‘세상에서 가장 나쁜 아기’를 막아라! 종일 울고 말썽만 부리는 아기 스쿠터. 이러다가 동네 사람들이 모두 아기를 싫어하게 될 듯? 보스 베이비와 현장팀, 출동이다!

보스 베이비에게 경쟁자가 나타났다. 갑자기 집 안에 들어온 고양이, 뭐가 이렇게 귀여운 거지? 잘못하면 어른들 사랑을 빼앗길지도! 고양이와 아기의 승부가 시작된다.

멋진 패밀리 레스토랑이 문을 연다. ‘가족의 신나는 밤’을 위해 개업식에 끌려간 보스 베이비. 그런데 이 레스토랑, 뭔가 이상하다? 고양이의 기운이 몰려오고 있어!

베이비 나라에 이상한 일이 일어난다. 갑자기 자라 버린 직원들, 그런 직원들을 해고하겠다는 메가 뚱뚱 회장 베이비. 회사의 미래가 보스 베이비 형제에게 달려 있다!

가장 귀여운 아기가 되어 왕관을 차지하라! 귀요미 선발 대회에 잠입한 보스 베이비와 현장팀. 최대한 사랑스럽게, 최대한 아기답게! 그것만이 아기들이 살길이다.

보스 베이비가 병가라고? 응가를 하지 못하는 치명적인 병에 걸린 보스 베이비. 그사이 누군가 아기들을 상대로 음모를 꾸민다. 일어나라, 보스 베이비, 쾌변 작전 시작!

회사 일로 시무룩해진 보스 베이비. 베이비시터와 저녁을 보내야 한다는 말에 심술이 폭발한다. 형하고 힘을 모아 베이비시터를 몰아내자! 그런데 이 누나, 빈틈이 없네?

보스 베이비 동네에는 이상한 집이 하나 있다. 고양이들이 우글거리는 무시무시한 집이! 실수로 그 집에 들어가 버린 짐보. 보스 베이비, 고양이 소굴에서 짐보를 구하라!

베이비 나라 단합대회가 열린다. 매년 속임수를 써서 상품을 독차지해온 메가 뚱뚱 회장 베이비. 하지만 이번엔 쉽지 않을걸? 보스 베이비 형제가 정의를 원하니까!

공짜 휴가를 떠난 템플턴 가족. 하지만 이건 함정이다. 열세 명의 아기를 여덟 시간 동안 비행기 안에 가둬두겠다는 함정! 이제 우는 아기들을 달랠 사람은 팀뿐이다.

집으로 돌아가던 템플턴 가족은 냥이 경찰한테 걸려 딱지를 끊는다. 아기가 있는 가족을 주로 노리는 냥이 경찰. 뭔가 이상한데? 악당 붓시 캘리코의 음모일지도 몰라!

메가 뚱뚱 회장 베이비가 보스 베이비의 약점을 쥐고 있다! 이거 진짜 위기인데? 보스 베이비 일당은 그 약점이 뭔지 알아내기 위해 회장의 금고에 접근한다.

붓시 캘리코, 음모 실행! 그가 풀어놓은 고양이 여섯 마리를 막아야 한다. 보스 베이비와 메가 뚱뚱 회장 베이비도 당분간 휴전! 세상을 구하기 위해, 아기들이 출동한다.