Zwei Jahre nach dem geheimnisvollen Ausbruch, der ihre Familie tötete, kann Aiko fast wieder laufen. Doch ein neuer Austauschschüler stellt ihre Welt auf den Kopf.

Kanzaki nimmt Aiko mit in die Stadt, wo ein alter Kollege ihres Vaters ihr Unglaubliches erzählt: Ihr Gehirn wurde in einen künstlichen Körper transplantiert.

Die Luftfahrtbehörde nimmt Aiko und Yuya fest, doch die Taucher können sie befreien. Obwohl die Substanz wieder aktiv ist, macht sich die Gruppe zum Primärpunkt auf.

Gerade, als die Regierung eine Evakuierung anordnet, schafft es die Gruppe durch den Damm. Ihr erstes Ziel ist die Guillotine bei K1. Doch die Substanz ist aktiv.

Die Gruppe ruht sich in der Zone aus und stockt am Stützpunkt die Vorräte auf. Nanbara wird von Kurose mitgenommen, die jedoch mit Isazu eigene Pläne zu haben scheint.

Kaedes Angeberei hält die Gruppe auf dem Weg zu K2 auf, den sie jedoch vor Sonnenaufgang erreichen müssen, um Zone Drei zu betreten. Isazu sagt Kurose die Wahrheit.

Die Spezialkräfte der Luftfahrtbehörde fangen die Gruppe ab, um Aiko wieder mitzunehmen. Kurose wird klar, dass Isazus Tochter Yuzuha mit der Substanz verbunden ist.

Die Taucher stellen Aiko und Kanzaki zur Rede, einigen sich jedoch auf die Fortführung der Mission. Isazu wird Laborleiter und erfährt von Nummer Eins.

Das Team erreicht die Biotech-Forschungseinrichtung am Primärpunkt. Isazu gelingt es jedoch, Kanzaki per Vidoe über dessen Absichten zur Rede zu stellen.

Aiko hat nun die Chance, innerhalb der bösartigen Zone mit ihrem anderen Ich zu sprechen. Yura wird indes von der Substanz umgeben, wodurch Yuzuha offenbart wird.

Isazu baut eine Verbindung zur Substanz auf, um Yura zu befragen. Trotz Nanbaras Einwänden soll die gesamte Zone abgebrannt werden.

Am chirurgischen System gibt Yura zu, dass Aiko seine Absichten geändert hat. Kurose will die Verbindung zwischen Yuzuha und deren Doppelgängerinnen kappen.