フリーターの荒川エイアは、友人の紹介で太田ユウガに出会う。ユウガは『SCM』と呼ばれる「他人を奴隷にできる器具」を使った勝負に協力するよう、エイアを誘う。同じ頃、OLの杉並ルシエはある復讐のため『SCM』を手に入れていた。

歌舞伎町No.1ホストの新宿セイヤは、常連客の豊島アヤカを邪魔に思い『SCM』で奴隷にしようとする。しかし、彼の企みはアヤカに見破られていた。逆にセイヤを奴隷にし返して、彼を独占しようとするアヤカ。そんな二人の前に、エイアとユウガが現れ、勝負を申し込む。

セイヤの前に姿を現した元カノのキャバ嬢、葛飾ジュリアは、「リュウオウ」と呼ばれる主人の奴隷になっていた。リュウオウに奴隷を奪われ、対抗意識を燃やすユウガ。一方その頃、秋葉原の『お姫様カフェ』で働く足立シヲリは、『SCM』を手にした女性、中野タイジュに、自分を奴隷にしてほしいと頼まれる。

シヲリとタイジュを力ずくで奴隷にしようとした文京ゼンイチは、『SCM』を付けた犬、ズシオウマルに敗北してしまった。しかし、タイジュたちは、シヲリを助ける代償として、リュウオウの部下、中央アタルとジュリアの奴隷にされてしまう。一方、人嫌いの青年、品川ゼロは、親の敵討ちをしたいと言う少年に出会う。

着々と奴隷を増やしていくリュウオウの元に、『あたまのおかしいひと』を名乗る人物から挑戦状が届く。同じく『あたまのおかしいひと』の挑戦状を受け取ったユウガは、勝負を受けようとするが、『SCM』に不信感を抱くエイアと衝突してしまう。『SCM』の勝負から身を引こうとするエイア。そんな彼女の元に、ユウガが敗北したという知らせが届く。

かつてエイアのもとを離れ、放浪していたズシオウマルは、『SCM』が生まれた瞬間を目にしていた。一方、エイアを騙して従わせようとしたユウガは、本物の『あたまのおかしいひと』と遭遇し、拉致されてしまう。奴隷となったユウガを、最悪の屈辱が待ち受ける。

リュウオウと出会った頃を思い出すジュリア。リュウオウの本当の目的を知ったジュリアは、彼のために尽くすことを決意する。『あたまのおかしいひと』の挑戦を受けたリュウオウは、互いの奴隷を駒にした集団戦へと挑む。

マップに現れた謎の反応、『星印のSCM』について調査すべく、リュウオウはジュリアたちを都内の学校へ潜入させる。一方エイアは、夜の街の実力者、練馬ムオンを味方にすべく、真向から勝負を申し込む。

奴隷を失い混乱するリュウオウ陣営。しかし、主人たるリュウオウは奴隷の指揮を止めてしまう。『SCM』を手にし、その戦いへ身を投じる決意をした過去に心をさまよわせるリュウオウ。その傍らには、常にジュリアの姿があった。一方、行方不明のジュリアたちを奪還すべく、アタルたちは独断で、SCMを流通させた元凶、世田谷ツバキに勝負を挑む。

『ジャッジメントSCM』の力でアタルたちを奴隷にしたツバキは、エイアたちに宣戦布告をする。人質にされたサチを助けるべく、ムオンの協力を得て奪還作戦を計画するエイア。その企てすら掌上に弄ぶツバキだが、彼を待ち受けていたのは、裏切りと隷属の結末だった。

ツバキを奴隷にし、すべてを手に入れた港タキオ。エイアはすべてのSCM所持者たちを解放するため、最後の勝負に挑む。多数の奴隷を従えるタキオの牙城を崩すため、エイアに手を貸したのは、エイアがSCMと出会う切っ掛けとなった男と、かつて奴隷を奪い合った最大の敵だった。