Nous sommes à une ère où les Automatas, des robots, assistent les humains. Derrida et Nathan ont détecté un bug sur le DZ, le dernier prototype, mais leurs voix ne se feront pas entendre. Ce même jour, c’est aussi l’anniversaire de Mage, la fille de Nathan…

Derrida se réveille de sa cryostase dix ans dans le futur, pour trouver un monde en ruines rempli d'androïdes déchaînés. Après avoir été sauvé par un homme nommé Vidaux, Derrida décide de tenir sa promesse à Nathan en retrouvant et en protégeant sa fille, Mage.

Derrida se rend dans l'ancienne maison de Nathan, où il rencontre Yuri, la meilleure amie de Mage, qui est maintenant une jeune femme. Yuri dévaste Derrida en lui apprenant que Mage est mort... mais son chagrin est écourté lorsqu'ils sont attaqués par une femme en noir.

Pour trouver d'autres indices sur l'endroit où se trouve Mage, Derrida et Vidaux s'infiltrent dans le bâtiment de la société Rebuild, le créateur des androïdes incontrôlables. Mais pour ce faire, ils devront d'abord naviguer dans les tunnels souterrains et accéder à la ville.

Le groupe suit les traces de Mage jusqu'à un musée de la ville de Vanfort. Derrida est frappé par le souvenir d'une visite de ce lieu avec son père lorsqu'il était enfant, et ce souvenir fort provoque un brusque retour en arrière, dix ans plus tôt...

Les dommages causés à Graham par les batailles répétées ont fait des ravages. Pendant que Vidaux se rend en ville pour se faire réparer, Derrida et Yuri passent la nuit dans une maison abandonnée, où Derrida commence à expérimenter le mystérieux phénomène du "voyage dans le temps".

Derrida et Vidaux arrivent dans une nouvelle ville à la recherche de Yuri. Mais il s'avère que ses ravisseurs font partie du gouvernement et que la conspiration est encore plus profonde que prévu...

Un piège tendu par Donna conduit le groupe à l'homme qu'il recherche. Derrida pourra-t-il utiliser les manèges temporels pour les sauver tous de leur impitoyable poursuivant ?

Le passé de Vidaux avec Mayuka est exploré alors que l'équipe fait une charge brutale à travers le cimetière d'une DZ.

Cinq ans après la tragédie de Derrida, une expérience téméraire donne naissance à l'entité connue sous le nom de Donna.

Derrida et ses amis effectuent une dernière course désespérée vers le télescope où ils pensent que Mage se trouve.

Alors que le gouvernement se rapproche, Derrida se précipite pour retrouver Mage, apprendre la vérité et faire un dernier voyage dans le temps pour éviter le désastre.