한때는 범죄와 싸우는 슈퍼히어로였던 하그리브스 남매들. 무엇이 그들을 망가뜨린걸까. 아버지의 갑작스러운 죽음과 함께, 성인이 된 그들이 다시 한자리에 모인다.

시간 여행에서 겪은 일들을 바냐에게 들려주는 파이브. 그 모든 것이 정말 사실일까? 파이브가 의안의 주인을 찾는 사이, 정체를 알 수 없는 남녀가 그의 흔적을 추적한다.

엄마가 무언가를 감추고 있다. 아버지의 죽음에 관한 진실을 밝히기 위해 가족회의를 소집하는 루서와 앨리슨. 파이브를 쫓던 차차와 헤이즐은 중요한 단서를 확보한다.

7년 전, 루서에게 중요한 사건이 벌어졌다. 이제야 드러나는 루서의 사연. 클라우스는 차차와 헤이즐에게 큰 좌절을 안겨주고, 앨리슨은 레너드를 의심하기 시작한다.

한 치 앞을 짐작할 수 없는 나날. 파이브는 루서에게 비밀을 털어놓고, 클라우스는 길고 힘든 시간 여행을 경험한다. 약을 끊은 바냐는 뭔가 다른 기분을 느낀다.

바냐와 형제자매들의 갈등이 폭발한다. 마지막 남은 우애마저 말라버릴 위기. 파이브는 커미션 본부에서 관리자로 일을 시작하고, 차차는 쉽지 않은 지령을 받는다.

하그리브스 남매들에게 주어진 새로운 기회. '해럴드 젠킨스'를 찾으면, 모든 것을 바로 잡을 수도 있다. 레너드는 바냐를 숲으로 데려가 그녀의 힘을 확인하려 한다.

힘을 통제하기 위해 연습하는 바냐. 그 실마리는 하그리브스가 남긴 기록에 있다. 앨리슨은 바냐를 찾기 위해 지역 경찰과 동행하고, 전날 밤 벌어진 일을 알게 된다.

바냐는 충격과 절망의 구렁텅이에서 허우적댄다. 이제는 어디로 돌아가야 하나. 파이브 또한 예측할 수 없는 사건들 앞에 길을 잃는다. 하지만 여정은 아직 끝나지 않았다.

오랫동안 묻어왔던 가족의 비밀이 밝혀지고, 봉인된 분노가 폭발한다. 본격적으로 싹을 틔우는 종말의 씨앗. 엄브렐러 아카데미만이 인류의 파멸을 막을 수 있다.