Les services de l'agent spécial Makoto Midorikawa, qui peut voir les souvenirs de tout ce qu'il touche, sont requis lors d'une enquête sur une étrange explosion de gaz.

Lui-même Sensitif, l'agent de la résistance Jack Norman utilise sa capacité extrasensorielle pour poursuivre Sarah Coppola, l'ancienne chercheuse de XM.

Sarah et Makoto se rendent au labo secret de Hulong dans les bois de Kyoto, mais se heurtent en cours de route à l'opposition de Jack et aux forces de sécurité de Liu.

Dépassée par les forces de sécurité, Sarah se rend afin de sauver la vie de Makoto, mais elle est trahie par Liu peu après.

Après s'être procuré des passeports auprès d'un faussaire professionnel nommé Zion, Makoto et Jack Norman s'envolent pour la Suisse afin de sauver Sarah de Hulong.

Pendant que les chercheurs de Hulong testent les effets du XM sur le corps de Sarah, ses capacités accrues lui permettent de parler à Makoto au travers du portail.

Aidé par les protecteurs d'un ancien site sacré, Makoto utilise ses pouvoirs pour emprunter un autre chemin, tandis que les mercenaires à leurs trousses se rapprochent.

En route vers le CERN pour secourir Sarah, Makoto et Jack sont contactés par "ADA," l'intelligence artificielle initialement créée pour analyser les données de XM.

Alors que le corps de Jack commence à le trahir, Liu révèle toutes les mesures prises par Christopher Brandt pour contrôler les terribles pouvoirs de Dark XM.

Les portails rouges s'emparant de l'intégralité du réseau de XM, les porteurs de lunettes à matière Dark XM s'effondrent un à un dans une terrible agonie.

L'effroyable conspirateur se rapproche peu à peu de son objectif. Pendant ce temps, Makoto affronte Liu, qui reste déterminé à finir ce qu'il a commencé.