Kapitan Tsubasa jest niezwykłą historią ucznia szkoły podstawowej, którego myśli i marzenia obracają się prawie całkowicie wokół miłości do piłki nożnej. 11-letni Tsubasa Oozora zaczął grać w piłkę nożną w bardzo młodym wieku, i chociaż był to głównie sport rekreacyjny dla jego przyjaciół, rozwinął się w coś obsesyjnego dla niego.

Aby zrealizować swoje marzenie najlepiej jak potrafi w szkole podstawowej, Tsubasa przenosi się z matką do miasta Nankatsu, które jest dobrze znane z doskonałych drużyn piłkarskich ze szkół podstawowych. Ale mimo tego, że był najlepszy w swoim starym mieście, Nankatsu ma znacznie więcej konkurencji, i będzie potrzebował wszystkich swoich umiejętności i talentu, aby wyróżnić się z tego nowego tłumu.