本作主要描述照顧和護衛女神雅典娜的特別聖鬥士「聖鬥少女（Saintia）」的故事。主人公則是其中一名聖鬥少女小馬座（Equuleus）的翔。

在城戶沙織以「銀河戰爭」的開幕為開端，覺悟到自己要為將在聖域蔓延的邪惡曝光於天下而戰的宿命之後，感覺到紛爭氣息的邪惡女神「厄里斯」在彗星「雷帕魯斯（Repulse）」的引導下再次襲擊地球，企圖為大地帶來流血混亂。爲了粉碎她的野心，身為雅典娜的侍女的聖鬥少女們陸續展開了激鬥。

本作的時間線，在翔成為聖鬥少女之前是原作中的【銀河戰爭篇】(Galaxian Wars)期間，成為了聖鬥少女之後是在【十二宮篇】之後。

主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。某天，身份不明者突然袭击了翔子。袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精灵。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同时也知道了自己和姐姐的残酷宿命。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也变得活跃。在星矢等人展开银河战争以及与十二宫的恶斗的另一面，沙织和圣斗少女借助黄金圣斗士的力量，展开了与邪精灵的壮烈战斗！并且，恶之撒加也有了复活的征兆……。将一切的钥匙掌握在手的，是为了成为圣斗少女而刚刚开始锻炼的翔子！即使被残酷的命运击倒，少女们仍然反抗命运。少女们与诸神的壮烈战斗物语开幕！

在城戶沙織以「銀河戰爭」的開幕為開端，覺悟到自己要為將在聖域蔓延的邪惡曝光於天下而戰的宿命之後，感覺到紛爭氣息的邪惡女神「厄里斯」在彗星「雷帕魯斯（Repulse）」的引導下再次襲擊地球，企圖為大地帶來流血混亂。爲了粉碎她的野心，身為雅典娜的侍女的聖鬥少女們陸續展開了激鬥。

The whole Sanctuary was misled into danger due to the civil war instigated by the Gemini Gold Saint, Saga. Our story begins right after the end of those events... This is a story of the girls protecting Athena. These are the records of love and fierce fights they meet while opposing destiny on their way to maturity...

L'ensemble du sanctuaire a été mis en danger à cause la guerre fratricide provoquée par le chevalierd'Or des Gémeaux, Saga. Notre histoire commence juste après la fin de ces événements... C'est l'histoire de jeunes filles protégeant Athéna tout en se frayant un chemin vers la maturité...

Vor fünf Jahren werden die Schwestern Shoko und Kyoko voneinander getrennt. Doch ihr Wiedersehen wird von ihrem grausamen Schicksal überschattet: Shoko soll als Gefäß für die böse Göttin Eris dienen. Athena und ihre tapferen Saintias wollen dies verhindern. Doch wie soll man sich das gegen das allgegenwärtige Böse verteidigen?

la trama di Saintia Sho vede la reincarnazione terrena della Dea greca Atena minacciata da divinità a lei ostili e protetta da un gruppo di guerrieri a lei fedeli detti Saint con lo scopo di proteggere il pianeta Terra da tali entità.

主人公・翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから行方知れずのままだった。

そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。

襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。

そこで翔子はアテナや聖闘士、聖闘少女（セインティア）の存在を知り、同時に自身と姉の残酷な宿命を知ることになる。

魂を封じられた邪神エリスの復活を目前に控え活発化する邪精霊たち。

星矢たちが銀河戦争や十二宮での死闘を繰り広げている裏側で、沙織や聖闘少女は、黄金聖闘士の力を借り、邪精霊とも壮絶な戦いを繰り広げる！

そして、悪のサガ復活の兆しも…。

全てのカギを握るのは、聖闘少女になるべく鍛錬を始めたばかりの翔子ー！

過酷な宿命に打ちのめされながらも、運命に抗い闘う少女たち。

少女たち神々との壮絶な戦いの物語が幕を上げる！

Athena, a deusa da guerra, ressuscita em nosso mundo a cada centena de anos para derrotar existências malignas. Cavaleiros se juntam para protegê-la e lutar a seu lado contra as forças do mal. Mas até agora, uma história não havia sido contada. Ela possui uma guarda particular composta por guerreiras chamadas de "Saintias", que diferente das Amazonas não precisam abdicar do seu lado feminino. Durante os acontecimentos relacionados à Saga de Gêmeos no Santuário acontecem tentativas de reencarnar a deusa Éris em uma garota chamada Shoko.

Афина, богиня справедливости и мудрости, пришла на Землю под личиной обычной девушки Саори Кидо. Собрав вокруг себя армию Святых она ведет сражение со злыми божествами. Но в этом сериале нас ждет рассказ не о Святых, сражающихся на передовой, а о Сэйнтиях, призванных защищать саму Афину и Святилище. Их битвы не менее тяжелы.

Saintia Shō cuenta la historia de una muchacha llamada Shōko, quien de pequeña fue rescatada por un Santo de Oro de unos seres maligno cuando esta encontró una manzana dorada. En el presente, Shōko decide buscar a su hermana Kyōko a la que no ha visto durante cinco años. Shōko sabe que la fundación Graude fue la que se llevó a su hermana por lo que decide buscar a la actual jefa de dicha fundación, Saori Kido quien asiste a la misma escuela que ella.

Saintia Shō cuenta la historia de una muchacha llamada Shōko, quien de pequeña fue rescatada por un Santo de Oro de unos seres maligno cuando esta encontró una manzana dorada. En el presente, Shōko decide buscar a su hermana Kyōko a la que no ha visto durante cinco años. Shōko sabe que la fundación Graude fue la que se llevó a su hermana por lo que decide buscar a la actual jefa de dicha fundación, Saori Kido quien asiste a la misma escuela que ella. En medio de su búsqueda es atacada por un ser maligno que trata de secuestrarla hasta que es rescatada por su hermana Kyōko, esta le revela que ella se ha convertido en una Saintia, un Santo femenino protectora de la diosa Athena quien ha reencarnado precisamente en la figura de Saori. Más adelante se revela que los seres malignos que han atacado a Shōko son espíritus malvados llamados Dryads quienes están al servicio de Eris, diosa griega de la discordia quien se presenta como la principal antagonista del manga. Eris desea atrapar a Shōko para apoderarse de su cuerpo, por lo que Kyōko decide tomar el lugar de su hermana para poder protegerla. Saori consuela a Shōko prometiéndole que salvarán a su hermana, mas esta le pide que le permita reemplazar a su hermana como Saintia y ayudarla a combatir a las fuerzas del mal.

Paralelamente, el Santo de Oro, Saga de Géminis, ha tomado control del Santuario de Athena haciéndose pasar como el gran maestro. Saga al descubrir la existencia de Saori Kido y sabiendo la amenaza que esta constituye a su dominio, emplea a los Santos de plata y Oro que son leales a él para terminar con la vida de Saori, así como para recuperar la armadura de Sagitario y a la diosa Nike y de esa manera, poder dominar finalmente al mundo.