Ren peut enfin quitter l’hôpital. Il va devoir reprendre le cours de sa vie : les cours, l’omniprésence de son amie Kasumi, l’absence de Shirô… Mais un étrange rêve semble hanter le jeune garçon. Quelle est sa signification ?

Chaque nuit, Ren continue de faire le même cauchemar, sans rien y comprendre. Il sait seulement qu'une personne a le cou tranché, à son réveil… Est-il dans de beaux draps ?

Ren est inquiet et en colère. Il veut avoir des réponses, et vite. Il menace donc Rusalka Schwägerin, qui semble détenir de précieuses informations.

Kasumi cherche Ren, qui l'évite depuis l'autre jour. Seulement, son ami fait ça pour la protéger, d'une façon plutôt maladroite… En parallèle, les Chevaliers-Saints de la Table noire s'activeront plus sérieusement, afin d'avoir un adversaire digne de ce nom pour la guerre à venir.

Au 18e siècle, Marguerite Breuilh était née au pied d'une guillotine et inspirait la peur autour d'elle. Elle ne cessait de chanter les mêmes paroles sinistres. Elle est désormais chez Ren, dans son lit… Aurait-il réussi à la matérialiser ? Kasumi la terreur découvrira-t-elle la présence de la jolie blonde ?

Shirô fait part de ses impressions de déjà-vu assez fréquentes, qu'il souhaiterait bien éradiquer définitivement, même au péril de sa vie. À quoi sont-elles dues ? Justifient-elles son côté casse-cou ? Surtout face aux Chevaliers-Saints de la Table noire…

Ren est tenu captif par les Chevaliers-Saints de la Table noire, mais le pire est encore à venir… Son Excellence, Reinhard, souhaite s'entretenir avec lui, et ses raisons n'augurent rien de bon.

Deux svastikas ont déjà été ouverts… il n'en reste plus que six. Ren a l'intention d'intervenir, mais il lui manque des informations cruciales. Il espère que Honjô saura l'aiguiller.

Marie souhaite devenir la cinquième du groupe, constitué de Ren, Rea, Shirô et Kasumi. Pour ce faire, elle fera tout pour rendre Ren heureux et le soutenir dans les moments difficiles. Vient alors la confrontation contre Lisa…

Éléonore fait une apparition soudaine et met aussitôt fin au combat entre Kei et Ren… Trifa lui aurait ordonné d'ouvrir le 5e svastika. Notre héros devra alors affronter cet être immortel au feu dévastateur.

Mercurius explique à Shirô le passé commun de Ren et Kasumi, et combien ses amis sont anormaux, contrairement à lui. La vérité est parfois dure à entendre… spécialement lorsqu'on est le facteur d'auto-destruction.

Il est possible, même nécessaire, d'évincer Dieu de son trône, et pour cela, le quatrième palier doit être atteint, soit l'extraction.

Le père Trifa est accablé par un énorme péché. Afin de se repentir, et ramener les morts à la vie, il a tout mis en œuvre pour devenir un être extrêmement puissant : Reinhard Heydrich.

Machina a tenu tête au Saint Graal, et il en est sorti vainqueur. Les Chevaliers-Saints de la Table noire encore en vie, à l'exception de Kei, se sont repliés pour retourner auprès de Reinhard Heydrich. Quant à Ren, Shirô et Marie, ils sont de retour… à l'école ! Tous les autres se sont fait voler leur âme.

Ren fait face à Reinhard Heydrich, mais il ne semble pas prêt. Pas encore, du moins. Pendant ce temps, Kei affronte Éléonore grâce à l'épée maudite, et Shirô se bat contre Schreiber, qui n'a vraisemblablement plus toute sa tête…

Les combats se poursuivent, sans relâche. Tantôt par des insultes, tantôt par des pouvoirs, des techniques ou des armes sensationnelles.

Mercurius, Reinhard, Ren et Marie sont les quatre seuls à avoir atteint le stade de l'extraction. C'est pourquoi ils sont transportés vers le nouveau monde, au centre de tout. Mais il ne peut y avoir qu'un survivant. Un unique victorieux, celui qui remplacera Dieu…