捲入某個事件中，被貼上有前科標籤的高中生雨宮蓮，處於一年的監護觀察期，在身份擔保人佐倉惣治郎的家中開始了生活。此時，在去轉學的秀盡學園的途中，誤入了異世界……

蓮開始了新的學生生活。但是作為有著前科的轉學生卻責難重重。與鴨志田有爭執的同級生·坂本龍司，與蓮同樣在學校裡為孤立的存在。他和蓮相遇，蓮啟動了神秘的應用軟體“異世界導航”，嘗試再次進入異世界。

害怕來自鴨志田不講理的暴力，排球社社員們被虐待著。另一方面，蓮的同班同學高卷杏也是排球社社員，而她的好友卻一直是替補。顯露出扭曲願望的鴨志田以此為條件不斷接近高卷。高卷對此煩惱著。

為了讓鴨志田改過自新，蓮他們在學校裡張貼“預告信”。與成為新伙伴的杏和莫爾甘納一起，為了偷走實體化的“寶物”而再次潛入城堡，但在那裡等待著他們的是陰暗的鴨志田本人。

順利讓鴨志田改過自新的蓮等人，決定今後也要為了讓自私的大人們改悔而繼續幹下去，並成立了“心之怪盜團”。其中，在網路上建成了名為“怪盜委託頻道”的BBS網站……

蓮等人與著名畫家斑目一流斎的年輕門生，喜多川祐介相遇。祐介懇求杏說“希望你能成為我畫畫的模特兒”，這讓大家感到了困惑。到了週末，在祐介的邀請下大家來到了斑目的個人畫展，對於顯得清廉的斑目，蓮似乎感覺到了違和感。

蓮他們確認了宮殿的存在，清楚了祐介的本心，決定下一個目標為斑目。蓮和龍司潛入宮殿時，杏作為祐介畫畫的模特兒接受了做誘餌的工作，在斑目宅邸的保管庫裡，發現了某個東西……

清楚斑目的真意後覺醒了的祐介，自願申請加入怪盜團。蓮他們發出預告書，為了盜出斑目的寶藏而侵入宮殿，但在那裡等待他們的，是攜帶著“描畫出抱著嬰兒姿態的《小百合》”的陰暗斑目。

自從讓斑目悔改後，蓮等人感覺到心之怪盜團的存在逐漸逐漸被世人所知。此時，他們被摩爾加納囑咐最好認真學習，於是大家過著各自短暫的學生日常。

蓮、龍司、杏他們三人為了社會實踐參觀而來到了電視台，他們在那裡遇到了被邀請去做嘉賓的高中生名偵探·明智吾郎。他們對於在節目裡提及到怪盜團的明智感到不安，另一方面，在秀盡學園裡詢查蓮他們的動向的人物出現了……

擔任秀盡學園學生會長的新島真得知了怪盜團的真實身份就是蓮他們。真放過他們的代價是，“希望他們證明正義”。為了遵從他的要求，蓮等人嘗試潛入新目標的宮殿，然而……

從虛偽的自我中擺脫並覺醒了persona的真，作為怪盜團的參謀成為一員。蓮他們為了讓瞄準年輕人敲詐錢財的犯罪集團的老大·金城悔改，再次潛入宮殿之中。

成功盜出寶藏讓金城悔改的怪盜團，從金城那裡聽說，除了大家以外似乎還有個被稱為“黑面具男”的人出入異世界。另一方面，煩惱著想畫又畫不出畫的祐介跟蓮商量了一件事……

蓮他們接連成功讓人悔改，作為怪盜團不斷取得成果。此時，蓮在真的希望下一同去新宿的繁華街嘗試做某個驗證。兩人在那裡目擊到了秀盡學園的女學生在一些可疑的店裡進出，

期末考試結束，蓮等人去參加滿心期待的煙火大會。然後在逐個選定悔改的目標時，怪盜團突然收到了國際駭客集團“梅傑德”的宣戰預告。

一個自稱阿里巴巴的神秘人物，向怪盜團提出有比收拾梅傑德更需要改過自新的人。其目標正是，惣治郎因某個事件從熟人那裡接管的少女·佐倉雙葉。

雙葉在蓮等人的說服下靠自己的意志打開了房間的門，並追在為了偷走寶藏再次潛入宮殿的怪盜團的身後，自己也潛入宮殿。雙葉在那裡遭遇到了，以母親姿態出現的並抱怨自己的巨大怪物。

克服關於母親的扭曲記憶，並覺醒了persona的雙葉，為了自己的目的而希望成為怪盜團的伙伴。然後，為了讓還很拘謹的雙葉加深友情，蓮等人提議一起去海邊玩。

修學旅行來到了夏威夷的蓮等人，各自享受著南國的氛圍。但是，他們一回國以後，就收到了秀盡學園的校長非自然死亡的通知，怪盜團產生了動搖。

摩爾加納離開了蓮等人卻沒有回來。蓮他們擔心著摩爾加納的同時，侵入下一個目標——奧村的宮殿。而在那裡阻擋著怪盜團去路的，是行蹤不明的摩爾加納和自稱美少女怪盜的少女。

互相傳達彼此的想法，蓮等人和摩爾加納順利和解。另一方面，為了拯救被強求與父親決定的未婚夫結婚而感到苦惱的少女·奧村春，怪盜團再次嘗試潛入奧村的宮殿。

怪盜團成功從春的父親·奧村的宮殿裡偷走了寶藏，然後全員聚在一起舉行慶賀派對。但是，正在召開的奧村的記者招待會上發生了意外的事件，蓮等人到此為止作為怪盜團所做的事情產生了疑問。

為了讓真的姐姐，檢察官·新島冴悔改，怪盜團收到了明智希望協助的請求，於是他們潛入了冴的宮殿。另一邊，說是雙葉親戚的男人出現在了惣治郎的身邊……

為了偷走冴的寶藏，怪盜團潛入了新島的宮殿。在宮殿裡陰暗的冴自言自語。了解了扭曲的想法的真，決心必須得盡快阻止冴。

怪盜團試圖從新島的宮殿裡逃出來。他們各自分開逃走，然而作為誘餌角色的蓮被埋伏著的機動警察給抓起來了。蓮受到了無情的審訊，然後剩下的伙伴們嘗試來一次起死回生的大作戰……！