오하이오주 천체 물리학 박사 앨런 하이넥은 UFO를 조사하는 공군의 비밀 프로그램, '프로젝트 블루 북'에 채용된다. 하이넥 박사는 공군 대위 마이클 퀸과 함께 외계 비행체와 교전을 벌이고 살아 남은 공군 조종사의 사건을 조사한다. 이 에피소드는 '고먼 교전'을 바탕으로 제작됐다.

하이넥 박사와 퀸 대위는 웨스트버지니아주에서 비행접시가 추락하여 불타는 가운데 외계인이 출몰한 것을 목격했다는 한 여성과 두 아이의 사건을 조사한다. 이 에피소드는 '플랫우즈의 괴물'을 바탕으로 제작되었다.

텍사스주 러벅의 주민들이 밤하늘에서 'V' 자 형태의 신비한 우주선을 목격하자, 하이넥과 퀸은 수많은 목격자를 조사한다. 이 에피소드는 '러벅의 불빛'을 바탕으로 제작되었다.

여객기와 마주친 기이한 UFO를 조사하기 위해 하이넥과 퀸은 앨라배마주 헌츠빌로 향한다. 그곳에서는 '페이퍼클립 작전'으로 알려진 극비 계획을 진행하고 있다. 나치 출신 과학자가 참여하여 불가사의한 실험을 하는 이 계획에 하이넥과 퀸은 휘말린다. 이 에피소드는 '차일스-휘티드 UFO 목격 사건'을 바탕으로 제작되었다.

단서를 추적하던 하이넥과 퀸은 비밀스러운 목격자들을 만난다. 그들은 전투 중에 '불덩어리'와 교전을 벌였고, 그 물체와 접촉할 방법을 안다고 주장한다. 이 에피소드는 제2차 세계 대전의 '불덩어리' 목격담을 바탕으로 제작되었다.

기이한 녹색 불덩이가 무기 실험 중에 핵미사일을 발사할 뻔한 후, 하이넥과 퀸은 어떻게 사건이 일어났는지 조사해야 한다. 둘은 진상을 조사하며 각각 이론을 바꾼다. 이 에피소드는 여러 군사 기지를 둘러싼 '녹색 불덩이 사건'을 바탕으로 제작되었다.

숲속에서 스카우트 활동을 하던 아이들이 이상한 비행 물체를 목격한 후 스카우트 단장이 실종된다. 프로젝트 블루 북에서 하이넥이 파견되고, 퀸은 하딩 장군의 명령으로 첩보 임무에 나선다. 이 에피소드는 '소니 데스버거스 스카우트 단장의 UFO 사건'을 바탕으로 제작되었다.

한 육군 소대가 UFO의 공격을 받은 사건을 기록한 영상이 나오자, 발렌타인과 하딩 장군은 조사를 위해 하이넥과 퀸을 현장으로 보낸다. 그곳에서 둘은 UFO의 공격이 신체뿐만 아니라 심리에도 영향을 끼친다는 것을 발견한다. 이 에피소드는 한국 전쟁 당시 미 육군에서 일어난 UFO 사건을 배경으로 제작되었다.

외계인에게 납치됐다고 주장하는 남자가 부인과 함께 블루 북 프로젝트 본부에 찾아온다. 하이넥과 퀸을 인질로 잡고 진실을 알아내라 명령하면서 하이넥은 빠져나올 수 없는 사건에 휘말린다. 이 에피소드는 '바니와 베티 힐 부부 사건'을 바탕으로 제작되었다.

미국의 수도 워싱턴 D.C.는 UFO에 둘러싸이자 공황에 빠진다. 군 최고 계급은 하이넥과 퀸에게 너무 늦기 전에 위협의 실체를 밝히라는 임무를 준다. 이 에피소드는 1952년 7월에 일어난 워싱턴 D.C. UFO 사건을 바탕으로 제작되었다.