Δυο χρόνια μετά τη μυστηριώδη Έκρηξη που σκότωσε την οικογένειά της, η Άικο έχει σχεδόν μάθει να περπατάει ξανά. Όμως ο ερχομός ενός νέου μαθητή αναστατώνει τη ζωή της.

Ο Κανζάκι πηγαίνει την Άικο στην Πόλη, όπου ο παλιός συνάδελφος του πατέρα της, o Κουρόσε, της λέει κάτι απίστευτο: ο εγκέφαλός της έχει μεταφερθεί σε ένα τεχνητό σώμα.

Οι Ειδικές Δυνάμεις κρατούν την Άικο και τον Γιούγια, αλλά οι Δύτες τους απελευθερώνουν. Παρότι η Ύλη είναι ξανά ενεργή, η ομάδα σχεδιάζει να πάει στο Πρωταρχικό Σημείο.

Η κυβέρνηση διατάζει εκκένωση και η ομάδα καθαρίζει την Πύλη. Ο πρώτος στόχος τους είναι το Κλείστρο Γκιλοτίνας στο Κ1, αλλά η Ύλη είναι ενεργή.

Μέσα στον Τομέα, η ομάδα ξεκουράζεται και ανεφοδιάζεται στον καταυλισμό. Ο Κουρόσε μεταφέρει την Νάνμπαρα, αλλά εκείνη κι ο Ισάζου δείχνουν να έχουν τα δικά τους σχέδια.

Η Κάιντε καθυστερεί τη μετακίνηση της ομάδας στο σημείο K2, όπου πρέπει να φτάσουν πριν από το ξημέρωμα για να μπουν στον Τομέα Τρία. Ο Ισάζου λέει στον Κουρόσε τι έκανε.

Οι Ειδικές Δυνάμεις παρεμβαίνουν για να πάρουν πίσω την Άικο. Ο Κουρόσε συνειδητοποιεί ότι η κόρη του Ισάζου, η Γιούζουχα, είναι συνδεδεμένη με την Ύλη.

Οι Δύτες αντιπαρατίθενται με τους Άικο και Κανζάκι, μα συμφωνούν να συνεχίσουν την αποστολή. Ο Ισάζου γίνεται διευθυντής του εργαστηρίου και μαθαίνει για το Στοιχείο Ένα.

Η ομάδα φτάνει στο Βιοτεχνολογικό Ερευνητικό Κέντρο στο Πρωταρχικό Σημείο, αλλά σε μια βιντεοκλήση, ο Ισάζου καταφέρνει να αποκαλύψει τις προθέσεις του Κανζάκι.

Η Άικο έχει την ευκαιρία να μιλήσει στον άλλο της εαυτό μέσα στην Κακοήθη Ύλη. Εν τω μεταξύ, η ανθρωπόμορφη Ύλη καταπίνει τον Γιούρα, αποκαλύπτοντας τη Γιούζουχα.

Ο Ισάζου καταφέρνει να συνδεθεί με την Ύλη και ανακρίνει τον Γιούρα. Ο στρατός ετοιμάζεται να αποτεφρώσει όλον τον Τομέα, παρά τις αντιρρήσεις της Νάνμπαρα.

O Γιούρα παραδέχεται ότι άλλαξε γνώμη μετά από την απόφαση της Άικο. Ο Κουρόσε προσπαθεί να κόψει το δεσμό ανάμεσα στη Γιούζουχα και τα αντίγραφα σώματά της.