Quinn en Hynek bezoeken Roswell, N.M., met Gen. Harding als een onbekende lokale burger bedreigt het bewijsmateriaal in verband met een buitenaardse crash-landing die zes jaar geleden plaatsvond en maakte het bestaan ervan wereldkundig.

Hynek en Quinn onderzoeken rapporten van een soldaat die naar verluidt werd meegenomen in een vliegende schotel op een afgelegen militaire basis in Nevada, waar ze vervolgens te weten kwamen over de verschillende redenen waarom de geheimen in Area 51 niet zouden worden vrijgegeven.

Een vermeende alien valt een landelijk huis in Kentucky binnen, wat de CIA ertoe aanzet Hynek en Quinn toegang te geven tot hun uiterst geheime programma dat bekend staat als MK Ultra, dat beweert dat de aanval van de buitenaardse wezens het begin kan zijn van een groter plan.

De mysterieuze Man in Zwart ontvoert Hynek, die Quinn op missie stuurt met de CIA om hem te volgen en Hynek te redden.

Hynek bezoekt de set van de film 'Close Encounters of the Third Kind' terwijl hij reflecteert op zijn verschillende ervaringen met het Robertson Panel en een eigenaardige buitenaardse contactpersoon voor wie hij alles op het spel wilde zetten.

Hynek en Quinn bezoeken een ranch in Utah om meer te weten te komen over de eigenaardige claims van een jong gezin over een ondenkbaar en potentieel schadelijk fenomeen.

Hynek en Quinn onderzoeken de diefstal van gevoelig materiaal van Gens. Harding en Valentine, maar ze ontdekken al snel dat hun potentiële boosdoener dichtbij ligt dan ze zich hadden voorgesteld, naast overtuigend bewijs van een buitenaardse samenzwering.

Wanneer een vreemd vliegtuig vermist raakt in de Canadese wildernis, gaan Hynek en Quinn op pad om het te vinden en de vermiste lading op te halen, maar ze komen onderweg verschillende potentiële gevaren tegen om ervoor te zorgen dat de lading nooit wordt gevonden door mensen van buitenaf.

Hynek en Quinn staan onder de enorme druk om een mogelijke derde wereldoorlog te voorkomen wanneer een reeks niet-geïdentificeerde vliegende en onderwaterobjecten wordt ontdekt tijdens een grootschalige marine-oefening die plaatsvindt in de buurt van Russische wateren.