這個世界沒有地方容得下朝霧彩，校園殘酷的霸凌還有哥哥家中的虐待，都讓彩對人生感到絕望，每天渴望死亡的到來。某一天，彩無意發現了一個名叫魔法少女的神秘網站，彩從網站獲得了一個魔杖，進而成為了魔法少女。第二天早晨來到學校的彩，就在她的鞋櫃中發現了一個不可思議的槍型魔杖……。

另一位魔法少女奴村露乃，從魔法少女網站得到了能夠讓時間停止的魔杖。而露乃就利用這個魔杖報復了雫芽紗里奈。露乃警告彩，使用魔杖就會失去壽命，同時也有人為了要奪取她們的魔杖，不惜要殺死魔法少女，而這時候死亡威脅已經在一步步的靠近中…。

新的魔法少女穴澤虹海意圖奪取梨奈的性命；而彩和露乃仍然找不到讓梨奈甦醒的方法。儘管如此，彩的生活也在遇見露乃後漸漸好轉。就在這個時候，彩的班上來了新轉學生，帶著微笑向大家打招呼，然而這個人不是別人，正是虹海。彩感覺恐懼，但是她所依賴的露乃那天正好沒有來到學校…。

在失去了最好的朋友後，受傷的雫芽纱里奈也成為了魔法少女，並且誓言要對彩報復。同時，當彩發現露乃情況危及，正要為露乃叫救護車，卻被來自過去的露乃阻止。當彩發現露乃不為人知的秘密，忍不住地流下眼淚，而露乃也被彩的眼淚和決心所感動。

經過了與纱理奈的致命戰鬥，彩和露乃都還在醫院昏迷不醒。而虹海在得知彩的背判後，前往了朝霧彩的家中，遇見了彩的哥哥朝霧要。同一天晚上，在梨奈還在昏迷的時候，另一個少女出現了，她叫雨谷小雨，而且擁有具有治癒能力的魔杖。雨谷使用了自己的力量治癒了梨奈，卻沒想到發現了意想不到的真相……。

彩和其他魔法少女終於了解，原來「魔法少女網站」不只一個，而且每一個網站都有自己的管理員。不只如此，她們更發現梨奈所知道的「暴風雨」訊息原來都是假的。魔法少女們為了要活下去，現在她們決定和小雨，以及其他來自不同網站的魔法少女們一起聯手，要一起找出網站背後的真相。而虹海一直想取梨奈的性命，如今她們也必須與虹海成為夥伴……。

在彩的提議下，魔法少女們來到了海邊玩耍，享受短暫的悠閒時光。彩藉此告訴露乃，她很感激露乃所做的一切，接著兩個女孩也相互許下承諾。只是，當她們回到海邊的房子時，發現虹海的內褲魔杖竟然已經不翼而飛！

偷走虹海魔杖的人，原來就是彩的哥哥朝霧要。知道真相卻無法說出口的彩，此時跟著露乃一起來到了沙雪家。另一方面，朝霧要為了決定利用虹海對他的愛慕之情，決定採取更大的行動。已經殺了人的要，沒有任何遲疑，朝霧要打算殺害所有魔法少女，並取得她們的魔杖。如今朝霧要就逐漸向朝霧彩逼近……。

為了保護同伴，虹海失去了性命，彩因為自責而將自己鎖在房裡。但是，在與露乃相遇之後，彩已經不一樣，她變得更強壯了，因為露乃的話，幫助了彩重新站起來。此時，卻有一個意想不到人，一直在默默注視著彩。而在虹海葬禮的這一天，彩帶著堅強的決心，再次出現在伙伴的面前……。

為了要活下去，魔法少女們共同決定，要在新的魔法少女獲得魔杖瞬間，捉到網站的幕後管理者，然後揭開網站秘密。她們充份發揮了各自的能力，這一刻終於到來。彩、露乃以及梨奈埋伏在一間學校裡，等待著幕後管理員現身…。

看來管理員的真實身份是一個人類少女。露乃為了保護彩和她的同伴犠牲了自己，沒想到再度復活竟成了新的管理員候選人。 露乃被下令要把彩殺死，這樣就能成為真正的管理員。早已經失去記憶的露乃，開始用超能力攻擊自己的好朋友彩。 「堅強的活下去吧」，露乃的最後一句話浮現在彩的腦海裡，而彩的戰鬥現在才正要開始…。