Astrophysiker Dr. Allen Hynek wird von der Air Force angeworben. Als Teil des geheimen "Project Blue Book" soll er mit Captain Quinn einen Militärpiloten unter die Lupe nehmen, der einen Nahkampf mit einem UFO überlebt haben soll.

Die Bewohner der Stadt Lubbock in Texas werden mitten in der Nacht Zeugen eines fliegenden, V-förmigen Schiffes. Dr. Hynek und Captain Quinn werden zu dem Fall gerufen, um die Sichtung des außerirdischen Flugschiffs zu untersuchen.

Ein bizarres Zusammentreffen eines Verkehrsflugzeuges mit einem UFO führt Dr. Allen Hynek und Captain Michael Quinn zu einem streng geheimen Programm namens Operation Paperclip von Ex-Nazis in Huntsville, Alabama.

Hynek und Quinn folgen merkwürdigen Hinweisen, die sie zu einer Straßengang führen. Deren Mitglieder behaupten, sie hätten während eines Straßenkampfes, der unter dem Namen "Foo Fighters" bekannt wurde, mysteriöse Lichter gesehen.

Nachdem mysteriöse grüne Flammenbälle beinahe ein nukleares Desaster bei einem Waffentest auslösen, müssen Haynek und Quinn herausfinden, was die Ursache dieses Ereignisses war. Dabei verfolgen sie unterschiedliche Theorien.

Ein Pfadfinderführer verschwindet, während er und seine Gruppe ein befremdliches Flugschiff über einem Wald fliegen sehen. Dr. Hynek soll sich dort umsehen und möglichst herausfinden, was hinter der geheimnisvollen Beobachtung steckt.

Ein Film gelangt an die Öffentlichkeit, der eine UFO-Attacke auf eine Soldateneinheit bei einer Trainingsmission dokumentiert. Die Generals entsenden Hynek und Quinn nach Missouri, um der Sache auf den Grund zu gehen.

Ein Mann taucht im Project Blue Book Hauptquartier auf und behauptet, er sei von Aliens entführt worden. Er nimmt Hynek und Quinn als Geiseln und droht, sie erst dann gehen zu lassen, wenn sie herausgefunden haben, was mit ihm passiert ist.

Die Hauptstadt der Nation wird in Panik versetzt, als Washington D.C. von UFOs überrannt zu werden droht. Nun beauftragt die Regierung Hynek und Quinn damit, die wahre Natur dieser Bedrohung herauszufinden, bevor es zu spät ist.