明末，鄭成功兵敗後，徐將軍師陳近南復國心切，欲一挫滿清銳氣，率數心腹伏刺滿州第一勇士鰲拜，終事敗逃走。其後始知原來近南之結拜兄弟早被鰲拜收買；從中阻撓，近南一怒之下將他殺死，替其亡將報仇。另一方面，近南之將手下更中原清廷勢力穩固，勸近南暫退台灣，容後再共謀反清策略，但近南堅決留守中原，與一赤膽忠肝之士成立以反清復明為本的天地會，其屬下李力世，懈際中等亦誓死跟隨。

吳之榮因未能得到半分功名，深心不忿，夜半在京城街頭張貼告示，誣告浙江巡府貪贓枉法，縱容百姓著書謀反。衩鰲拜發覺，令吳之榮乇底將一千人等押京發落，使之榮受寵若驚。茅十八聞訊後，欲縱速向天地會通風報訊，韋小寶不肯跟隨，二人爭論之時，驚動了老太監海老公公。海老公公知事有蹊蹺，立將二人制服擄走。茅、寶醒後，發現竟身處禁宮中，二人頓感束手無策，海老公公逼二人說出陳近南行踪，茅十八誓死不從，幸而韋小寶人急智生，乘海老公公舊病復發之時，假扮小太監小桂子將大量藥粉注入酒中，海老公公服後頓即失明，韋小寶更乘機殺小桂子滅口。

忠臣索尼等上進啟奏，力指鰲拜假公濟私，藉明書輯略一案抄斬其叛徒，以達成專橫霸政的目的。怎料鰲拜突然怒闖禁宮向康熙解釋一切，態度表現得甚為氣焰，頓感使康熙面目無光。索尼目睹一切，力勸康熙逼鰲拜交出政權，及早親政，康熙一時進退兩難。海老公公知韋小寶自小嗜賭成性，命他以旁門左道騙取溫氏兄弟金錢，直至債台高築時，可逼他們開放御書房，然後乘機偷取四十二章經。另一方面，韋小寶向海老公公陳述與小玄子比武一事時，海老公公感到小玄子實非等閒之輩，遂將一套大擒拿功夫傳給韋小寶，用以試探小玄子真正身份。

韋小寶顛倒是非溫氏史弟做打掃工作，乘機潛入御書房追尋四十二章經下落，怎料剛巧遇上康熙與鰲拜爭論國事，始知一向與自己比武的小玄子，原為當今皇帝康熙，不禁悲喜交集。而康熙知真相已露，要求韋小寶以後排除尊卑關係，私下仍為好友。鰲拜為剷除政敵後患，竟假傳聖旨將忠臣蘇克隆哈全家抄斬，康熙阻止不及，深感鰲拜太過專權，遂決意擇吉親政。怎料康熙親政首天，朝中大臣均避於上朝，而鰲拜更詐病拒參與親政大典，康熙一時行動，怒闖鰲府調查真相，又將滿腔怒憤澆在韋小寶身上。

康熙見眾少年摔角手訓練純熟後，藉詞召鰲拜指點各人武功，在危急之際，康熙示意眾少年向他圍毆，韋小寶乘亂將他制服。康熙驚魂稍定後，急召朝中大臣，宣稱鰲拜行刺聖上經過，下旨將他收監，永不釋放，並順帶將其餘制服，眾臣眼見局面全非，極力向康熙討好，以便從中得到大權。康熙以韋小寶護駕除奸有功，立將他提升為首領太監，奉侍皇上起居， 著他與兩索額圖往鰲府辦理抄家手續，並囑他為太后尋出兩部四十二章經。

天地會中人行刺鰲拜時，驚動了康親王府侍衛，喝令他們從速投降。天地會各人乘機協持韋小寶為人質，將他運出康親王府，康親王為顧全韋小寶安危，未敢輕舉妄動。韋小寶被運入天地會會堂後，眾人產靖木堂尹香主沉冤得雪而大事慶祝一番。韋小寶當眾表白自己身份，並得茅十八及時出現，替他解釋一切，眾人疑心全清。

康熙親父順治常年因偏寵董鄂妃，太后因妒成恨，惡意中傷董鄂妃，順治一怒之下欲將太后打入冷宮，被其母阻止。太后遂以化骨綿掌暗殺順治子康親王及董鄂妃，順治大受刺激性，看破紅塵，即假意宣布駕崩，另立康熙為皇帝，而自己則遠赴五台山剃度為僧，法名行痴。但順治對鄂妃母子之死，仍然耿耿於懷，暗以海老公公調查真相。

徐天川偶遇沐王府之白寒楓、寒松史北，彼此各持己見，分別擁天地會唐王與沐王府桂王為主， 而動武，徐天川率被打至重傷，天地會各人推韋小寶出頭，往找沐王府中人理論。怎料當眾人抵達時，發現白寒松竟已死去，沐王府中人誓死向天地會報仇。後得沐王府蘇剛從中緩和氣份，玄真道人當眾分析形勢，二派決以後以和為貴，合力反清復明為重。

天地會中人發現徐天川審被擄走，眾人皆以為沐王府所為，玄真道長靈機一動，暗將沐王府郡主沐劍屏擄去，將她藏於一茯苓花雕豬中運入宮中。韋小寶童心未泯，乘機將他調戲一番，使她羞憤不已。康親王為計韋小寶觀心，特邀其為座上客，更為他製造機會結交吳應熊亦以厚禮相贈韋小寶。後韋小寶無意間在王府後園，發現另一[四十二章經]下落，遂不理一切一味地擄為己有。沐王府以劍屏失踪多時，眾人大表擔心。另一方面，劍屏更積極謀劃假扮平西王府士兵，大舉闖進禁宮。

太后派瑞棟暗殺韋小寶亦反被韋小寶以寶劍殺死，繼而將他毀屍滅跡。後韋小寶列向太后宣稱瑞棟已往五台山，假若有何不測，瑞棟定會返宮向康熙陳述一切來由，太后一時亦忌他數分。索額圖向刺客嚴刑逼供，吳立身死口堅持為平西王所主使，康熙始終懷疑事情虛實，遂派韋小寶從中調查，並著他向吳應熊試探，小寶亦因此從中取利。

韋小寶以自身中海老公公之毒，一時傷戌，向天地會中泣不成都必須，近南南念在師徒之情，替小寶以內力迫出毒性，使小寶得以康復，近南並囑小寶要勤加練功，以便早日散清毒氣。賈老六與吳應熊發生衝突，被熊手下毒打，近南等為出冤屈之氣，乘應熊嫖娼之際，欲將他暗殺，一挫吳三桂銳氣，免傷彼此感情，毅然讓出應熊給沐王府發落，吳立身等亦封近南甚為欽佩。

太后恐小寶有反害之心，命他專責於慈寧宮侍奉自己，並派一老宮女柳燕密監視其行動。韋小寶靈機一動，以四十二章經威協太后換取逃脫機會，太后遂派柳燕緊隨小寶往取經書，怎料二人爭持不下之際，小寶竟將柳燕殺死，帶同方怡、劍屏連夜逃離禁宮。小寶驚魂稍定後，轉回住所取出一切貴重財物與經書，竟一時童心未泯，欲以柳燕斷腿恐嚇太后，後竟發現太后與一男扮女裝之宮女言行有異，小寶乘機偷去另外四部經書。

康熙感到事有蹊蹺，將眾侍衛調離慈寧宮，連夜暗地調查一切，發現太后將一男宮女拋下枯井內毀屍滅跡，並聽到她迫眾太監嚴守秘密。小寶恐太后遲早會對康熙不利，乘機向他陳述一切利害關係，並將自己身世秘密一一道出。康熙大為所動，暗傳太醫協助調查真相，發覺當年孝康皇后實被太后以化骨綿掌所殺，康熙經小寶激勸下，化悲憤為力量，命多隆率兵封鎖慈寧宮。康熙懷疑太后一直受人制肘，暗派小寶獨自遠赴五台山嚮順治調查真況，小寶無奈答應。

寶娥二人話甚投契，宮娥得知小寶為天地會青木堂主後，對他大為放心。毅然說出原來當年滿州入侵中原時，搶掠大批金銀珠寶，分放在一秘密地方。順治欲將此地形勢，會成一大地圖，分放於八部四十二章經裡，小寶頓恍然大悟，原來各派一直爭相找尋寶藏所在，以便儲足經費進行組織義軍。方怡抵石家莊後，漸覺對小寶芳心暗計，而對劉一舟則大為冷淡。

小寶抵五台山清涼寺後，扮成一富家子弟，定要少林寺方丈澄心大師率寺內全體僧侶並列，以便進行布施，但小寶卻未能找到順治下落，小寶唯失望而退。適逢西藏喇嘛教巴顏怒圖清涼寺，大肆搜查順治踪影，雙兒人中將他制服。小寶趁機苦求玉林大師說出順治下落，玉林大師堅決不允，小寶將計就計，欲先設計偷走順治。

巴額以火攻，副玉林大師交出順治，眾人無法可施，幸得少林四大金剛及時搶救，順治得以脫險。順治未能盡望法俗事，心感不安，遂著小寶帶走一四十二章經作為證物，並囑康熙以後愛民為重，還誠以永不加脫為原則。神龍教委託它對小寶所持經書眼見心謀。但因小寶一直受四大金剛多加保護，無機下手。

洪教主夫人蘇荃向以美色迷惑教主，乘機操攬大權，重用眾五楷少年，並極力排斥教中老臣，使眾元老為之不服，因而紛起反抗蘇荃。另一方面小寶則對蘇荃互相愛護力計好表面上千依百順，甚得教主夫妻垂青，決重用他為新任白龍使。蘇荃利用小寶的重任，暗迫他服下毒藥《豹胎易經丸》，然後令他返京追尋八部經書下落。

建寧被太后使至御書房偷取經書，剛巧遇上小寶，一時好勝心起，對小寶拳打腳踢，小寶不理一切，以蠻力將她制服，建寧頓感無限的痛快，苦續小寶與他比武。小寶暗中與建寧玩耍，被太后撞破，太后乘機使開建寧。二人奪門之際，小寶無意跌出五龍令，太后頓知小寶底細，對他異常依順，並將寶丸雪參玉蟾丸獻上。

小寶充當少林高僧後，終日無所事事，與雙兒嬉戲，被阿珂、阿琪撞上，以為小寶存心調戲良家婦女，三人幾番爭執後，小寶竟出手侮辱阿珂，被晦聰責備，將他送入寺內療傷，而小寶則被除數阿珂之美態所深深吸引，多次欲向期解釋，但又恐二人會因此乘機向他報仇，遂向澄清謀求對付招數。

吳三桂勾結蒙古及西藏眾喇嘛圍攻五台山，意圖劫走順治作為人質，以威協康熙交出帝位。小寶獲悉後千辛萬苦遊說玉林、順治及早離去順治自己罪孽深重，為平天下紛爭，欲與玉林自焚了斷。小寶恐有失康熙所望，在眾喇嘛僧重重圍困下，以偷龍轉鳳之法將順治、玉林等偷運下山，順治感到小寶能不傷情命卻能脫險，對他稱讚不已。

九難為報家仇國恨，毅然向康熙行刺，不敵，意將小寶協持作為人質帶走，康熙等人以為小寶會因此兇多吉少。原來當年李自成攻破京城後長平公主為避受滿州長凌後辱，從此剃度為尼，法名九難，一直為存報仇之念而勤加練武，默然等候機會向康熙行刺。直至此次行刺不遂後，九難感懷過去帶同小寶偷潛入宮，小寶對她的身份起疑心，乘機向她引見陶宮娥，始知原來陶宮娥是長平當年的近身宮婢，主僕二人抱頭痛哭聲盡訴別離之情。

小寶、九難夜闖茲寧宮時，發現原來太后乃一直為明朝一敗將之女毛東珠所假扮，多年來將真太后辦禁於宮內一密室內，愛她說出經書秘密，九難驚詫之餘，立將東珠武功全廢，命陶宮娥密切監視其行。小寶在一偶然機會下，發覺阿珂竟為九難之徒弟，小寶更感意亂情迷，盡力設法親近阿珂，對九難阿諛奉承。九難亦頗欣賞小寶之才幹，決意利用他協助反清行動，而阿珂對小寶仍懷恨在心，處處對他為難，但九難事事袒護小寶，使阿珂心感不服。

西藏喇嘛桑結力逼九難交出經書，九難乘亂將地圖碎片交於小寶，後終得小寶施計以蒙漢藥及化屍粉嚇退眾喇嘛，九難極為欣賞小寶臨危不亂的膽色，遂允收為門下。克塽、阿珂則感到小寶為作所為乃市井無賴之行經，對他更起反感。小寶眼見珂、塽二人朝夕相對，感情進展神速，遂設法向沐王府從中挑唆。吳立身果然中計，將克塽痛打一頓並在阿珂面前，故意中傷克塽在外拈花惹草，使阿珂大為震怒。後吳立身更大將計就計，強迫小寶與阿珂拜堂成親。

小寶向康熙道出真假太后一事，二人立闖慈寧宮調查真相，高頭陀知形勢不利，乘亂將東珠抱走，康熙後與真太后重聚天倫，喜極而泣。康熙為嘉獎小寶之英勇行為，特升他為一等子爵。康熙迫康親王交出經書，小寶假裝對康親王極為開心以一假經書交給康親王，信以為真，令他大為感動。

康熙派小寶到雲南調查吳三桂謀反內情，為免引起平西王府的疑心，特將建寧下嫁應熊，建寧獲悉後大受刺激，向太后大吐苦水，但太后卻表現得極為冷淡，建寧遂將一腔怒憤發洩在小寶身上，激情中更向他表示愛意，並上寶另結新歡，小寶頓不知所措。小寶自知豹胎易筋藥效已居，立派矮頭陀與陸高軒從速向蘇荃獻上經書，興教主大表讚賞，立釋放劍屏與眾人重敘。但蘇荃卻心知事有蹊蹺，暗派矮、軒二人跟踪小寶。另一方面，近南為計劃對付三桂，特派天川等假扮小寶隨從，以便協助行事。

建寧被擄後跑遭期凌，情急下向劍聲出言，逼他乘吳三桂出巡時，與他拼一死戰，柳大洪等均以劍聲為沐家唯一承繼人，恐他不敵，壓力阻止他參與行動。小寶以建寧失踪多時，對她安危焦急萬分，怎料三桂突闖至硬要參見建寧，小寶無法擋駕，幸大洪等忽趕至行刺三桂，掠撓一輪後，三桂等人將沐王府眾人擊敗。

小寶見溢之死狀慘然，知事有蹊蹺，遂親自向蒙古俠罕帖聲明查暗訪遂發現三桂之偷運罕帖摩回京，以備日後作為三桂謀反的證人。為免三桂從中阻撓，又命玄真道人假扮罕帖摩於娃院爭風被殺，而以移花接木之法偷運死屍，三桂細心調查後，洞悉小寶陰謀，決意派兵搶回罕帖摩。另一方面，小寶假傳聖旨，三桂誤以為康熙早知謀反一事，向他暗示已有防範之計策，對小寶頓起戒心。再加上小寶三番四次出言戲諷，三桂暫不敢輕舉妄動，並欲以珍寶拉攏小寶，表面上對他仍熱情招待。

三桂知道應熊闖下彌天大禍，連忙向建寧賠罪，建寧假裝傷心欲決，當場欲下輕生之舉，三桂一事措手不及，小寶乘機代為解圍。應熊向三桂道出真相，使他勃然大怒，以為此事乃康熙從中擺佈，三桂自知處境勢成騎虎，欲有待小寶率眾回京時，將一干人等趕盡殺絕，最後可乘勢起兵造反。

正當三桂揭發圓圓與李自成的私情之際，九難突再向三人報仇，迫桂、成二人自相殘殺，圓圓一時為之進退兩難。小字庫眼見形勢險要，即協持應熊為人質，逼三桂釋放眾人，現時圓圓亦自覺罪孽深重，勸阿珂以小寶為歸宿，自己則從此剃度為尼，但阿珂不忍受辱含淚而去。

天地會眾人將錫範及克塽制服後，發覺二人原存心陷割陳近南，欲將二人剷除，近南及時陰止，運功替克塽療傷，後為存大局，不理眾人勸告而立時赴台灣向鄭王交代一切。小寶被高頭陀以武功迫他交出解藥，迫於向近南求救，遂向他說出加入神龍教經過，近南不但對他諒解一切，還囑他立將寶圖詳情緊記，以便日後從詳計劃反清任務。

正當小寶、雙兒查出寶圖漢譯地名，意欲遠赴鹿鼎出尋寶之際，康熙突封小寶為欽差大臣，表面上囑他上長白山祭天為名，實乘虛攻入神龍教中人，一時不知所措。克爽帶阿珂引見鄭皇爺妻董夫人，怎料董夫人早對阿珂身世背景極為嫌棄，對她態度甚為冷淡。而克塽更在錫範影響下。要以王府聲譽為重，另立正室。

吳三桂聯同耿精忠、尚可喜向康熙表示撤滿清用以試探康熙反應，康熙一時不知應對。小寶突向他聲稱已拉擾羅剎國為邦交國，而更可藉此聯手對抗叛國軍，康熙如獲至寶，遂能三番所求。應熊為免引起康熙疑心，假意請求小寶勸康熙收回撤藩成命，但小寶則置於腦後。另一方面，應熊恐三桂造反後會淪為俘虜，遂假意相約小寶與他野外賽馬，欲藉此機會逃回雲南，怎知小寶暗中施計弄傷應熊坐騎，應熊逃走不遂之餘，更被康熙押返京城收監。

阿珂自從離開延平王府後，生活潦倒，後巧遇克塽，克塽以甜言密語騙得阿珂與他和好如初，並欲聯手向小寶算帳。小寶抵楊州後，心情極為興奮，以年前裝束重返麗春院與韋春花重聚。怎料洪教主偕同蘇荃、方怡先進單位收扮妓院侍俾，欲向小寶報仇，幸小寶人急智生，以蒙汗藥毒害眾人。

由始至終辛樹一家三口夜闖平西王府，向三桂索取千年野山人參，三人感恩圖報，決義助三桂刺殺小寶。怎料三人刺殺途中被吳六奇阻止，歸忠忙亂中將六奇殺死，雙兒非痛欲絕。後得近南向辛樹等陳述是非由來，原來辛樹對近南為人甚為欽佩，聽後內疚不已，欲以死謝罪，近南及時阻止，勸其應回家共商反清事宜。

康熙發覺小寶為天地會分子後，向他大事質問，小寶大驚失色，極力替自己掩飾，康熙不為所動。後更向小寶表示會逐一消減天地會、沐王府等反清組織，同時更派多隆將小寶軟禁，以防他向天地會通風報信。歸氏三人連夜暗闖禁宮行刺康熙，眾侍衛方寸大亂，幸小寶及時冒死保護。康熙大為感動，力勸小寶協助產除反清組織。

小寶帶同荃、怡、柔、寧、屏五女遠赴通吃島隱居，一直過著逍遙自在的生活，眾人皆能互助互愛，建寧不時醋意大發，對眾人搬弄是非。怎料一夜，馮錫範師徒追殺近南至島上，幾番搏鬥下，近南終不敵被殺，臨終囑小寶切莫傷害克塽，要為國姓爺後戀著想。小寶發覺風際中原為清廷奸細，一直將天地會秘密出賣給康熙，一怒之下施展暗器將他制服，怎料風際中臨急以雙兒作人質，後終為雙兒以火槍殺死。

多年來康熙一直派張康年遍尋小寶踪跡，終在通吃島發現小寶，時小寶已有三子，樂也融融。康年坦言康熙對於往事既往不咎，並希望他早日回京協助殲滅天地會，但小寶為存道義，不欲因功利而出賣天地會。康熙以小寶拒其所請，深深不忿，特派索額圖領兵往島上密監視小寶全家行動，小寶終無奈返京朝聖。

小寶週施天地會與康熙間，一時進退兩難，欲向康熙奏章辭官返揚州，康熙無可奈何，天地會為威逼小寶充當舵主一職，故意將克塊擄走，交罪狀嫁禍在小寶身上，康熙威協小寶交出克塽。原來天地會中人竟在嚴刑逼供下，錯手將克塽打死，小寶將計就計，收買張康年等將錫範制服。

小寶欲向康熙施展激將法使他回心轉意，怎料二人言語間竟反目成仇，康熙一怒之下將小寶重打後收監。正當眾兵置妥火砲天地會之際，康熙突改變主意，使眾大臣大失所望，太后聞訊對他嚴加責行，勸他應以大清律法為重，下令將小寶革職斬決以示懲戒。康熙在友情與國法下，終為存國君威嚴，假意下令將小寶處決。