虽然自由行星同盟军动员了3000万人，实行了对帝国领地的大规模进攻，但因莱因哈特率领的银河帝国军的反攻，三个宇宙舰队毁灭。杨率领的第十三舰队虽然维持了九成的战斗力，但是各舰队都遭受了严重的损失。但是，总司令官机器人命令将剩下的战斗力全部集结到星系进行决战，莱因哈特也将全舰队集结到了星系。两军再度燃起战火。

银河帝国皇帝弗里德里希四世没有指定继承人，心脏病发作猝死。已故皇太子的儿子，唯一直系的嫡子艾尔文・约瑟夫才5岁。娶了皇帝的女儿的布朗施瓦克和里天海姆两家策划让各自的女儿就任女帝。皇帝的三个孙子的监护人之间的帝位继承权之争静静地开始了。不属于任何一个派系的莱因哈特，为了寻求武力，某个势力也接近了。

自由行星同盟军攻克伊塞尔龙要塞时，被俘虏的银河帝国军。银河帝国军在姆利兹星域会战中被俘的自由行星同盟军。双方各有200万名俘虏将在伊泽尔贷款要塞交换。同盟方面的代表是塞尔龙要塞司令官杨。帝国方面的代表是交换俘虏的提案者莱因哈特的名代基尔希亚斯。曾经在战场上进行过智谋较量的两位用兵家，在交换俘虏的仪式上第一次见到了对方。

对于幼帝埃尔文的监护人莱因哈特和列支敦拉德，以布朗施瓦克和列支敦海姆为中心的门阀贵族们的反感越来越强烈。就在这时，玛丽多夫伯爵的独生女希尔达拜访了奥丁的元帅府，实现了和莱因哈特的会面。当被问到突然来访的意图时，她告诉我，在明天也会发生的内战中，玛丽多夫家将成为莱因哈特的伙伴。

武装叛乱在自由星球联盟的四个前沿行星上相继发生。刚接任联合行动负责人的道森将军命令伊瑟隆舰队的负责人杨平定一切叛乱。但是，早于杨舰队的舰队，就有关于海涅森发动政变的消息。扬发现事件是莱因哈特（Ruinhardt）企图的结果，并预言会发动政变，但策划者是一个意想不到的人。

逃出帝都奥丁的利普施塔特贵族联合，以盖伊斯堡要塞为据点，帝国军最高司令官莱因哈特的舰队也为了讨伐对立的“匪军”而出发了奥丁。贵族联合舰队总司令官梅尔卡茨主张应该在要塞迎击，但是想先建立武功的斯塔顿和希尔德海姆的舰队出击。莱因哈特也命令米特迈尔出击，之后被称为“利普施塔特战”的内乱拉开帷幕

为了解放被救国军事会议压制的海涅森，从伊塞尔贷款要塞出发的杨舰队，为了确保兵站的据点，首先前往发生了武装叛乱的边境行星山池。与没有驻扎舰队的山池叛乱军的战斗，成为了莎恩杯率领的陆战队的独霸场，仅仅3天就镇压了叛军。也受到了市民的热烈欢迎。在这种情况下，情报部的巴格达中佐从海涅森逃脱出来，要求和杨会面。

攻陷了伦滕堡要塞的莱因哈特，向利普施塔特贵族联合的据点——盖斯堡要塞进军。命令率领别动队的基尔希亚斯讨伐贵族联合的副盟主利天海姆。利天海姆为了逆转与盟主布朗施瓦克的立场，想打倒基尔希亚斯建立武功。战斗开始后，面对持续猛攻的里天海姆舰队，基尔希亚斯舰队彻底防御……。

杨舰队在多里亚地区击败了勒格兰奇，接近救世军国会控制的首都海涅森。尽管困难重重，救世军委员会主席格林希尔仍然认为，长江舰队将无法穿越喜力的引力范围。喜力（Heinesen）轨道上有12个资本之星防御系统[Artemis项链]。然而，杨有一个策略来取消阿尔Art弥斯的项链...

安顿了边境星区的基尔恰斯（Kirchice）久违后与莱因哈特（Reinhardt）会面。在得知对韦斯特兰德进行核袭击的计划以及是否有谣言称他杀死居民后，他问赖因哈特。在与贵族进行最后决定性战斗之前，他们之间的关系将发生前所未有的变化。另一方面，立于盖斯堡（Gaiesburg）堡垒的利普施塔特（Lipstadt）贵族同盟则出发了他们的整艘船，与莱因哈特舰队进行最后的战斗。

与Lipstadt贵族联合会的战斗已经结束，胜利仪式和囚犯在盖斯堡堡及其领导人之间进行。直到现在，基希切斯仍被允许随赖因哈特（Reinhardt）的观众一起携带枪支，但警卫可以在这一天首次阻止它。当我们进行检查时，不伦瑞克的知己安斯巴赫（Ansbach）带着一具棺材的棺材出现在赖因哈特（Reinhardt）的面前，棺材里装有他的主人的遗骸。