Hynek, og partneren kaptein Michael Quinn, blir satt til å etterforske saken til en militærpilot som overlevde en nærkamp mot et utenomjordisk fartøy.

Dr. Hynek og kaptein Quinn må etterforske en sak i West Virginia hvor en kvinne og hennes to barn blir vitner til at en UFO krasjer i nærheten av gården deres, og et romvesen stiger opp fra vrakrestene.

Når innbyggerne i Lubbock i Texas ser et mystisk V-formet kjøretøy i nattehimmelen, må Hynek og Quinn dra for å etterforske hva innbyggerne har vært vitner til.

Et merkelig møte mellom en UFO og et rutefly fører Hynek og Quinn til et topp hemmelig prosjekt som involverer tidligere nazi-forskere i Huntsville i Alabama. Prosjektet, som heter "Operation Paperclip", viser seg å ha en mystisk agenda.

Hynek og Quinn følger en rekke merkelige spor som leder dem til en hemmelig gruppe som ikke bare påstår at de har vært vitner til merkelige lys under et slag kalt "Foo Fighters", men også at de har en måte å kontakte dem på.

Etter at en speiderleder forsvinner mens han og troppen blir vitner til et merkelig svevende kjøretøy i skogen, må Hynek og Quinn etterforske saken. Samtidig blir Quinn dratt inn i et sideoppdrag for general Harding.

Når en film som dokumenterer en tropp under et UFO-angrep dukker opp, blir Hynek og Quinn sendt for å etterforske saken. De finner ut at soldatene lider både fysisk og psykisk etter hendelsen.

Hynek blir dratt inn i et oppdrag han bokstavelig talt ikke kan komme seg unna når en mann kommer til Blue Book-hovedkvarteret sammen med konen sin. Han påstår han har blitt bortført av romvesener, og holder Hynek og Quinn som gisler helt til de finner ut av hva som skjedde.

Hovedstaden blir kastet inn i kaos og panikk når Washington D.C. omsvermes av UFOer. Hynek og Quinn blir tilkalt fra høyeste hold for å finne kilden til trusselen før det er for sent.