Le professeur J. Allen Hynek, un scientifique renommé, est recruté par l'armée de l'air américaine pour mener des investigations sur des enquêtes non-résolues et qui pourraient être relation avec des extra-terrestres. Il se penche sur le cas d'un pilote militaire qui a survécu à une confrontation avec un vaisseau extra-terrestre...

Hynek et Quinn enquêtent sur le cas d'une mère et de ses deux enfants, en Virginie-Occidentale, qui ont été témoins de la sortie d'un extraterrestre d'une épave d'un OVNI...

Lorsque les citoyens de Lubbock, au Texas, voient à un mystérieux engin en forme de V dans le ciel nocturne, Hynek et Quinn sont amenés à enquêter sur l'observation de masse.

Une étrange rencontre d'OVNI avec un avion de ligne commercial conduit Hynek et Quinn à un programme top secret impliquant des scientifiques ex-nazis à Huntsville, en Alabama, connu sous le nom d'Opération Trombone, qui a son propre programme mystérieux.

Hynek et Quinn suivent une série d'indices étranges qui les mènent à un groupe secret qui prétend non seulement avoir été témoin de lumières étranges pendant le combat, appelées "Foo Fighters", mais prétend également connaître le moyen de les contacter.

Après que de mystérieuses boules de feu vertes aient presque provoqué une catastrophe nucléaire lors d'un essai d'armes, Hynek et Quinn doivent étudier comment cela aurait pu se produire, chacune avec des théories différentes sur ce qui se passe réellement.

Après qu'un maître scout disparait alors qu'il assiste avec sa troupe à un étrange engin flottant dans les bois, Hynek est envoyé pour enquêter pour le projet Blue Book, tandis que Quinn est entraîné dans une mission étrange pour le général Harding.

Quand un film montre un peloton de l'armée sous l'attaque d'un OVNI, les généraux envoient Hynek et Quinn pour enquêter, et découvrent que les soldats souffrent non seulement des effets physiques de la guerre, mais également de leurs effets psychologiques.

Hynek est entraîné dans une affaire dont il ne peut littéralement pas s'échapper lorsqu'un homme arrive au siège de Blue Book avec sa femme. L'homme prétend qu'il a été enlevé par des extraterrestres et il prévoit de tenir en otage Hynek et Quinn jusqu'à ce qu'il découvre la vérité.

Washington D.C. est envahi par les ovnis. Hynek et Quinn doivent découvrir la véritable nature de la menace avant qu'il ne soit trop tard.