TVレポーターのヒビキは、突如襲来してきた謎の敵と統合軍の戦闘を取材することになった。統合軍の歌による攻撃を押さえようと民間用バルキリーを飛ばすヒビキ。だが、実際に彼が目撃した光景は、次々に撃破される味方の姿だった。そして、混乱したまま大破した敵戦艦に突入したヒビキは、美しい少女と出会う…。

マクロスの艦橋で、ヒビキに自分のことを話すイシュタル。そしてイシュタルは、初めて知った地球の歌をもっと知りたいとヒビキに願い出る。そんな彼女を月面のムーンフェスティバルへ連れて行くヒビキ。だが、フェスティバルもクライマックスというところで、シルビーと歌手のウェンディが敵に捕われてしまい…。

マルドゥークに捕らえられ、その尖兵として洗脳を施されそうだったヒビキは、シルビーによって救出された。そして、イシュタルを救おうと、彼女が運び込まれた旗艦サーライドにバルキリーIIで突入するヒビキとシルビー。一方、イシュタルはマルドゥークの戦いが間違いだと発言したために洗脳を施されようとしていた…。

イシュタル救出に失敗したヒビキとシルビーは、地球に戻った。そして、マルドゥーク艦内の映像を人々に公開しようと軍内部の器材で放送を試みるヒビキたちだったが、保安部隊に取り押さえられてしまう。その頃、統合軍とマルドゥーク軍による戦闘が開始されていた。だが、マクロスキャノンを用いても状況は変わらずに…。

マルドゥーク軍の圧倒的な火力により壊滅状態に陥った統合軍。今や地球人類の命運は、風前の灯火に等しいものだった。そんな局面を打開すべくエクセグラン司令官は、敵の中央集権的指揮系統の弱点をつくべくマクロスの主砲による敵旗艦へのピンポイント攻撃をシルビーに命じる。果たして、地球人類の命運は…!?