突如、東京を襲った大共鳴！　それを耳にした全都民が一瞬にして昏睡する。

人々が目覚めると、東京は赤い霧に包まれてしまっていた。脱出を図る者もいたが、

無事に赤い霧を通り抜けた者はなく、東京は陸の孤島と化してしまう。

脱出不可能、影の孤島と化した東京！

それから五ヵ月後。たった一人最後の最後まで眠り続けていた大学生、神名千尋が目覚めたことで、凄絶なる紅蓮の伝説が幕を開ける！

天涯孤独の千尋を育ててくれた“もうひとりの父”が目の前で巨大な怪物トロールと化してしまった。

まともに戦うことさえ出来ない千尋を凶刃が貫いた時、千尋の瞳が深紅に輝いて、彼の中の何かが目覚め始める！

その手に染み付いた血は永遠に拭い去ることは出来ないのか！？　苦悶する千尋の前に現れる謎の美少女、優羽莉。

彼女が鳴らす鈴の音が千尋をさらに過酷な戦いの中へと引きずり込む！

己が血を戦う力に変える血晶武装。血晶武装を操ることができるのは“英血”と呼ばれる選ばれし者だけだ。千尋に続き、親友の虎鉄も英血として覚醒する。罪もない人々を怪物に変えていく敵はいったい何者なのか!? 激しい戦いの中で次々と覚醒する英血たちは聖マルディウス教会へと集められる。そこで謎の美少女、ドゥクスが語った事とは――。

世界を救いたければ、東京を破壊しなさい！ 予想もしなかったドゥクスの言葉に戸惑う千尋たち。だが、自分に関わるもの全てを破壊してしまう運命に絶望した千尋は、周りの忠告も聞き入れず、もてあました巨大な力を東京に叩きつける！ そんな中、戦っていた千尋と優羽莉は突如、謎の異空間に幽閉されてしまう。敵同士二人きりという状況で、意外にも優羽莉は……！

全てはあなたのお母さんのせい。優羽莉に投げかけられた言葉が千尋の頭から離れない。失われた幼少期の記憶と関係があるのだろうか？ そんな千尋に柿原が告げた過去は、あまりにも無残で痛ましい悲劇だった。血塗られた運命に絶望する千尋を何とか救おうとする犬樹。だが、果たして運命を変えることができるのか？ ようやく微かな希望の光が見えたと思った折、犬樹にも恐るべき惨劇が襲いかかるのだった！

東京で謎の惨殺事件が頻発する中、犬樹が失踪してしまう。必死に捜す千尋たちだが、犬樹が裏切り者だという情報がもたらされる。何を信じていいのか分からなくなった千尋の前に現れる優羽莉。互いに斃さねばならない敵と知っていながら、言葉にし難い安らぎを感じてしまう二人……。一方、犬樹はひたすら破滅へと突き進んでいた。彼を救うために血晶武装する千尋。死闘の果てに待ち受けるものとは――！

兄弟同然のように育った犬樹を千尋に斃され、復讐を誓う順――。紅蓮の王となるべく、ただ一人生き残ろうと企む笙子――。優羽莉と二人きりの逢瀬を重ねていく千尋――。見えないところでそれぞれの思惑が動き出していく。そんな中、千尋は虎鉄が斃れるという絶望の予知夢を見てしまい……!?

運命に抗いたい。仲間が次々と斃れていく運命を救いたい。そう願った千尋は、混沌の手先である優羽莉と手を組む。さらにマリエや椿たち、鎮護国禍へも共闘を申し出た。東京を破壊することなく、英血たちが生き残るためには互いに協力し合うことが最善だと考えたのだ。だが、苛烈な運命はそんな甘い考えを許そうとせず、千尋を最悪の結末へと導くのであった……！

信じていた優羽莉に裏切られ、鎮護国禍にも見放された千尋。どんなに抗おうとも千尋が見る“絶望の予知夢”の通りに全ては進んでいく。それでもなお、必死に運命を変えようと足掻き続ける千尋。その姿に柿原はあらためて千尋の過去を確かめようとする。千尋は本当に自分の父親を殺したのか!? 血塗られた悲劇に隠されていた真実とは!? そんな折、千尋は柿原が斃れるという予知夢を見てしまう。

AVAL科学財団は都内に次々と人工要石を設置し、第二の大共鳴を引き起こそうとしていた！ このままでは全都民がモンスターに変えられ、東京は地獄と化す！ 何としても阻止すべく、千尋たちはカーク鏑木のコンサートが行われるインフィニティシアターへと向かった。終焉を呼ぶ死神の旋律が響き渡る中、千尋たちとAVAL科学財団との総力戦が始まる。果たして第二の大共鳴を阻止できるのか!?

殺し合い、滅びゆくのが英血の運命なのか？ 激しい死闘の末、敵も味方も次々と斃れ、遺されるのは墓標とも言うべき血晶のみ……。だが、生き残った者は世界の命運を賭けて戦い続けねばならない。計画を阻まれたグラマンは温存してきたチユを投入し、異世界へのゲートを強引に開こうと図る。父のグラマンと千尋との間で板挟みになった優羽莉の心は激しく揺れ、さらなる悲劇を呼び込んでしまう。

ついに異世界へのゲートが開かれ、東京崩壊が始まる！ 全てを終わらせるため、最終決戦の地へと向かう千尋たちの前に立ちはだかる恐るべき敵……！ 星の巡りが悪かったというのか？ 最初からこうなる運命だったというのか？ 惹かれあう心も、育んできた愛も、運命と云う名の大きな波に押し流され、悲しみの対峙が訪れる。ひたすら運命に抗おうとしてきた二人が迎える結末とは……！