斯一行人向王宮進發。

艾克斯一行人來到了某座小島。久違的休息而在海邊玩耍的時候，他們發現了一名被海浪沖到沙灘上的男子，他的名字叫做約翰·西爾佛。不久，大家便得知這裡是“金銀島的想區”。為了找出大海盜弗林特隱藏在該島某處的大寶藏，展現夢想與浪漫的大冒險開始了。

這一次，艾克斯一行人來到了“白雪公主的想區”。因為接二連三的誤會，艾克斯把沉睡的白雪公主提前弄醒了。就這樣，原本的故事從一開始就發生了改變。為了想辦法恢復原狀，艾克斯他們前往白雪公主的城堡。但是，在那裡，毒蘋果王后正等著他們。

讓人凍僵，被深厚積雪封閉的“冰雪女王的想區”。艾克斯等人在那裡發現了累倒在地下的少女格爾達。眾人找到了取暖的小屋舍，迎接他們的是一個年幼的少女。這個帶有不可思議氣場的少女，將冰雪女王的宮殿的所在地點告訴大家。但是，前往目的地後等待他們的是……

至今為止和艾克斯一起旅行的同伴——塔奧和詩音，兩人曾經有過一段沉重的往事。塔奧稱同伴是“家人”的理由，以及詩音稱塔奧為哥哥的理由……在人族和鬼族持續戰鬥的“桃太郎想區”中，關於塔奧和詩音的過去被一一揭曉。到底，鬼島發生過什麼？

艾克斯他們來到一望無際的沙漠，在那裡遇到了盜賊少年阿拉丁。據說他原本持有一個可以現實任何願望的魔法神燈。這裡正是一千零一夜的世界，“阿拉丁的想區”。與阿拉丁一起行動的時候，成群的敵人VILLAIN出現了。

聖女·貞德出現在英格蘭和法蘭西的百年戰爭期間。與她相遇的艾克斯等人，決定參與到跟襲擊人類的惡魔群VILLAIN的戰鬥。貞德取得了勝利，她的命運卻逐漸被扭曲，而打算幫助貞德的艾克斯，遭到Chaos Teller的攻擊而身負重傷。

艾克斯一行人來到了“不可思議國度的想區”。在那裡蕾娜遇到了自小就憧憬著的愛麗絲。不過，這個愛麗絲的樣子也有些奇怪。她說絕對不承認不可思議之事，並打算將艾克斯等人捉走。到底是什麼讓愛麗絲發生了改變？而另一方面，一個可怕的陰謀正開始進行著。

至今為止將許許多多的想區的故事扭曲的元兇……面對真正的敵人，艾克斯、蕾娜、塔奧、詩音將如何戰鬥？即使狀況再絕望，也要守護想區的人們，艾克斯他們的戰鬥開始了。這是以生俱來沒有被賦予任何命運的他們的故事。這個誰都知曉的童話的結局會？