黃裳被朝廷所派勦滅明教，與武林中人結怨，導致家破人亡，遂隱居山林苦思破解招數以報仇，怎料一躲已四十年，仇人俱死去，令他感概萬千。

他不忍將無師自通道學就此湮沒，遂運功將所想到的決鬥一一雕鑿一山洞中，含笑而逝，壁上所刻正是「九陰真經」的絕世武功。

黃藥師不值師父趙不凡垂涎女弟子柳蝶衣美色，阻止二人相戀，令她抑鬱而終，因而與不凡反目，脫離師徒關係，並四處找尋奇人異士鑽研武功，誓要殺師報仇。

不凡為保性命，以真經祕密作交換，得裘千仞包庇，在鐵掌幫中躲避。藥師因此與鐵掌幫結怨。

千仞知真經與薩滿教有關，派玄生等偵查，不果，負傷而回。

彩蘭、玄生兩情相悅，上官華妒忌。彩蘭知後，暗沾沾自喜，對上官華差遣至盡。

徽、欽二帝被金國所擄，高宗對其處處退讓。千仞率領眾幫，計劃劫金國公主馮蘅作脅，表面要求換回二帝，實則欲探真經來龍去脈。

元顏熙為免除後患，上議殺徽、欽二帝，元顏朮恐動干戈，大力反對，真、熙無奈。

藥師闖鐵掌幫欲殺不凡，掌門上官南迎敵，將藥師擊走，但卻身受重傷。

玄生為人耿直正義，對藥師殺師之大逆不道行為極為不屑，更因誤會他害死上官南，視藥師為仇人，誓要殺他為掌門報仇。

玄生追尋藥師期間，偶遇若華遭圍困，挺身相救。若華脫險離去，卻向玄生還以冷漠神情。

藥師自馮蘅離去後，倍感失落，遇上玄生等人，被其苦纏搏鬥，終輕而退敵。

玄生自疚不敵，日夜苦練武功，以求打敗藥師為掌門報仇。

若華以男裝打扮，受歐陽鋒之命向各大派發出比武大會請柬，不從者死，令江湖人心惶惶。

元顏熙對馮蘅痴心一片，惜神女無心，竟以軍權迫元顏朮答應婚事。馮蘅不屈，無奈逃離金國。

馮蘅流浪，落泊之時，再遇藥師，從此感情大進。

馮蘅被元顏熙手下發現行蹤，迫她回國，幸得藥師一一打退，二人患難中加深了解。

歐陽鋒要成為天下第一之心，戰敗群雄，最後目標直指上官南，以報當年挫敗兩師兄弟之仇，可惜他已死去，令他失望。

千仞狡猾引導歐陽鋒認定最強的對手是藥師，以借刀殺人之計，務使二人兩敗俱傷，乘機剷除他們後，加上找出真經秘笈，便可獨霸天下。

歐陽鋒手段毒辣，惟對歐陽克慈愛有加，視之為命根。原來當年歐陽鋒與兄嫂同住，更與嫂日久生情，發生關係，生下私生子歐陽克，卻稱之為侄兒，不敢認作親子。

歐陽鋒欲與嫂私奔，怎料嫂產子後，含羞自盡，令他傷心欲絕。鋒兄獲悉家門醜事，多年來對歐陽鋒仍懷恨於心。

藥師聞陸家莊有孟嘗之風，向其借宿，怎料陸家被金人屠莊，少莊主陸乘天悲痛之餘，無力抵抗，幸得藥師所救。乘天欲拜藥師為師，藥師以喜飄泊江湖為理由，婉拒所求。

玄生與若華再生爭執，彩蘭被毒器所刺。玄生窮追索解藥，無意中窺到其女兒身。

若華被玄生見到其女兒身的私隱，覺奇恥大辱，不斷追殺，誓要雪恥，不料遇上伯通，被他破壞好事。

伯通為逃避當道士，從全真教逃出。處機等全真七子四處尋找其影蹤，要帶他回去剃度。

伯通無奈任由擺佈，到最後關頭，以調虎離山計逃脫。他逃走終南山腳時，重遇玄生，仰慕鐵掌幫武功，決跟隨玄生。

若華沿途追殺玄生，遇上藥師、馮蘅。她乘機代歐陽鋒下戰書，怎料藥師高傲態度對付，她回覆師父，歐陽鋒不值，派他再約戰藥師。

曲靈風偷了丐幫的一張地圖，被追殺，為藥師所救，將地圖給馮蘅。

千仞拉攏全真七子合力對付藥師，由他交出馮蘅。歐陽鋒乘機現身，迫藥師與他比武。

藥師、歐陽鋒戰鬥激烈，兩敗俱傷。藥師乘亂携馮蘅離去，歐陽鋒、千仞失望。

藥師連夜在荒野運功療傷，玄生尋至，乘機向他報仇，藥師冒走火入魔之險迎戰，並向他表明根本沒有殺死上官南。玄生半信半疑，不忍乘人之危離去。

玄生空手而回，被同門怪責，還被誤會被藥師收買，令他百詞莫辯。

歐陽鋒敗於藥師手，心生不忿，決閉關練更高層的「蛤蟆功」，成其稱霸武林之志。

若華要向玄生追殺，一次雙雙墮崖，彼此不自覺地產生傾慕之情，其後二人千辛萬苦負傷上崖。

藥師、馮蘅乘船逃亡期間，再遇金使，混亂中與馮蘅失散，流落桃花島，被紫烟所救。

紫烟因婉青早年與夫遠山為爭真經秘笈沉船，流落桃花島。紫烟出世後，婉青不欲遠山為真經犧牲，於是以棋局困他於島上。

藥師無意中破了他棋局，遠山再次欲出島尋經，婉青阻止，二人衝突，同歸於盡。

紫烟傷心欲絕，得藥師安慰，因她自小在桃花島長大，遇上第一個男人，不禁翻起感情波瀾，對他暗自傾心。

馮蘅流落市集，邂逅丐幫幫主洪七公，甚為投契，結成好友。

七公外遊很久，將幫主一職交托邵長老暫代，淨衣派不值，欲密謀造反，幸得馮菁無意中相助，內亂得以平息。

藥師決離島找尋馮菁下落。紫烟孤苦無依，願隨藥師浪跡天涯。

玄生與若華日久生情，玄生漸與彩蘭疏遠，彩蘭不知內情。

藥師間接得到七公之助，與馮蘅重逢，仿如隔世。紫烟冷眼旁觀，既羨慕又迷惑。

七公結識藥師，欣賞對方武功，互相惺惺相惜。藥師發現靈風交予馮蘅的地圖，原屬丐幫所有，內藏真經秘密，馮蘅物歸原主。七公聲言至今仍未有人參透畫中奧秘。

馮蘅知薩滿教內藏法器，乃開啟九陰真經秘洞的匙，但為免武替起干戈，決三緘其口，怎料卻被丐幫彭長老偷聽到，暗潛薩滿教偷出法器，不果，反被金人所制。

彭長老被苦打成招，說出真經與薩滿教之間的秘密，並透露馮蘅下落。元顏熙迫元顏朮簽下急箋，假傳病重消息，引馮蘅回國。

馮蘅接到信後，憂心忡忡，藥師料此為圈套，阻止馮蘅冒險回國，但最後馮蘅終不辭而別。

伯通為逃避全真教弟子，避至鐵掌幫求教武功，與玄生建立深厚交情。

彩蘭見玄生、若華一起，怒火中燒，故意離間二人，若華信以為真，一怒而去。

玄生無意中遇到馮蘅，將她捉回交給千仞。藥師冒險搶救，被千仞威脅自傷經脈。馮蘅不忍藥師受創，著紫烟帶走藥師。

藥師負傷而逃，險被鐵掌幫弟子所捉，幸玄生相救，送以金創藥，助他逃脫。

元顏熙有感中原高手眾多，南侵不易，於是故意放出真經秘密，擾亂武林，方便日後南征的霸業。

玄生感到千仞得到馮蘅後，志在她身上得到真經秘密，而不是如前所說迫金人放回二帝，當眾指責他私心太重，千仞老羞成怒。

馮蘅趁機潛回金國，見父皇被囚牢房，求元顏熙放過元顏朮。元顏熙再迫婚，二人無奈就範。

藥師夜闖薩滿教，欲救走馮蘅。馮蘅不忍留低元顏朮，假稱對藥師之情已變，令他死心。藥師失望之餘，與紫烟回桃花島。

歐陽鋒閉關練功良久，仍無進展，令他失望。金國向武林散播消息，聲稱「九陰真經」藏於鐵掌幫內，各幫紛紛派人潛奪，引起千仞戒備。

歐陽鋒獲悉，闖鐵掌幫搶到「聖物」，千仞挑引他與七公作鬥，奪到丐幫所藏地圖，便可得到真經。歐陽鋒依言約戰七公，臨急被伯通所阻，解繹所搶聖物為假的，游說二人往金國搶經。

馮蘅鬱鬱不歡，將哀愁發洩在簫樂中，無意中練成「洞簫音波功」。

藥師向七公借看地圖，參透出真經藏於華山之巔一秘洞內，加上金國聖物之助，必可找出真經，遂發起齊集江湖豪傑，在華山論劍，以決真經誰屬。

玄生、若華分別受命到薩滿教偷取法器，不敵，雙雙被囚，飽受嚴刑拷問，二人不屈，終被馮蘅暗中放走。

段智興身居大理國君，恐武林中人奪得真經後稱霸武林，令其「南帝」地位不保，竟參與爭經行列，與眾高手比試。

東邪、西毒、南帝、北丐、中神通齊集華山之巔，實行論劍，掀起一串文鬥智取。

當世五大絕頂高手齊集華山論劍，王重陽技壓群雄，奪得真經。眾大表心服，唯獨歐陽鋒心深不忿，伺機奪回真經。

王重陽感「九陰真經」流落江湖，會造成紛爭，遂縝密收藏之，不准任何人學練，令伯通等大為失望。

段智興與重陽惺惺相惜，知重陽奪經只為平定江湖紛爭，以保國家，但勸他養精蓄銳，以防歐陽鋒乘機偷襲。

元顏熙以為輕禁馮蘅，分開她與藥師，然後軟硬兼施迫婚，可令她就範，怎料仍未能得到歡心，一怒之下與元顏朮糾纏，將他刺傷。

元顏朮傷重垂危，臨危說出馮蘅原為漢人遺嬰，他為掩飾不育之事而拾來視如己出，令她大為震驚。

玄生對若華念念不忘，伯通看穿其心事，施計替他試探若華真情，終確實若華對他一往情深，再撮合二人。

彩蘭知生、華舊情復熾，向千仞哭訴。千仞認定若華為魔女，迫玄生離開若華。玄生見師命難違，再陷情網。

馮蘅本痛不欲生，但不欲辜負先帝養育之恩，決重新振作。

藥師與馮蘅兩地相思，終日借酒消愁。紫烟不忍他在痛苦中度日，勸他找回馮蘅。

馮蘅與元顏熙成親之日，施計製造真神顯靈假象，破壞婚事。元顏熙知其用意，一怒之下將她再收牢房。

藥師上路途中，遇上曲三被黑風寨強迫打家劫舍，替他解圍。曲三感恩圖報，欲拜藥師為師，但藥師依舊拒收弟子。

曲三報家仇心切，寧冒死偷學藥師武功。藥師感動，收他為徒，改名曲靈風。

千仞不滿玄生與邪派中人若華來往之罪，罰他靜思七日七夜，彩蘭替他求情。玄生答應與若華斷絕來往。

若華擔心玄生安危，夜潛入鐵掌幫欲救走他。玄生恐千仞會傷害若華，假意與她絕情，冷然趕走她。若華以為玄生負情，傷心而去。

千仞領眾弟子到全真教，表面上與重陽研究武學，暗派林平盜走真經，卻被玄生破壞。千仞恐事敗，立擊暈林平以防洩露風聲，卻引起全真教疑心。

林平回鐵掌幫，不滿千仞為保存其假面具，險遭其擊斃，聲言會將其一惡行告之天下。千仞為免留後患，重掌殺林平滅口，被玄生撞見。

玄生質問千仞，千仞砌詞歸咎林平，玄生不信。千仞一不做二不休欲殺玄生滅口，幸彩蘭出現身護玄生離去。

千仞急召開幫會，將盜經之罪推卸玄生身上，並誣指他殺林平嫁禍，派弟子追殺玄生。彩蘭深信玄生為人，但無力抗拒父命。

玄生逃亡途中，再遇若華，若華體諒其處境，願與他重修舊好。

歐陽鋒吸盡四十九隻毒蠍毒液，終練成蛤蟆功第七重，剛巧鋒兄狂性大發要向他報仇，他乘勢以他作試驗品，把他擊斃。

歐陽鋒發覺若華已有所愛，迫她透露內情。若華否認，且念及他對己有養育之恩，不敢正面叛逆，及至歐陽鋒將她鎖禁，她才奮力反抗，不果。

玄生被千仞找到，欲殺之滅口，幸藥師出手相救。藥師賞識玄生大義凜然，願收他為徒，怎料玄生以其身為鐵掌幫弟子，不肯再另拜師。

千仞再找到玄生，欲置之死地。彩蘭護玄生離去而遭千仞毒盲，千仞傷心之餘，決遷怒於玄生，繼續追殺。

馮蘅受盡元顏熙虐待，找機會親近他，欲乘機行刺他，不果，終被他放逐到邊彊地帶。

馮蘅流落荒野，潦倒非常。

玄生久候若華不見，甚為擔心，冒險闖白駝山，被歐陽鋒捉著，遷怒於他，幸得伯通調停，把玄生救起。

伯通帶玄生求藥師，藥師試探玄生，玄生竟自刺腹以表真誠。藥師終為所動，答應替他出頭。

藥師上白駝山，與歐陽鋒搏鬥，歐陽鋒不敵，終被藥師帶走玄生、若華，伯通見二人兩情相悅，撮合二人婚事。

藥師獲悉馮蘅被放逐，大為擔心，四處找尋，終發現其下落，怎料馮蘅因上次被元顏熙下「衰老毒」，眼看自己容顏漸老醜，欲偷走避開藥師，後見藥師一番誠意，返回其身邊。

藥師怒闖金國，向元顏熙取解藥，混亂中解藥被燒掉。藥師一怒之下大肆搗亂薩滿教大殿，元顏真被牽連擊斃。

藥師欲以內功替馮蘅迫出毒液，不果。靈風想到宋室皇宮偷出千年靈芝替她醫治，途中遇上玄生、若華，二人跟靈風回桃花島，希望能想出辦法醫治馮蘅。

千年靈芝未能救治馮蘅，藥師憂心如焚，素知歐陽鋒精通毒性，決求他設法醫治馮蘅。歐陽鋒威脅他交出若華，藥師不忍犧牲無辜，但為救馮蘅心切，進退兩難。

若華不甘被送白駝山受死，要玄生與她偷走。玄生解釋不能負藥師之恩。

馮蘅不忍若華為自己犧牲，拒絕接受。若華忽想到歐陽鋒有一本「五毒秘笈」，記載驅除奇毒之法，遂與玄生施計回白駝山偷出秘笈。

藥師不惜冒險將毒性轉移自己身上，終令馮蘅完全康復，但自己有性命之危，不敢向眾說出。

藥師為使武功後繼有人，廣收徒弟，玄生、若華亦投入其師門。玄生改名玄風、而若華則名超風。

伯通跟隨重陽往大理國與智興切磋武藝，邂逅劉妃子，大為傾慕。

智興料歐陽鋒會乘重陽傷勢未愈，乘虛奪取真經，特傳以能克制蛤蟆功的「先天功」給他防身。

未幾，歐陽鋒聞重陽病重瀕死，遂偷襲全真教欲搶真經，不料被詐死的重陽所重創，將他嚇走。

重陽以最後一口真氣與歐陽鋒搏鬥，自知元氣已盡，臨終前囑伯通將真經帶到遠方收藏。

藥師見眾弟子武功根底不同，各有所長，因材施教。另一方面，他想超風若以西毒武功與桃花島武功混在一起，會走火入魔，要她自行廢功重頭再練。超風以為針對她，不肯，最後明白師父苦心，答應。

伯通為武痴，但又不敢不遵從重陽遺訓妥為收藏真經，大感矛盾。

馮蘅無意中發現藥師不惜犧牲自己的壽命來換回自己生命，大為感動，主動提出婚事。

藥師、馮蘅成親之日，紫烟強抑哀愁，向二人祝福。

元顏熙查出藥師棲身桃花島，領回大喇嘛等伏擊他。藥師自知不敵，著眾弟子先行逃亡。玄風、超風不肯袖手旁觀，自告奮勇，找洪七公求助。

藥師力戰良久，終被攻破防障。紫烟為救馮蘅而受重傷，死在藥師懷中。藥師、馮蘅悲痛不已。

歐陽鋒死心不息，再到全真教迫弟子交出真經，幸伯通機警收藏起，令歐陽鋒大為忿怒。

七公替藥師運功療傷，但其體內之毒反抗，束手無策。他記起真經內有載除毒之法，著藥師眾弟子促找伯通借閱真經。

馮蘅等試探伯通，得知他身藏真經，求他交出。伯通以曾向重陽立誓為理由婉拒。

靈風等救師心切，欲製造混亂從伯通身上偷出真經，怎料伯通早有此防備。馮蘅利用過目不忘的本領，從伯通手上騙得真經一看，事後再憑記憶背寫出來，終助藥師除去毒性。

伯通受馮蘅所騙，以為所持真經為假冒的，一怒之下毀滅，還在重陽墳前發怒。

藥師認為真經為不祥之物，下令眾徒不得學練，違者會被逐出師門。

超風見自己武功沒有進展，欲偷出真經自練，被藥師發覺，下令趕她離開桃花島。

馮蘅自背經後，身體日漸衰弱，終發現有孕，眾為她高興。

歐陽鋒知藥師藏有真經，到桃花島迫他交出。二人經一輪搏鬥，歐陽鋒不敵，拂袖而去。

超風被趕出島，四處流浪。玄風掛念他，願離島相陪。

歐陽鋒發現超風下落，向她下毒，迫她偷出藥師手上真經交換。超風不依，但玄風不忍超風受痛苦煎熬，決回桃花島。

玄風向靈風等解釋來意，眾師兄弟同情超風苦衷，助他偷出真經，交給玄風帶走。

玄風、超風交真經予歐陽鋒，以為毒性可盡除，怎料歐陽鋒已頂早向二人下屍毒，要有待練成「九陰真經」武功後，才替二人解毒。

歐陽鋒勤練真經時，發現玄風、超風預先撕去數頁，大怒，派手下追殺二人。

靈風等被藥師揭發背叛師們助玄風、超風偷經，依門規挑去其腳筋，逐出桃花島。

歐陽鋒奪到真經下卷的大部份，日夕苦練，再次挑戰藥師。

歐陽鋒與藥師比鬥，稍處上風。馮蘅臨盆在即，加上擔心藥師性命安危，身體逐漸衰弱。

馮蘅知武林若由歐陽鋒統領，必禍害人間，亦為藥師嘔心瀝血背出「九陰真經」，藥師雖極心痛，亦無奈。

藥師急練真經武功，幾番辛苦，將歐陽鋒打敗，粉碎他稱霸武林之美夢，飲恨而去。

馮蘅因背經耗損精力，產下女兒黃蓉後，便虛弱病逝。藥師悲痛欲絕，覺萬物皆化、唯情至聖，遂隱居桃花島不問世事，朝夕在島上憑弔愛妻！