因為一場非典，17歲的耿耿踩著狗屎運考上了全省第一的振華中學，誤入學霸堆裡的學渣耿耿對此充滿了恐慌。報到第一天，耿耿因為一個“意外”和學霸余淮結下梁子，並且發現兩人竟然都在五班，還是同桌。回到家，耿耿得知離婚多年的爸爸要再婚了，這對耿耿無疑又是更大的一個打擊。帶著失落、沮喪的心情，耿耿開始了在振華的第一課——軍訓。各種魔鬼訓練，智商碾壓，這第一課就讓耿耿差點崩潰。

搗蛋分子路星河的“惡作劇”，讓全年級都受到牽連，耿耿更是苦不堪言。危機時，余淮挺身而出，讓耿耿成功熬過軍訓，兩人的關係也因此轉好，還約定要繼續坐同桌。患難之中，耿耿還交到了兩個朋友，β和簡單。摸底考試如期來臨，考得一塌糊塗的耿耿和意外失利的學霸朱瑤成為了同桌。面對朱瑤的嫌棄和刁難，耿耿倍感委屈。為保護耿耿，余淮再次站出來，挑戰老師權威。一場師生大戰一觸即發。

正式開學，走好運考進振華的耿耿原形畢露。差生的自卑和自尊，讓耿耿不敢表達自己的“聽不懂”。路星河擅自轉班，坐在了耿耿身後。加上路星河的花式“騷擾”，耿耿被攪得一團亂。回家，爸爸不斷提起新媽媽齊阿姨和林帆，耿耿更加煩躁。同桌余淮故意說出自己“聽不懂”，替耿耿解圍，耿耿對余淮滿懷感謝。路星河開玩笑地搶走了耿耿的相機。耿耿被迫與路星河翹課一下午。路星河偶然撞到耿耿爸爸的再婚“喜宴”，突然感覺耿耿似乎是個“有意思”的姑娘。

萬眾期待的籃球賽，余淮迫不及待想要好好表現一番。β和簡單不停地在耿耿面前說起男生打球，女生送水的重要性，讓耿耿心裡也有了一絲憧憬。沒想到籃球賽在即，耿耿卻被教導主任抓去給來訪的日本代表團拍照，而路星河當起了代表團的翻譯。耿耿因為這項差事，錯過了余淮的每一場比賽，余淮也表現出有些不滿。最後，耿耿不惜惹怒教導主任，終於趕上了余淮的最後一場比賽，但也因此闖下了一個大禍。

因為失誤，耿耿給日本代表團拍的重要照片毀了。耿耿只好找到路星河，求他幫忙想辦法。期中考在即，看著耿耿整天和路星河在一起，也不學習，余淮有些生氣。路星河帶著日本代表團來5班上音樂課，大談音樂。余淮看不下去路星河的傲慢，即興跟來校參觀的日本女孩合奏，驚艷全場。耿耿醋意油然而生。蔣年年從張平電腦裡拿到一份複習題，分享給了全班。但誰也沒想到，這一題竟出現在了考試卷子上。

五班為“振華88周年校慶”排練話劇白雪公主。幾次三番，路星河來找耿耿，耿耿不想跟路星河走太近，又不知如何拒絕。演出中，道具出錯，余淮機智化解，五班在演出中第一次凝聚了集體歸屬感。演出結束，只剩下耿耿和余淮的小禮堂，兩個人的感情漸漸發酵，耿耿欲言又止、吞吞吐吐地說出“我真的好喜歡”時，教導主任突然出現，打破了二人的甜蜜。

五班集體作弊的事東窗事發，耿耿成為首要懷疑對象。徐延亮和全班同學庇護β，導致班導師張平被換掉。余淮帶領大家補習，準備重考贏回張平。路星河在耿耿面前鄙視5班的這種無意義的“集體主義”，要帶耿耿去參加詩會，見識“更精彩的世界”，耿耿駁斥路星河。5班重考贏回張平，全班歡呼。隨著張平回歸而來的，還有要開家長會的消息。

耿耿爸媽都沒能來參加家長會，齊阿姨出面救場，耿耿很感動。余淮媽媽遇見耿耿，余淮撒謊“耿耿是男生”的謊言被揭穿，余淮媽媽要求張平給余淮換座位，耿耿尷尬。β因為考試成績差，從人才市場“雇爹”，滑稽的蔣年年的爹在張平面前漸漸露出端倪。余淮在天台第一次向耿耿吐露心聲，兩個人的心更加靠近。但同時，耿耿也隱約得知了余淮國中時的一個秘密。

耿耿向余淮好友週末打探余淮國中的秘密，發現原來有一個女生陳雪君更早地走進了余淮的世界，耿耿滿懷失落。週末帶著耿耿跟網友約會，被混混堵截追打。余淮帶著班上同學趕來救場，混亂中，耿耿被推倒，余淮憤然大怒，跟混混拚命，耿耿看在眼裡，心生幸福感。耿耿赴約路星河詩會，在那裡，耿耿看見了一個癲狂的“藝術、哲學、自由、自我”的路星河，而路星河發覺自己真的喜歡上了耿耿。

學校組織秋遊，余淮備戰物理競賽沒有參加。分開的一天，余淮和耿耿都心不在焉想著對方。秋遊中，三閨蜜互吐心思，而β更是驚人地爆料因為張平“家長會事件”對β的袒護，讓她對張平愛意油生。回到學校，余淮送給耿耿一個寫滿密密麻麻公式的田字格本，耿耿幸福感爆棚。與此同時，路星河竟破天荒開始學習，研究化學，似乎正在醞釀一個重大的計劃。

三閨蜜密謀集體告白：耿耿給沒來上課的余淮發簡訊“我想你”，結果對方回復“我是余淮媽媽”，耿耿嚇傻；β到辦公室找張平解答題，照著徐延亮傳授的方法，盯著張平“放電”，張平無動於衷；簡單陪韓敘在圖書館複習，不斷製造曖昧氣氛，而韓敘感覺簡單行為異常。學校噴泉旁，路星河聽信週末“愛情就是兩種不相容的物質產生的劇烈化學反應”，把一大包鈉倒進噴泉，想給耿耿一個驚喜。噴泉瞬間爆炸，耿耿驚慌失措。

“鈉爆炸”表白失敗，路星河窮追不捨，耿耿各種躲避。陳雪君突然出現，找余淮要說法，耿耿誤會。回家路上，余淮找耿耿和解，帶她去錄影廳解悶，又偶遇醉酒被老闆調戲的陳雪君，將她救走。半路，余淮消失，耿耿無奈只能把陳雪君帶回家。在陳雪君把耿耿家弄的一團亂後，余淮終於出現。看著一臉淤青的余淮，耿耿得知他是為她回錄影廳拿相機了，心裡一陣感動。耿耿回家，看見路星河在樓下等她。

路星河開始一天一封情書的攻勢，耿耿苦惱不已。班裡為合唱比賽做準備，文藝委員文瀟瀟關切地跟余淮說可以不參加排練，競賽要緊。看著文瀟瀟美麗的身影，耿耿自慚形穢。耿耿拉著媽媽買衣服，換造型，余淮卻對耿耿的變化視而不見，反而引起了路星河的注意。天台上，余淮向耿耿說出自己競賽的壓力，耿耿在余淮手臂上畫“幸運符”，終於說出“我只崇拜你。”夕陽下，兩個少年的心越靠越近。

余淮競賽回來積極投入合唱排練，路星河組織樂隊誓與五班死磕。余淮、路星河劍拔弩張，隨時像要打起來。五班輸了比賽，余淮安慰傷心的文瀟瀟，耿耿醋意升騰。張平不解風情，安排耿耿去安慰文瀟瀟。兩個小女生第一次在天台吐露心聲。文瀟瀟羨慕耿耿，兩人冰釋前嫌。放學後，耿耿和余淮遇見路星河。三人第一次安靜地在海邊看著日落，路星河告訴耿耿他要走了。

寒假，耿耿不情願地去上英語班，居然發現余淮也在這個班裡。耿耿爸爸來接耿耿，見到余淮，邀請他一起吃飯。飯桌上，耿耿爸爸對余淮讚賞有加，耿耿心裡美美的。耿耿生日將近，眾伙伴商量著舉辦生日PARTY。卻不料生日當天，耿耿並沒有出現，並且誰也聯繫不上她。原來耿耿在照顧弟弟林帆時，林帆被炮仗炸傷了眼睛，齊阿姨情急之下把耿耿推到在地。媽媽接走耿耿，新家庭的平靜瞬間打破。

新學期，所有人面臨文理分科的選擇。耿耿想遵從之前跟余淮“一直坐同桌”的約定，但是爸爸、媽媽，甚至遠在北京的路星河，都建議耿耿選擇文科。余淮對耿耿的選擇不置可否，似乎忘記了曾經的約定；簡單希望韓敘能夠挽留自己，沒想到韓敘對此表現冷漠；蔣年年發現張平有了女朋友，更是傷心不已。三閨蜜陷入困擾，都不知該如何選擇。

耿耿參加排球賽，意外受傷。余淮著急，大罵“敢動小爺我的人”，耿耿感動。但余淮最終表態，“還是學文比較好”，耿耿徹底失望。同時，路星河也要離開振華，不再回來。各種分別，都讓耿耿倍感難過。小團體出遊，徐延亮鼓起勇氣向β表白，卻被蔣年年半開玩笑地拒絕；而週末對簡單第一次有了不一樣的感覺。余淮送耿耿回家，透露曾想過“陪你學文”。新學期，余淮望著旁邊空蕩蕩的座位出神，突然又聽見了耿耿的聲音。

文理分班後，三閨蜜繼續在五班受著理科的摧殘。班裡轉來一個叫貝霖的女生，簡單被分到和她一起小組學習。貝霖總是打聽韓敘的事情，單純的簡單把她當成自己的好閨蜜，對她無話不說。但貝霖卻藉此接近韓敘，博得了他的好感。蔣年年看出了貝霖的用心，告訴簡單不要再和貝霖來往。簡單卻認為蔣年年干涉她交朋友，為此這對十幾年的朋友，第一次翻了臉。

耿耿、余淮他們幫助英語老師找女兒，一番折騰卻抓錯了人。簡單撞破了韓敘和貝霖的事情，不知所措的哭著找β，二人終於和好。這時β卻告訴她們，她要轉學去北京了。三閨蜜買醉，蔣年年大鬧路邊攤，張平趕來收拾爛攤子，蔣年年哭著向張平表白。升入高三，路星河給耿耿寄來了北京電影學院的招生簡章，耿耿似乎看到了另一種希望。在余淮的幫助下，耿耿勁頭十足。沒想到週末卻帶來一個壞消息，簡單失蹤了。

耿耿、余淮和週末找到韓敘詢問，週末對韓敘大打出手，因為簡單就是看見他和貝霖從賓館出來才失蹤的，韓敘什麼也沒解釋。三人順著韓敘給的線索，一個地方一個地方的尋找，終於週末在島上找到了簡單。得知這個消息，韓敘鬆了一口氣，也第一次認真思考了自己對簡單的感情。簡單和週末在海邊等著天亮，簡單不知不覺靠在週末肩上睡著了。韓敘來到學校，看著旁邊空蕩蕩的座位出神。直到徐延亮告訴他，簡單回來已經轉去文科了。

爸爸媽媽陪耿耿到北京藝考，余淮和媽媽住進培訓營準備競賽，二人天各一方。在北京，耿耿見到了蔣年年，陳雪君，也見到了路星河。路星河帶著耿耿看話劇，聽搖滾，耿耿大開眼界。最後衝刺階段的余淮，狀況不佳，給耿耿打電話，卻沒有打通。耿耿回電話時，余淮的手機又被沒收了，二人始終聯繫不上。耿耿最終藝考落榜，回家的火車上，耿耿收到余淮的簡訊，“耿耿，我完了”。

回到學校，耿耿一直避開提起競賽的事，余淮反而表現得若無其事。得知週末被保送的消息，耿耿小心翼翼安慰，余淮再也忍不住質問耿耿“你是不是特想看見我哭得跟孫子一樣？”耿耿啞口無言。朱瑤不堪壓力，喝酒精自殺；簡單被冤枉，週末為了簡單棄考，二人被學校開除。突如其來的種種讓耿耿和余淮一下釋然。大學入學考前夜，余淮和耿耿約定考完有話要對她說，但耿耿沒想到，這竟是他們最後一次見面。

2015年，路星河第56次向耿耿求婚失敗。而耿耿決定辭職回家，開一個攝影工作室。九年來，耿耿窮盡一切可能尋找余淮，余淮始終沒有出現。耿耿爸爸給耿耿安排相親，路星河突然出現，幫耿耿解了圍。路星河決心幫耿耿找到余淮，但依然沒有結果。路星河再次表白，耿耿動搖。林帆踢球受傷入院，耿耿去照顧。但耿耿怎麼也沒想到，竟然在醫院遇見了以為永遠找不到的人。

余淮現身，“失蹤”真相終於揭開。錯過了九年，耿耿不想再失去。藉著黑夜，耿耿強吻表白。余淮說出曾經也喜歡過耿耿，但現在，家庭的變故，余淮已經不再是那個最好的余淮。路星河、余淮當面對峙，差點動手。耿耿負氣答應路星河的求婚，路星河和余淮都感到意外。路星河瀟灑退出，讓耿耿看清自己的心。耿耿給余淮發簡訊“晚秋高地等你”，曾經的故事從那裡結束，現在她要讓故事在這裡重新開始。