围绕好几个世界线无限彷徨。在其严酷的旅程中，冈部终于放弃了把红莉栖从死亡的命运中救出。然后，再次开始上大学的他，埋没在平凡的日常中。尽管如此内心的伤依然无法治愈，于是冈部坚持去心理诊所，而穿上白大褂的“凤凰院凶真”的面孔也在不知不觉中被封印。

冈部出席了维克多孔多利亚大学的阿雷克西斯教授主讲的研讨会。在那里所展开的理论为“将人的记忆数据化保存起来”，那是红莉栖曾经提出的东西。然后，场内进行着将人的记忆、感情、内心为基础所构筑的人工智能“Amadous”的演示。

冈部测试着以红莉栖死前8个月前的记忆为基础的人工智能“Amadous”。由于“Amadous”显示的是红莉栖，所以冈部陷入了宛如红莉栖回来了的错觉。此时，在真由理的提议下，决定举办连她的cosplay朋友也来参加的圣诞聚会。

在接触“Amadeus红莉栖”的时候，冈部开始有宛如真的红莉栖在身边的错觉。对此看不下去的真帆把无情的事实说了出来，“这是Amadeus。不是牧濑红莉栖”。那个瞬间，冈部陷入了世界扭曲的感觉之中。他已经许久未感受到那个世界线变动的感觉“命运探知”了。

冈部开始寻找和铃羽一起从未来过来的椎名篝。在桶子的协助下一个找人专家来了，她就是几次在别的世界线杀害真由理的“ROUNDER”成员桐生萌郁。这个时候，冈部对眼前再次出现的萌郁抱有强烈的不安和悬念。

琉华子带着一位失忆的少女来到了实验室。看到她的样子的铃羽确信她就是失踪了十二年的椎名篝。因为这位少女拿着椎名篝非常珍惜的那个“乌帕”玩偶，说是妈妈给的护身符。然而这位少女什么也记不起来，她失踪的十二年发生的事情依然是个谜。

当“实验室”正在热火朝天地举行这新年派对时，与Amadeus红莉牺的联系突然中断了，紧接着，戴着蒙面武装枪支的男子袭击了“实验室”。以前在另一个世界线，“ROUNDER”的袭击中真由理被杀害。但是，这次的目标是……

本来无法连接的Amadeus红莉牺那里传来求救的声音。紧接着，冈部察觉到世界线的变动。回过神来，手中紧握的手机中Amadeus的应用消失了。在冈部面前出现的则是和以前一摸一样的红莉牺。那里是红莉牺存活了的“α世界线”。

在“α世界线”冈部与红莉牺重逢，并在那短暂的时间幽会之后，冈部在医院病床上醒来，再次回到了“β世界线”。本来以为全部事情都恢复到原来那样，然而在冈部睡着的时间里，Amadeus的劫持仍在进行。他们的周围又发生了一些令人不安的事情。

真帆很羡慕并憧憬着拥有清晰头脑的后辈红莉牺，同时，真帆也为无法追上红莉牺所拥有的才能而多少感到些自卑。有着这种感觉的真帆那里保留着红莉牺的遗物，那正是是她生前用来记录她想法的手提电脑。

原来真帆所说的拜托破解红莉栖的笔记本的“专家”就是桥田至，为了让真帆不再深入这些事情，冈部下定决心向她全盘托出了时间机器的真相。但是此时，不安的阴影再次悄悄接近。

自从“ROUNDER”袭击以来，椎名篝的身边并没有发生什么异常，但是她的记忆也依旧没有回来。这时她听见真由理随口哼的一首歌，随即她突然失去了意识。

想起以前的记忆，就好像回到了儿童时期一样。把真由理叫做“妈妈”撒娇。然而，在来到这个时代之后，自从和铃羽走散到现在为止的记忆还没有回来。对于重要的部分是空白的情况，冈部感到了漠然的不安。

到现在为止，距离篝失踪已经过去好几个月了，在此期间，冈部他们使用了各种各样的手段，但都无法寻到篝的行踪。此时，铃羽和桶子为了修复曾经被冈部破坏的时间机器，向真帆请求协助。

将来，在桶子与由季之间诞生的命运的铃羽。然而，现在的“双亲”的关系没有进展，最近没有什么联系的样子。面对父亲过于消极的姿态而急不可耐的铃羽，虽然担心一件事……

时光机器留下的燃料只剩下一点点。再过一段时间的话，会因为燃料不足而无法到达红莉栖在离开这个世界的那天。就在铃羽对过去进行着出发的准备的同时，另一方面真有理也坚定了自己的决心。

因为企图强夺时间机器的工作员的枪击而倒下的真由理。此处，身穿车手套装的篝出现了。看见了真由理流血倒下的模样的篝，向着全副武装的工作员袭来。

随着大国的特种部队，秋叶原的大楼化作了战场，并乘坐着真由理和铃羽的时间机器爆炸，两个人的生死不明。为了回避这一悲剧的结局，冈部坚定决意完成真帆和桶子正在制作中的时间跳跃机器。

本该时间跳跃至7月7日的冈部。然而睁开眼醒来后的是一个陌生的设施的房间。忍耐着游走在身体中的激痛而环视四周的他，对自己所处的状况感到愕然。在那处是……。

再次下定决心要寻找命运石之门的冈部。但是，如果要使用时间跳跃机器从2036年回2011，必须得经历至少3000次时间跳跃。肩负这庞大到无法预计的精神压力，冈部决意踏上了回到过去的漫长旅途。

出现的攻击直升机，不是莱斯基恩他们美国的，而是俄罗斯的。无论尝试多少次，时间机器的破坏也是不能回避的吗？等待着没有放弃并思考方法的冈部他们的是，一个痛苦的决断。

通过向过去发送“D-Rine”，“Amadeus红莉栖”的存在消失了。因此，俄罗斯在时间机器争夺战的介入的余地也没有了。之后，如何渡过与雷斯吉宁的对决呢——通往“命运石之门”的最后战争终于要开始了。