人間とモンスターが織りなす世界『メフテルハーネ』。王国の辺境に暮らす少年・ユウは、人間を襲う存在であるモンスターの心を癒す者"癒術士"の力を持つのだが…大のモンスター恐怖症で王国に引きこもっていた。そんなある日、ユウは瓶暮らしの不思議な友だち・メルクと共に様々な国を巡る旅に出ることになった。果たしてユウとメルクを待っているものとは？

ジャモさんの行商護衛に同行したユウとメルクは動物の国へとやってきた。行先はハルシュトという指導者の下に発展しつつある犬族の村・ウルカ。ユウたちはそこで、ハルシュトとお見合いをするために訪れていた、もう１つの犬族の村・アルムからの花嫁であるリイリと出会う。メルクの一言がきっかけで、リイリから「私を連れて逃げてくれませんか…！」と頼まれることに…。

妖精の国でいちばん早く春が訪れる地、春の丘。授業を抜け出した小さなおてんば王女・サローディアが見つけたのは、森に横たわる大きな岩とそれに刺さった可愛い短剣。軽い気持ちで剣を抜いた瞬間、黒い霧が噴き出して…。そんなことは知らず、ユウとメルクは春の女王の命で城へと招かれていた。女王の用件とは「黒き霧を生み出し、春を食べる竜を癒してほしい」というものだった。

妖精の国を救うため、旅に出たユウたち。助言を得るべく地を知る者を尋ねたものの、協力を拒まれてしまう。

しかし、窮地に陥ったユウたちを救ったのも地を知る者だった。ゼフュロダイと名乗るその男が語るには、黒い霧は心の春すらも食べてしまうという。

竜を石に変える短剣を携え、ユウたちと竜の元へ向かうサローディアは知りゆく。春の力の意味を……。

様々な民族の集落が散在する少数民族の国。メルクの記憶の手がかりを求めて、星読みという予言者が大きな影響力を持つリウの村へ訪れたユウたちだが、

その矢先に出会ったのはリウの姫・シャオリンだった。彼女は星読みに紅き災いの星・紅禍と読まれ、孤独に過ごしており……。

彼女に協力することにしたユウたちは共に幸福をもたらすという神獣を探しに行く。

トトを追いかけた先でユウたちが見つけたのは、死者の国。出会った不思議な少年から、今日が輝石祭という死者の魂に別れを告げる日であると教わり、頼みごとをされる。一方、神に仕える身であるジャントールははぐれてしまった幼い娘・コゼットを探していた。妻を亡くして以来、娘との接し方がわからなくなっていた彼が迷い込んだのは、夢の街・アローウィンだった。

古城でユウが見たものは、父を失ってメルクと過ごした幼い日々。一方、ジャントールは幼い頃に夢見た冒険をスクウィークと共に繰り広げていた。そんな彼を待っていたのは、亡き妻のエレオノール。失った夢の中でジャントールが見つけ出す、本当に求めているものとは。コゼットが手のひらに望むもの、シトルイユが探すカボチャ頭の中身……、それぞれの夢が繋がっていく。

再びの動物の国でユウたちが訪れたのは鳥族の憧れの都・パルティシオ。美しい歌声こそが価値あるものとされるその都で、歌劇場の地下に落ちたユウたちは冴えない青年・アンテルと人の言葉を話すヴォイシアというモンスターのやり取りを目撃する。地上では、歌姫・セレナが田舎娘のフォルナにとある頼みを持ち掛ける。歌もダンスも人並み程度だが、彼女の声は…。

ヴォイシアの封印を解く代わりに、奪われたセレナの歌声を返してもらう誓いを立てたことをアンテルから聞かされたユウたち。一方、フォルナに心を開き始めたセレナは、アンテルの目的は復讐なのだと打ち明ける。フォルナはセレナの力になることを決意するが、その矢先に待ち兼ねたヴォイシアの歌声が響きだし……。哀歌と共に誓いの歌劇の幕が開く。

仕入れ品で馬車もいっぱいになり、一行は王国へ戻ることに。しかし、そこへ現れたモンスターがメルクを攫ってしまう。咄嗟にしがみついたユウも連れ、モンスターは空へ。ふたりが振り落とされた場所は、翼を持つ天空の民が暮らす空の国だった。メルクは聖なる水のお方と歓迎され聖宮へ、ユウは罪人として隔離されてしまう。連れられた離塔で、ユウは翼を持たぬ天空の民・オルトスと出会う。

ミシェリアの命を受け、ユウを聖宮へ連れて行くべく離塔に向かったラヴィオル。そこで、かつてオルトスに与えた望遠鏡が寂しく転がる姿を見つけた彼は、複雑な胸中を抱えつつも、地上の民を見つけ出すようにと聖宮守護団に指示を出すのだった。一方、靴屋で聞いた情報から、ミシェリアに頼めば翼を得られるかもしれないと思い至った2人は聖宮へと急ぐ。捜索のために靴屋へ訪れたフェイエルの「団長に弟はいない」という言葉に顔を曇らせながら…。

地上へと運んでくれたオルトスを見送り、ユウとメルクは合流したトトとジャモと共に王国へと帰還する。しかし、実は馬車には長旅によるガタが来ており、整備がいつ終わるのかもわからないという。そこでユウは、せっかく王国へ戻ってきたので故郷へと戻ることを提案する。久しぶりの我が家に喜ぶメルクだったが、いつの間にかユウとトトが家の中にいないことに気づき……。