벤과 밴스가 828편의 날개를 찾으러 쿠바로 떠난 와중에 미카엘라와 지크는 코스타리카로 신혼여행을 즐긴다. 벤이 날개에 접근하자 캘과 벤, 미카엘라는 오랜만에 강렬한 계시를 경험하고, 미카엘라와 지크는 계시에 나온 의문의 여성을 찾아 나선다.

앤젤리나는 올리비아와 함께 계시를 따라 옛 학교에 찾아가고, 정직이 해제돼 드레아와 파트너가 된 미카엘라는 되살아난 마약상 일당 세 명을 뒤쫓던 중 우연히 앤젤리나와 올리비아를 만난다. 한편, 벤은 쿠바에 억류된 밴스를 구하려고 파웰에게 도움을 요청하기로 한다.

새로운 계시를 느끼고 이비의 집을 찾아간 미카엘라는 패닉에 빠진 베벌리와 바닥에 쓰러져 있는 글렌을 발견하고 제러드에게 연락한다. 미카엘라의 연락을 받은 제러드는 지크와 함께 이비의 집으로 향한다. 한편, 벤은 828편의 또 다른 승객 이건을 만나 각자의 계시 내용을 종합한다.

밴스는 828편을 연구하는 NSA 프로젝트의 책임자가 되고, 벤과 산비를 연구실에 초대한다. 그곳에서 꼬리 날개가 사라지는 영상을 본 산비는 꼬리가 사라진 시각이 피츠 소장이 사망한 시각과 같다는 걸 깨닫고 죄책감에 빠진다. 한편, 미카엘라는 앤젤리나의 부탁을 받고 지크와 함께 피트를 찾아간다.

죽음의 날을 하루 앞둔 제이스는 미카엘라에게 복수의 칼날을 갈고, 벤과 미카엘라는 제이스와 동일한 계시를 본 피트와 코리를 찾아, 제이스를 막을 방법을 알아내려고 한다. 한편, 올리브는 제이스가 그린 그림과 TJ가 보낸 파피루스를 비교해 보던 중 동일한 상징을 찾아내 계시의 의미를 파악한다.

계시에서 캘이 마지막 기회라고 말하는 걸 듣게 된 제이스는 자신의 생존이 캘과 연관됐다고 믿고, 캘을 찾아 나선다. 제이스와 캘이 관련있다는 사실을 알게 된 미카엘라와 벤 역시 가족들을 찾아 나선다. 한편, 올리브는 파피루스의 사라진 조각을 찾고 충격적인 사실과 마주한다.

실험 대상이었던 피트를 포함, 마약상 세 명이 모두 시신이 돼 돌아오자, 굽타 박사는 벤과 산비에게 유레카를 떠나라고 말한다. 828편 승객들의 운명이 모두 이어져 있다는 주장을 펼치던 산비는 유레카에서 쫓겨나기 직전, 살아 돌아온 자들에게서 놀라운 공통점을 발견한다.

유레카는 바티칸에서 온 나뭇조각을 연구해서 828편의 비밀을 밝히려고 하고, 굽타 박사는 모든 연구진이 산비에게 보고하도록 내부 체계를 바꾼다. 산비는 여러 자료를 통해 나무의 놀라운 정체를 알게 되고, 828편 승객들에게 알리려 하지만 반대에 부딪힌다. 한편, 벤과 미카엘라는 계시를 보고 828편 승객이었던 레이철을 찾아간다.

먹구름과 홍수, 피눈물을 흘리는 사자 계시를 본 미카엘라와 벤, 이건은 이를 통해 유레카에 있는 산비가 위험에 처한 걸 알게 된다. 미카엘라는 경찰 신분으로 유레카를 찾아가 산비를 만나고, 산비의 상황에 크게 놀란다. 한편, 올리브는 자신을 계속 따라 하는 앤젤리나와 점점 멀어지기 시작한다.

벤과 캘은 828편 승객인 애스트리드의 사진이 불타는 계시를 보고, 그녀가 시험에 든 걸 알게 된다. 애스트리드의 계시가 828편 안티인 코디 웨버의 아들과 관련이 있자 벤은 과거 접근 금지 명령을 받은 걸 무시하고 코디를 찾아간다. 한편, 산비의 실험으로 뉴욕엔 누구도 예측 못 한 지진이 발생한다.

벤이 코디와의 사건으로 기소 인부 절차에 회부되고 보석금 50만 달러에 가택 연금을 선고받자, 그레이스는 보석금을 마련하기 위해 모아 둔 식당 자금까지 모두 끌어모은다. 한편, 전 세계적으로 828편 승객들에 대한 탄압이 시작되자 미카엘라는 경찰과 승객 사이에서 정체성을 고민하다 마침내 결정을 내린다.

캘이 유레카에 있다는 전화를 받은 벤은 그레이스와 함께 유레카를 찾아간다. 계시로 생긴 캘의 화상이 점점 심해지는 가운데, 벤은 날개 실험을 멈춰야 캘이 살 수 있다고 밴스에게 호소한다. 한편, 앤젤리나는 828편에서 피가 흘러내리는 계시를 보고 그만둔 경찰서를 다시 찾아간다.

벤과 밴스는 캘을 다시 데려오기 위해 꼬리 날개를 몰래 바다에 빠뜨릴 계획을 세우고, 그레이스와 올리브는 캘이 그린 그림을 통해 날개를 버릴 위치의 단서를 찾아낸다. 과학을 신봉하던 굽타 박사도 캘의 그림을 보고 믿음을 깨달으며 이들의 계획에 힘을 싣는다. 한편, 앤젤리나는 에이드리언의 말을 듣고 자신의 수호천사를 찾아간다.