在乡下小镇彭波.西鲁兹生活的少年.赛特，为了成为大魔法师，虽然每天都努力进行特训，却又老是失败……不但让重要的家畜逃走、惹居民们生气，还被养育者阿鲁玛痛骂。有一天，空中降下了怪物.涅梅西斯的卵。能够打倒涅梅西斯的就只有魔法师。为了守护镇上的人们，赛特决定代替不在的阿鲁玛和涅梅西斯战斗。然而面对涅梅西斯超乎想像的强大，赛特根本就无从对抗……

魔法使“勇敢四人组”突然现身在赛特面前。第一次见到阿鲁玛以外的人使用魔法的赛特，看着他们在转眼间就封住了涅梅西斯的行动，感觉他们十分的可靠。赛特希望证明自己也能够帅气地大显身手，于是向领导者唐.波斯曼（老大）提出了合作的要求。对他的意气深深感动的老大，决定在引导居民们避难的过程中，拜托赛特先拖住封印已经解开的涅梅西斯。被交代了重责大任而涌现斗志的赛特，再次挺身对抗涅梅西斯！

魔法师与普通人无法互相理解。尽管阿鲁玛已经如此教导好几次了，但赛特依旧无法接受。赛特决心前往据说是涅梅西斯巢穴的传说之地拉帝安。虽然阿鲁玛想劝赛特死心，但正因为两人十分重视彼此，使得两人的意见迟迟没有交集。当天晚上，阿鲁玛回想起当初和赛特相遇时的昔日往事……

为了找寻传说之地.拉帝安的线索，赛特以阿尔特弥斯学院为目标前进。半路上，他遇见了取缔魔法师的组织.异端审问所的德拉古诺夫队长。尽管赛特没有做半点坏事，却还是因为魔法师的身份而被逮捕关进牢中。虽然赛特想办法脱逃但还是无法成功。正当他伤透了脑筋时，他遇见了红发少女.梅莉。另一方面，正当阿鲁玛对赛特感到担心时，自称是研究者的男人.赛特来到她面前。

赛特抵达魔法师的城市.阿尔特弥斯后没多久，就为了要成为阿尔特弥斯的一员而被带去参加入院典礼。然而这时学院的创办人领主.马杰斯帝大师却强硬地对他课以罚金……之后赛特听从阿鲁玛的吩咐，开始寻找最强的魔法师.亚加。为了取得拉帝安的线索，赛特和梅莉浑身充满干劲。然而两人却在不知不觉中引发了大麻烦！

为了成为亚加的弟子，必须要展现自己魔法的才能。赛特虽然请梅莉教导使用魔法，但由于梅莉不擅长使用攻击魔法，所以无法教导赛特他想学的魔法。温柔的梅莉因为太过于担心赛特而性格大变，变身为另一个性格凶暴的“疯狂梅莉”。疯狂梅莉表示若不抱着必死的决心无法获得力量，并且为此对赛特进行危险又严格的训练。然而在训练过程中却发生了意外……

在梅尔巴小姐的咖啡店喝上一杯咖啡是杜克每天的例行公事。然而杜克却在平静的午后，被从人孔盖中出现的触手抓走了。潜伏在下水道的怪物是魔鬼鱼大海怪，它因为喜欢喝咖啡而被杜克身体染上的气味吸引，并且将杜克抓走了。赛特与梅莉为了拯救杜克潜入了下水道。然而赛特的泰坦拳却对怪物柔软的身体起不了作用。无视于困难重重的救援行动，杜克他这时……

赛特很快地就学会了魔法之力，但却因为惯于使用魔法使他驾驭力量的方式变得杂乱无章起来。亚加为了要给赛特警惕，于是让他戴上了封印魔法使用的手套，并表示要是破戒就要逐出师门。这个时候，过去和赛特在彭波.西鲁兹对决过的勇敢四人组为了做坏事企图潜入阿尔特弥斯，并且被收到命令、正在打扫学院外墙的赛特发现了。赛特虽然处于没有魔法的状态，但还是为了阻止他们入侵而努力奋战，然而……

在新人队员葛威斯眼中，德拉古诺夫身为队长态度却十分散漫，实在难以想像他会深受资深队员们的信赖。葛威斯请愿希望能像个异端审问官一样与危险的魔法师战斗。过程中，他们收到了来自艾多穆德队的紧急信号。他们的船只因为遭受到涅梅西斯的袭击而被破坏。正当葛威斯对于捕捉到大量魔法师的艾多穆德感到佩服不已时，德拉古诺夫察觉到了某件真相。

赛特离开阿鲁玛踏上旅程已经过了一个月的时间。现在阿尔特弥斯正在举行祭典，一片热闹的气氛让赛特的内心兴奋不已。这场乍看之下是马杰斯帝临时起意举行的祭典，真正的目的其实是为了要收集自我防卫用的资金。祭典中最受注目的活动莫过于扫帚大赛。优胜者候补的少年尼克因为瞧不起阿鲁玛而惹怒了赛特，于是赛特决定也要参加大赛对他还以颜色。骑上从阿鲁玛手中继承而来的扫帚，赛特飞向天空。

杜克收到了和涅梅西斯有关的事件委托。戒心重的杜克原本打算要拒绝委托。但一心想将涅梅西斯赶走的赛特仍然硬是拖着杜克出发，一行人踏上了前往爆炸声与喧闹的城镇.蓝布镇的旅程。在那个城镇中，魔法师们在异端审问官.孔拉德的无理政策之下，受到了相当严重的不平等对待。赛特在镇中遇到涅梅西斯后原本打算将它抓起来，但这时全身缠满了绷带的神秘魔法师.古利姆突然出现在他们面前！

赛特等人抵达了位在贫民窟的委托人家中。家中的长男塔吉是涅梅西斯的感染者。一家人希望赛特等人能代替对移民们的诉求不闻不问的异端审问官调查涅梅西斯的事件。在赛特等人开始进行调查时，宣告避难的钟声响起。蓝布镇因为过度的开发导致地盘根基不稳，为了避免城镇崩塌，移民必须要定期移动位置。当镇上空无一人的时候，涅梅西斯出现了！

异端审问官孔拉德煽动民众，表示蓝布镇引发的事件全都是移民和魔法师造成的。人们受到恐惧及不安的影响蜂拥而起、开始展开排除感染者的行动。而这一切全都是从以前就厌恶着移民的孔拉德的计划。变成暴民的人们将塔吉抓了起来，准备将他处刑，而千钧一发之际，即时赶到的赛特和梅莉将他救了出来。赛特究竟能否阻止煽动人民情绪的孔拉德的阴谋呢……！？

赛特因为杜克遭挟持为人质而被孔拉德反将一军、并且被抓了起来。孔拉德声称赛特就是和移民们勾结的犯罪者，借此煽动群众。紧接着，朝向移民居住地区发动的炮击开始了。赛特虽然在古利姆的帮助下得救，然而涅梅西斯也在同时现身，让镇上陷入了大混乱。涅梅西斯的操纵者，是女魔法师哈梅莉奴。憎恨着蓝布镇居民的她，究竟有什么目的？

十五年前，身为感染者的年幼时期的哈梅莉奴，与和她有相同遭遇的孩子们一起被幽禁于蓝布镇。年轻时代的孔拉德杀害了保护孩子们的异端审问官准尉欧克修马雷，并且将一切全推托成是移民引发的叛乱，对此感到恐惧的人们让整个幽禁区域从岛上崩落…这就是十五年前的真相。这起事件唯一的幸存者哈梅莉奴一直在找寻复仇的机会。在得知这起悲剧的始末后，赛特他……

赛特与操着巨大长枪战斗的强敌孔拉德展开激战，并且在最后将他打倒。然而在哈梅莉奴的引导下，城镇开始发生崩塌。遭受攻击的赛特被吹飞出去并失去意识。当他醒来时，一个与赛特长相十分相似的男人站在他面前。自称彼欧东的神秘男子向赛特提出了问题。“你是为了什么而战？你应该站在哪一方的立场上？”接着，为了阻止哈梅莉奴，赛特开始奔往战场。

赛特终于和哈梅莉奴对峙了。哈梅莉奴认为居民们没有拯救的价值，并对赛特展开了激烈的攻击。赛特是为了守护大家而使用着魔法，但回顾着自身的过往，不禁开始对有相同境遇的哈梅莉奴产生了共鸣。对魔法师的迫害与差别待遇确实存在着，但是，阿鲁玛教导过自己不可以变成挥舞暴力的怪物。当赛特对哈梅莉奴提出某个提案时，异端审问官的军舰却急袭而来！

哈梅莉奴在“野兽”多尔克凶恶的刀刃攻击下倒下。激动的赛特虽然挺身迎战，却被异端审问官冯.杰佩斯反将一军，并且失去了意识。然而这个时候，隐藏在赛特体内的庞大力量开始失控，转眼间撂倒了杰佩斯，并且在失去意识的状态下对多尔克展开袭击。随着“山头”桑德里大佐的加入，战局变得越演越烈。另一方面，正当梅莉等人意图离开城镇时，一行人遇见了来自马杰斯帝的迎接……

回到阿尔特弥斯学院的赛特等人，以揭露异端审问官非法行为的英雄的身份受到热烈的欢迎。然而，赛特一想起哈梅莉奴和自己失控时的事情，就实在没办法坦率地开心起来。就算马杰斯帝为了犒赏他们举办了盛大的派对也无法消去他内心的悲伤。正当赛特独自一人消沉不已时，阿鲁玛前来造访赛特。阿鲁玛之所以会来到这里，是因为收到了担心赛特的梅莉传来的联络。然后，阿鲁玛让赛特看了塔吉从蓝布镇寄来的信……

因为孔拉德在蓝布镇上的不法行径曝光，异端审问官如今正逐渐失去人们的信赖，德拉古诺夫队甚至找不到能够为他们提供物资支持的城镇。新兵对于自己明明为了拯救人们而战，却受到这种不合理的待遇而感到叹息。对此，德拉古诺夫则告诉他就算深信自己的所作所为是正确的，也未必会伴随好的结果。另一方面，阿尔特弥斯学院因为蓝布镇的骚动导致物流中断……

正当赛特读过亚加留下的信、决意要踏上新的旅程时，大量涅梅西斯的卵朝着阿尔特弥斯学院落下。魔法师们虽然加以迎战，然而却有落网之鱼掉到了孤岛上，而那里正好就是梅莉外出前往的地点。赛特为了拯救梅莉连忙赶到岛上，与从卵孵化出来的涅梅西斯展开战斗。然而涅梅西斯实在太过强大，使得被逼到走投无路的赛特的力量再次失控。然后，对自己无法控制的力量感到恐惧的赛特，做出了某项决定。

为了解开“拉帝安”的谜团，赛特展开了崭新的冒险旅程。他的目标是魔法师骑士团之都.卡斯兰马林。赛特乘坐在阿鲁玛的飞行船上，与阿鲁玛及成为阿鲁玛助手的波斯曼、吉吉一起朝向希凡提尔大陆飞行。另一方面，异端审问官队长.德拉古诺夫在多尔克将军的命令下造访了异端审问所的圣地。德拉古诺夫虽然已经做好接受处刑的觉悟，然而……

在与阿鲁玛道别后，赛特独自降落至希凡提尔大陆。在那里，他与为寻求大陆资源而来到这里的商人男爵集团意外接触。身为魔法师的赛特被他们视为敌人，并且在商人男爵们的猛烈攻势下陷入了绝境。在古利姆的帮助下，赛特总算顺利脱逃。不久后，赛特终于抵达了城市。看见魔法师与非魔法师们和平共存的模样、以及眼前受到众人仰慕赞扬的魔法骑士，赛特不禁大开了眼界。

赛特与梅莉及杜克再次重逢，然而梅莉的态度却显得十分冷淡，并且默默地从赛特眼前离去了。赛特为了寻找拉帝安的线索而来到城内，结果却吃了闭门羹。正当赛特伤透脑筋时，眼前出现了一位自称是米尔的怪异老人。米尔带着赛特来到了魔法师骑士团的厩舍。在厩舍内，赛特遇见了正准备出击歼灭涅梅西斯的魔法骑士志愿者少女奥可霍。被奥可霍误认为新人的赛特就这样被带往战场……

赛特想要保护被战斗破坏得一团糟的田地中的作物。对赛特感到敬佩不已的奥可霍和他合作使出了防御魔法，然而之后奥可霍却因为违反命令而遭受指责。不过，女王布蒂卡对奥可霍像传说中的魔法师马林般保护大地的行动赞赏有加。根据农民们的说法，自从史佩克托尔.涅梅西斯出现之后，就开始有垂着脑袋的妖精.杜拉罕在夜晚出没……

梅莉冷漠地拒绝了造访旅馆登门道歉的赛特。赛特不希望自己无法控制的力量伤害到自己的伙伴因而选择独自踏上了旅程；而梅莉则是希望能以伙伴的身份获得赛特的信赖，两人的想法恰恰相反。之后，奥可霍拜托无处可去的赛特协助她一起锻炼。做为交换条件，奥可霍表示愿意帮她在城堡内调查拉帝安的情报。赛特虽然对于结交伙伴感到犹豫，不过……

由于奥可霍调查拉帝安迟迟没有进展，于是赛特决定自己一个人潜入城堡的书库。然而，赛特明明应该是第一次来到这里，但他却在梦境中看过城内的模样。他沿着在梦境见过的信道前进，并且抵达最深处。那里出现了涅梅西斯和一位神秘的青年。青年看见赛特的角后大为惊恐，并且将赛特关在防护罩之中。然后，被抓住的赛特的所有行动，全都和袭击地面的史佩克托尔.涅梅西斯同步了……

拥有赛特外型的涅梅西斯在地面上出现了，而这正是潜伏在城堡地下的神秘男子搞的鬼。他就是让史佩克托尔.涅梅西斯出现的幕后黑手。潜入城堡地下的赛特遭受到涅梅西斯的攻击而丧失了意识、被封闭在不可思议的世界中。在赛特的意识世界之中，赛特开始回顾自己过往的记忆。然而，因为某些原因，导致赛特在失控的状态下苏醒了。

认识彼欧东的神秘男子对失控的赛特感到畏惧，于是将他轰出至城堡之外。梅莉等人为了找寻音讯全无的赛特，沿着幻想的痕迹进入了据说一旦进去就再也无法出来的凯鲁多森林之中。穿越不可思议的森林，梅莉等人与将赛特藏匿以来的米尔及米尔的妻子吉儿相遇。困在意识的世界“席多”之中无法脱身的赛特害怕自己的力量，不愿离开这里……

奥可霍和梅莉因为在不久前的战斗中做出违反命令的行动而遭到指责。不过，莫德雷德向女王进言、指出一切都是源自于布朗葛瓦尔指挥上的过失，使得奥可霍和梅莉因此得救了。另一方面，赛特为了控制住自己的力量，留在凯鲁多森林持续进行修行。在米尔与吉儿的帮助下，赛特学会了与幻想之间进行调和的方法。然后，赛特开始试图驾驭自己体内的黑暗，然而……

魔法师骑士团在布朗葛瓦尔卿与葛里斯卿的指挥下动身前往讨伐出现在农地的涅梅西斯。然而，却只有奥可霍一个人察觉到那其实是涅梅西斯的集合体.艾可涅梅西斯。艾可涅梅西斯分裂成无数的个体、并开始四处破坏。奥可霍虽然向骑士团呼救，但声音却无法传达到他们耳中。在无计可施的情况下，奥可霍决定再一次违背命令。然后，奥可霍使出了强力的吉索尼，从布朗葛瓦尔卿手中夺去了骑士团的指挥权……

赛特如今仍然无法控制失控时的自己。他虽然使尽全力试图抑制，却反被遭到吞噬而陷入危机。但是，赛特在这时感受到自己至今相遇的伙伴们之间的连系，并在此时领悟将力量用于创造、而非破坏方面的方法。赛特了解到只要自己能正确运用孕育生命的力量，或许能让过去充满妖精的世界再次复活。于是，米尔决定将希望托付给赛特。

在册封仪式将至，街上充满了热闹的气氛，但奥可霍这时瞒着其他人独自外出了。长久以来就一直对她的行动感到怀疑的布朗葛瓦尔卿对奥可霍展开了袭击。梅莉出手阻止了布朗葛瓦尔卿，但难以置信的是，奥可霍刚才竟然打算召唤史佩克托尔.涅梅西斯。赶到现场的赛特阻止了失去理智的奥可霍，然而奥可霍恢复神智后却什么也不记得了。事后，一行人得知奥可霍是受到了某人的操控。而那个犯人究竟是……？

控制奥可霍的人就是莫德雷德。莫德雷德告诉奥可霍女王布蒂卡正是与充满谜团的可疑组织“隐士信徒”勾结的谋反者。如今奥可霍已经不晓得到底该相信什么了，这个时候，她因为赛特的一番话而下定了决心。到了册封仪式当天，奥可霍在众人面前向女王提出质问，并将魔法骑士之中有谋反者存在的真相公诸于世。

册封仪式被迫中断。女王布蒂卡拒绝异端审问，展开彻底抗战。魔法师骑士团因为突然无法使用魔法而陷入危机中。另一方面，潜入城堡内的赛特和迪亚巴尔再度相遇。迪亚巴尔表示他和赛特的关系就像兄弟一样。然后，杜克在城堡的书库发现了真实之书，然而……

迪亚巴尔为了逃离彼欧东的追赶，同时为了守护藏身之处而与“隐士信徒”携手合作。赛特透过意识的空间“席多”得知地上陷入了战争状态。当他连忙赶回地上时，却发现梅莉已经被德拉古诺夫捉去当成诱饵了。另一方面，奥可霍发现莫德雷德等人居然降落在商人男爵的船上。

莫德雷德没有身为人的感情。他是为了引发终将到来的混乱，在父亲的指示下于年幼时潜入卡斯兰马林的。他的父亲杜桑男爵道出了他真正的目的。在地面上奋战的女王布蒂卡虽然试图将幻想无效化的装置破坏，最后却还是倒下了。奥可霍被捕，而萨格拉墨也开始与他的儿时玩伴莫德雷德刀剑相向。

多尔克将军告诉德拉古诺夫，表示本次行动的目的是要捉拿赛特，军事介入并非这次计划的本意。然而成功捉拿赛特后，异端审问所却还是派出了军舰对卡斯兰马林展开攻击。德拉古诺夫为了阻止战争，决定违背命令。赛特则与阻却了他的去路的桑德里展开了战斗。这个时候，有一名神秘的战士突然降临至战场上。

神秘的战士的真实身份是躲藏在铠甲中的杜克以及“记忆之石”。战士为了拯救女王疾驰于战场，但却遭到拥有石化能力的维洛奴阻饶。另一方面，赛特与桑德里展开了决战。渴望享受战斗欢愉的桑德里试图让赛特失控，但却引爆了赛特的怒火。奥可霍对上杜桑、梅莉对上莉洁洛蒂，三个人的怒火同时爆发了。

被奥可霍逼入绝境的商人男爵们终于露出了本性。眼看这场战争即将步入尾声时，异端审问官乌尔米娜因为失去了桑德里，决定进一步朝森林投入哈莫尼乌姆以做为报复。幻想逐渐消失，受到乌尔米娜的强大奇迹操纵的士兵们也逐渐逼近城墙。赛特赶至森林后，出现在眼前的是陷入绝望的米尔。

陷入绝望的米尔为了破坏一切开始四处大闹，赛特也随着米尔的怒火而失控，并且被乌尔米娜捉住了。在这空前绝后的危机当中，奥可霍向陷入绝望的女王布蒂卡提问其身为女王的资质。受到奥可霍的鼓励而重新振作的女王为了破坏哈莫尼乌姆再度站了起来。另一方面，梅莉在德拉古诺夫与古利姆的协助下终于成功夺回了赛特。恢复理智的赛特为了阻止失控的米尔决定挺身而出。

赛特发现了吉儿留下的孩子，并阻止了米尔的失控。米尔在新生命的面前重新找回了希望。在这场战争过后，德拉古诺夫对异端审问所的正义产生了疑问，为了当面向多尔克将军问个清楚，他决定要返回本国波姆。漫长的战争结束后，卡斯兰马林的人民齐聚一堂。女王布蒂卡当众宣示要废除旧有的陋习，并任命新一任的女王人选。