하딩 장군은 증거를 공개한다는 협박 전화를 받고 블루 북 프로젝트와 함께 뉴멕시코주 로스웰로 향한다. 워싱턴 사건으로 회의감을 느낀 퀸 대위는 적극적으로 진실을 파헤치려는 앨런 박사에 비해 소극적인 모습을 보이지만 로스웰에서 듣는 목격자 증언은 심상치 않은데...

마을 한가운데 떨어진 미확인 물체를 확인하러 간 하딩 장군 일행은 덩컨과 마주친다. 장군은 외계인에 대한 소문을 퍼뜨린 덩컨을 방송에 고발하려 하지만 이 또한 덩컨의 계획 중 하나. 덩컨의 계획을 알아차린 퀸 대위와 하이넥 박사는 방송을 막기 위해 서둘러 방송국으로 향하는데...

공군 기지 근처에서 병사 한 명이 UFO에 납치당하자 하이넥 박사와 퀸 대위가 네바다주로 향한다. 두 사람은 51구역에 들어가 극비리에 실험 중인 항공기들을 조사하지만 UFO의 단서는 찾지 못한다. 그때 실종된 병사가 끔찍하게 훼손된 시신으로 발견되는데...

블루 북 프로젝트는 외계인이 출몰했다는 연락을 받고 켄터키주 홉킨즈빌로 향한다. 목격자 진술을 별생각 없이 듣던 퀸 대위와 하이넥 박사는 숲속에서 괴이한 손자국을 발견한다. CIA 요원 대니얼까지 나서서 외계 침략을 예견하자 사건은 더욱 미궁 속으로 빠지는데...

윌리엄은 하이넥을 납치해 UFO에서 떨어진 금속 조각을 얻고자 모리섬으로 향한다. 퀸은 CIA 요원 대니얼과 함께 하이넥을 추적하고, 미미는 공군 기지에서 기밀 정보를 입수한다. 바다에서 금속 조각을 건져 올린 윌리엄은 하이넥 박사를 데리고 남극에 가려 하는데...

어떻게든 흠을 잡아 CIA에 주도권을 넘기려는 로버트슨 사문회를 앞두고 앨런은 불안에 시달린다. 그런 앨런 앞에 의문의 남자 데이비드가 나타나 사문회를 도와주겠다고 약속한다. 사문회 임원들의 회의적인 태도 앞에 위기에 처한 블루 북 프로젝트. 사문회가 종료되기 직전 데이비드가 나타나는데...

유타주 어느 목장에 젊은 부부와 어린 아들이 이사 온 뒤로 괴이한 현상이 끊이지 않는다. 어느 날 밤, 정체불명의 푸른 불빛과 외계인을 목격한 가족은 블루 북 프로젝트에 도움을 청한다. 목장으로 출동한 퀸과 하이넥은 이 지역에 대대로 내려오는 전설 속 괴물 '스킨워커'의 이야기를 듣는데...

블루 북 프로젝트는 몰래 찾아온 기계 공학자 존을 만난다. 존은 18번 격납고 비밀 실험실에서 역설계 중인 비행체가 외계에서 왔다고 주장하지만, 그날 밤 이후로 자취를 감춘다. 6개월 후, 의회에 있는 누군가가 대리인을 앞세워 블루 북 프로젝트에 접근한다. 대리인은 외계 생명체의 존재를 밝히기 위해 은폐 증거를 찾아오라고 요구하는데...

수지의 정체가 드러나면서 블루 북 프로젝트는 해체 위기에 처하지만, 퀸과 하이넥은 UFO 충돌 사건을 조사하고자 캐나다로 향한다. 추락한 비행기는 핵폭탄을 운반하던 러시아 폭격기로 밝혀지고, 퀸과 하이넥은 러시아 조종사와 함께 분실된 핵폭탄을 찾아 나서는데...

미국 제독이 북대서양의 괴비행체를 러시아 비행기로 오인하며 일촉즉발의 상황이 되자 케네디 상원 의원은 블루 북 프로젝트에 도움을 청한다. 하이넥과 퀸은 상하이 어부에게 바다 밑 도시 이야기를 듣고 괴비행체를 쫓아 바다로 향하는데...