跟谜之少女银子和外貌像猫一样的老师一起生活的失忆高中生黑井宗矢，相安无事地平稳度过每一天，直到某天正体不明的巨大物体在世界各地突然出现引起了骚动。同时，缠绕着念力巨神装光的7名英雄闪亮登场。宗矢眺望他们跟巨大物体战斗，这时银子却告诉他，要去把7个家伙痛揍一顿。另一方面，7名英雄之一的虎居英雄，为了打倒谜之巨大物体，潜入其内部……

国家安全管理局防卫课=大圣骑士，将巨大兵器（星云武器）和夺走了虎居的力量之源的宗矢等人认定为人类的敌人。然后，想起了过去的记忆的宗矢，不再去学校上课，封闭心扉。就在这个时候，又有新的星云武器在世界各地出现了。虎居以外的大圣骑士的各位，再次缠上念动巨神装光，投身于战斗，而因幡美羽闯进了星云武器的内部。

在与美羽的战斗中宗矢获胜了，但马上遭到大圣骑士的其余成员，还有龙造寺隆的围剿。受到隆的压倒性力量攻击而倒下的宗矢，危急时刻被老师的宇宙飞船回收而幸免于难。在睡梦，宗矢窥视到了“健稳派”和“封印派”的对话，了解到自己的真实身份还有回收小瓶的真相。次日，在学校被小望拉入超自然研究会的宗矢，与大圣骑士的一员根津屋正义相遇。

根津屋被星云武器击败了。得知根津屋是英雄的一员的宗矢，无法掩盖内心的动摇。另一方面，受到好友美羽战败一事的影响，熊代晴海为了打倒星云战士，向宗矢挑起了一对一的对决。运用柔道技能进行战斗的晴海，不敌宗矢和老师的力量，在即将被败北的一瞬间，因为异常的愤怒而暴走，念动装光以龙的身姿再构筑。为了制止暴走的晴海，宗矢跟大圣骑士不得不暂时联手迎战。

得知龙造寺隆的真实意图是“征服世界”后，鹰取红华留下了力量之瓶，离开了大圣骑士。另一方面，小望察觉到宗矢似乎恢复了记忆，在放学回家的路上缠着宗矢。宗矢向小望吐露自己是外星人的真相。那样的情况下，大圣骑士剩下的2名战斗力，羊谷叶介和龙造寺岳藏，与新出现的星云武器对峙，岳藏闯入其核心。

龙造寺隆的秘书白石黄金原来是星云·封印派的间谍。随着宗矢击败了岳藏，大圣骑士基本瓦解了，龙造寺隆独自一人以念力合体后的阁下和白石为对手展开激烈的战斗。面对龙造寺的力量和信念，阁下想起了曾经存在于宇宙政府星云，因为其扭曲的正义观而被判决放逐到时空裂缝的“龙”。战斗到最后关头，以变化成暴走之龙的龙造寺隆为对手，宗矢、银子、老师竭尽全力地对抗。

红华和叶介加入了星云政府的封印派阵营。为了取得阁下的信任，红华讲述了自己的过去。她发现，人类即使没有龙的力量，其超能力也正在觉醒，为了防止暴走事件而加入封印派。带着封印装置（星云武器）的红华逐渐逼近城市，但是宗矢放弃了战斗。看到宗矢那副模样，虎居决定自己代替他去战斗。虎居使用自身的超能力成功发动了念动巨神装光，阻拦在红华面前。于是，曾经同是大圣骑士同伴的二人之间的激战开始了。

抱着自己的过去和仇敌的龙的存在，宗矢越来越消沉。但是，战斗过后小望仍一如既往地关心着宗矢。另一方面，肉身暴露在封印装置的力场之下的红华，做着幸福的美梦陷入沉睡。被认为是自己的一切的红华战败之后，羊介将封印派带来地球的最后的装置跟念动巨神装光合二为一从而超巨大化，击破了曾经作为同伴的虎居、美羽和晴海。然后，地球被封印装置制造的梦包围，宗矢以外所有人类都睡着了。

击破叶介的一个星期后，在太平洋海域的某个小岛上，稳健派和封印派的决战拉开了帷幕。稳健派的老师以破坏对方的小型封印机，而封印派的阁下以将老师完全击败为胜利条件。怀着各自的目的和关乎人类的未来，他们战斗的舞台逐渐转移到了太空。在过去大圣骑士的成员注视下，龙造寺岳藏为了给儿子隆报仇，介入了这场战斗。然后，激烈的战斗的结果是―――。

封印派和健稳派的战斗结束后，地球经过了5年。宇宙政府星云和人类建立了共同战线。为了让执着于肉体而失去自我的龙回到原本的同伴——乐园之民的身边的生死决战开始了。在地球生活了5年的宗矢，与星云政府、原大圣骑士的各位，一起朝着月球背面进发。以苏醒后的龙为对手，最后之战的帷幕拉开！

以Telepathy部队为中心，将龙封入亚空间的最终作战开始实行。集合了人类和宇宙政府星云，还有帮手的Kigurumi族宇宙船部队的全部力量，终于把龙推进入了亚空间，作战总算成功。但是，龙试图挣扎地从亚空间的裂缝中逃脱出来。为了把龙重新推回亚空间，宗矢、老师、银子作出牺牲的作战，也一同消失在亚空间之中。就在大家都为此伤感的时候，宗矢、老师、银子3人……