Le professeur J. Allen Hynek, un scientifique renommé, est recruté par l'armée de l'air américaine pour mener des investigations sur des enquêtes non-résolues et qui pourraient être relation avec des extra-terrestres. Il se penche sur le cas d'un pilote militaire qui a survécu à une confrontation avec un vaisseau extra-terrestre...

Hynek et Quinn enquêtent sur le cas d'une mère et de ses deux enfants, en Virginie-Occidentale, qui ont été témoins de la sortie d'un extraterrestre d'une épave d'un OVNI...

Lorsque les citoyens de Lubbock, au Texas, voient à un mystérieux engin en forme de V dans le ciel nocturne, Hynek et Quinn sont amenés à enquêter sur l'observation de masse.

Une étrange rencontre d'OVNI avec un avion de ligne commercial conduit Hynek et Quinn à un programme top secret impliquant des scientifiques ex-nazis à Huntsville, en Alabama, connu sous le nom d'Opération Trombone, qui a son propre programme mystérieux.

Hynek et Quinn suivent une série d'indices étranges qui les mènent à un groupe secret qui prétend non seulement avoir été témoin de lumières étranges pendant le combat, appelées "Foo Fighters", mais prétend également connaître le moyen de les contacter.

Après que de mystérieuses boules de feu vertes aient presque provoqué une catastrophe nucléaire lors d'un essai d'armes, Hynek et Quinn doivent étudier comment cela aurait pu se produire, chacune avec des théories différentes sur ce qui se passe réellement.

Après qu'un maître scout disparait alors qu'il assiste avec sa troupe à un étrange engin flottant dans les bois, Hynek est envoyé pour enquêter pour le projet Blue Book, tandis que Quinn est entraîné dans une mission étrange pour le général Harding.

Quand un film montre un peloton de l'armée sous l'attaque d'un OVNI, les généraux envoient Hynek et Quinn pour enquêter, et découvrent que les soldats souffrent non seulement des effets physiques de la guerre, mais également de leurs effets psychologiques.

Hynek est entraîné dans une affaire dont il ne peut littéralement pas s'échapper lorsqu'un homme arrive au siège de Blue Book avec sa femme. L'homme prétend qu'il a été enlevé par des extraterrestres et il prévoit de tenir en otage Hynek et Quinn jusqu'à ce qu'il découvre la vérité.

Washington D.C. est envahi par les ovnis. Hynek et Quinn doivent découvrir la véritable nature de la menace avant qu'il ne soit trop tard.

Quinn et Hynek se rendent à Roswell, N.M., avec le général Harding. Un citoyen local inconnu menace de révéler les preuves associées à un atterrissage en catastrophe extraterrestre qui a eu lieu il y a six ans et de faire connaître son existence au monde.

Quinn et Hynek sont sur le point d'atteindre un coupable potentiel, ce qui pourrait les amener là où ils doivent être pour découvrir la vérité derrière le célèbre incident de Roswell.

Hynek et Quinn enquêtent sur les rapports d'un soldat qui aurait été pris dans une soucoupe volante sur une base militaire éloignée du Nevada, où ils apprennent par la suite les différentes raisons pour lesquelles les secrets contenus dans la zone 51 ne devraient pas être divulgués.

Un extraterrestre supposé envahit une maison rurale du Kentucky, ce qui incite la CIA à donner à Hynek et Quinn l'accès à leur programme top secret connu qui affirme que cette attaque pourrait être le début d'un plan plus vaste.

Le mystérieux Homme en noir kidnappe Hynek, qui envoie Quinn en mission avec la CIA pour le suivre et sauver Hynek.

Tout en se remémorant le tournage de "Rencontres du troisième type", Hynek raconte ses expériences avec l'infâme Robertson Panel et un homme excentrique contacté extraterrestre pour qui il a tout mis en jeu.

Hynek et Quinn visitent un ranch dans l'Utah pour en savoir plus sur les affirmations particulières d'une jeune famille concernant un phénomène inconcevable et potentiellement dangereux.

Hynek et Quinn enquêtent sur le vol de matériel sensible pris à Gens. Harding et Valentine, mais ils découvrent bientôt que leur coupable potentiel réside près de ce qu'ils imaginaient en plus des preuves concluantes d'un complot extraterrestre.

Lorsqu'un étrange avion disparaît dans la nature canadienne, Hynek et Quinn partent à sa recherche et récupèrent sa cargaison manquante, mais ils rencontrent plusieurs dangers potentiels en cours de route pour s'assurer que la cargaison ne soit jamais retrouvée par des personnes extérieures.

Hynek et Quinn font face à l'énorme pression de la prévention d'une éventuelle troisième guerre mondiale lorsqu'une série d'objets volants et submersibles non identifiés sont découverts lors d'un exercice naval à grande échelle qui a lieu près des eaux russes.