共進党幹事長・正木義男の事務所で犯罪者集団による立てこもり事件が発生。正木からその事件を解決するよう依頼を受けた警視庁警備局局長・左文字は、公安特殊課課長・御崎に極秘裏に事件を処理するよう命じる。

立てこもり事件を解決した御崎が監視を始めた犯人と接触していた鯨岡の下にある男から電話がかかって来る。その電話の主・デイルスはザイラ王国の皇子という特権を利用して世界中で麻薬を密売している男だった。

正木議員事務所立てこもり事件を調べていた警官・石戸が行方不明に。その情報を耳にした左文字は御崎に石戸のこれまでの動向を探らせる。すると石戸が警察の機密データにアクセスしようと試みていたことが発覚し…。

御崎率いる公安特殊課は鯨岡の身辺と経歴の調査を続けていたが、いまだ彼の犯罪関与の証拠を見つけることができずにいた。一方、鯨岡はスネイクが倒された事件からついに姫島の身元を特定する。

姫島の監禁場所を突き止めたドブネズミと御崎はミラージュを現場に急行させる。そこで姫島の救出に成功するが、すでに鯨岡と由比は姿を消していた。だが、一同は姫島の証言からついに鯨岡の犯罪の証拠を掴む。

暴力団組長・水島を監視していた御崎はミラージュに対象の追跡を命じる。そして水島の武器密輸取引の現場にミラージュのほかに、スモークに代わってK13のリーダーになったサンダーたちが合流する。

学生団体・NOBODYのリーダー・園田美月へ殺害予告が届き、厳重に警戒された街頭演説中に美月が狙撃される。一命を取り留めた美月のテロに屈しない姿勢により、NOBODYはさらに影響力を強めるが…。

鯨岡は拘置所で殺し屋の手配師・ハブと出会う。鯨岡は彼とコンビを組む凄腕の殺し屋・ユヅルを利用し、御崎の暗殺を画策する。一方、ユヅルの過去の映像を見つけたドブネズミはあることに気付き…。

新興宗教団体・ヘブンズ22の信者が連続で集団自殺する事件が起こり、潜入していたK13の守谷も自殺者の1人として死体で発見される。御崎はミラージュにヘブンズ22から要人の娘の奪還と幹部の処理を命じる。

拘置所の中で囚人たちの心を掴んで中心的存在となっていた鯨岡は、裏切り者・カジワラの存在に気付いて新里に調査を命じる。時を同じくして、拘置所の看守長・泉澤が独居房を襲撃する事件が発生する。

拘置所での暴動が鯨岡によることが判明する。ミラージュが囚人たちに妨害されつつも対象を殺さずに処理していくのに対し、鯨岡はさらに妨害の手を強めていく。一方、鯨岡の弁護士・新里は御崎との接触を図っていた。

事件が起こらない平和な夜、ドブネズミはロビンに会話を持ち掛ける。ドブネズミとロビンはK13の面々について語り合い、やがて秘密の女子トークに花が咲く。そして、ドブネズミがある思いを告げて…。

警視庁副総監・根本の突然の自殺により、姫島のスパイ容疑が晴れ、全てのテストにパスした姫島は元通りK13のリーダーとして復帰を果たす。一方、鐘ヶ淵は整備工場に現れた不審な男たちの襲撃を受けていた。

襲撃による傷の回復に努める鐘ヶ淵がミラージュと共に整備工場に戻ると、ロビンの姿がないことに気付く。それと同じ頃、ドブネズミの下にはハッカー・願成寺夢歌からの挑戦状が届き、2人の情報戦が幕を開ける。

警視庁の強制捜査により鯨岡の計画は暗礁に乗り上げる。一方、K13が人身売買を調査していく中で、臓器ビジネスに手を染めた医師・飯塚の関与が判明。彼はかつて御崎と共に世を正していこうと誓った友人だった。

日本スポーツ委員会の会長を狙った爆破事件が発生。続けてタブロイド紙編集長、化学薬品会社社長とさまざまな人物が標的にされていく。捜査が難航する中、鯨岡の秘書・新里から御崎に連絡が入る

K13に復帰した姫島に対する武藤の執拗な監視は続いていた。一方、警察権拡大法案の成立に向けて暗躍する官房長官の下に殺害予告が届き、K13が警護に就く。そんな中、官房長官の会見が行われ…。

けがから復帰した御崎はドブネズミと共に事件の際に失踪した竹藤の調査を開始する。その結果、竹藤も鯨岡に協力していたことと、参事官・青木の時と同様に別人が竹藤に成り代わって協力していたことが発覚する。

鯨岡を乗せた護送車が突如として暴走。鯨岡は別の車両に乗り換え、ヘリによる逃走を企てていた。それを阻止すべく、サンダーらK13のメンバーが現場へ急行。そこには指令を受けていないミラージュの姿もあった。

自らを正義の味方と名乗る2人組がオレオレ詐欺犯を襲撃する動画をネットにアップロードする。犯罪者を粛清する行為に世間からは称賛の声すら上がるが、左文字はこの2人を逮捕すべく行動を開始する。

共進党幹事長・正木が警察権拡大法案に反対する意向を表明。同時に、SNS上では正木に対する複数のテロ予告が投稿される。正木はテロに屈しない姿勢がより支持率を上げると豪語し、集会を決行する。

警察権拡大法案が現実のものとなり、それに伴って不要となったK13を解体してドブネズミを処理すべく、左文字が動き出す。ミラージュの前に現れた御崎はドブネズミの救出という最後の指令を下し…

自我を取り戻したミラージュは、失意の中、姿を消してしまう。その間に警察権拡大法案が成立。新たな組織・中央警察庁が設立され、左文字が長官に就任することに。そんな左文字の前にミラージュが現れる。

某国のレストランに逃亡中の秘書・新里美乃が現れる。そこにいたのは「着替え」によって国外への脱出に成功した鯨岡憐次郎だった。己の野望を打ち砕かれた屈辱を胸に秘めた鯨岡が、再起のためについに動き出す。