De laatste overlevenden voeren een overlevingsstrijd tegen de B.R.A.I., een zich steeds ontwikkelende entiteit die een soort levensvorm met kunstmatige intelligentie is.

Leons onderzoek blijkt effectief als een monsterlijke B.R.A.I. wordt overweldigd door z'n nieuwe krachten. Daardoor stelt Cain een alliantie voor om de stad te beschermen.

Jay geeft Leon met tegenzin opdracht om zijn onderzoek voort te zetten op de onstabiele hyperaandrijving en hoopt daarmee een tactisch voordeel op de B.R.A.I. te behalen.

Leon voelt zich verantwoordelijk voor het ongeluk met de reactor en biedt aan om naar de frontlinie te gaan als een nieuw type B.R.A.I. de stad dreigt te verwoesten.

Als een transportvliegtuig wordt verwoest door een onbekende kracht, vermoedt Leon dat een vliegende, vogelachtige B.R.A.I. hiervoor verantwoordelijk is.

Queenie Yoh is gewond geraakt tijdens het gevecht met medevolgeling Wang en moet de lucht in om het op te nemen tegen de gevleugelde B.R.A.I. die door Wang wordt bestuurd.

Leon kleedt zich mooi aan om naar de stad te gaan en Chloe volgt hem. Ze denkt dat hij verliefd op iemand is, maar hij volgt een vreemd verschijnsel.

Als diverse mensen in de stad omkomen door krachtige projectielen, moeten Leon en het Pandora-team de moordenaar vinden voordat er nog meer doden vallen.

Het Pandora-team probeert zo snel mogelijk om de dader te vinden als een van de leden gewond raakt. Cain vertelt over een beruchte scherpschutter die hem in leven liet.

Mr. Gold zweert dat hij Cecile ten val zal brengen en de stad zal overnemen. Gren wil helpen en smeekt Leon om een andere hyperaandrijving in zijn MOEV te installeren.

Nadat Leon de aandrijving heeft getest waarmee de evolutie van de B.R.A.I lijkt te worden versneld, denkt hij terug aan zijn onderzoeksleider die omkwam in de reactor.

Als een dodelijke besmetting zich buiten de stad verspreidt, moet het team kiezen: de stad beschermen of de vluchtelingenstroom toelaten.

De reactor is gevaarlijk onstabiel na meerdere aanvallen van de B.R.A.I. Leon vermoedt dat dit komt door een mogelijk lek in de kern.

Hoewel er operationele functies buiten werking zijn, moet het team een duizendpoot-achtige BRAI tegenhouden die buiten de stadsmuren cruciale installaties vernietigt.

Als de bijwerkingen van het gebruik van de hyperdrive zich laten gelden, brengt Leon het team naar zijn oude hut, zodat ze hun beschadigde MOEV's kunnen repareren.

De strijd om de macht over de stad komt tot een dramatisch einde. De mysterieuze Sieg, een adviseur en bondgenoot van Gold, verschijnt aan een moegestreden Leon.

Terwijl Cecile herstelt van haar verwondingen, besluit Jay om Queenie als stand-in te gebruiken. Hij traint haar om zich te kleden en gedragen als de burgemeester.

Het Pandora-team kampt door de recente BRAI-aanvallen met een ernstig voedseltekort en moet een bevoorradingskonvooi veilig naar de stad begeleiden.

Terwijl Leon herstelt van de verwondingen die Sieg hem heeft toegebracht, stuiten de leden van Pandora die de hyperdrive gebruiken op een vreemd fenomeen.

Als een nabijgelegen stad door een mysterieuze energiestoot van de kaart wordt geveegd, moet het team voorkomen dat hun eigen stad op dezelfde manier wordt verwoest.

Nadat een mysterieuze BRAI contact legt met Doug, vraagt Doug aan Leon of ze zichzelf zullen blijven, zelfs als ze een worden met hun MOEV.

Leon en Queenie gaan op zoek naar de vermiste Fiona. Haar krachten zijn cruciaal om de reactorkern in toom te houden.

Een zwerm bij-achtige BRAI vliegt richting de stadsmuren. Leon denkt dat de bijen geen kwaad in de zin hebben en vraagt Grens eenheid om zich terug te trekken.

Leons brein raakt gevangen in de multidimensie en dwaalt doelloos rond. Fiona wil hem redden door zijn bewustzijn binnen te gaan en hem terug te halen.

Als Siegs duivelse plan vorm begint te krijgen, bereiden Cecile en het Pandora-team zich voor op hun laatste missie om de wereld te redden.

Als Sieg na zijn ultieme evolutie de stad binnendringt, maken Leon en het Pandora-team zich op voor een laatste gevecht.