수천 년 후의 미래 우주로 진출한 인류는 전제 정치를 하는 은하제국과민주주의를 추구하는 자유행성동맹으로 나뉘어 오랫동안 전쟁을 거듭한다. 또한 페잔 자치령은 겉으로는 중립을 표방하지만 두 세력의 전쟁을 이용해 이익을 추구하는 집단으로서 이 3개의 세력은 서로 물고 물리는 관계다.우주력 796년, 자유행성동맹은 또다시 4만 척의 우주 전함을 이끌고 은하제국을 치기 위해 발진하는데…

자유행성동맹군 2함대와 은하제국군의 전투가 시작되기 X시간 전,양 웬리 준장은 사령관에게 작전안을 제출한다. 동맹군 세 함대의 사령관은 모두 수적으로 2배나 우세인 자신들의 승리를 예단하고 있었지만 포위망이 완성되지 않은 상태에선 빈틈이 있다는 걸 간파했기 때문이었다.하지만 2함대 사령관은 양 웬리의 전술이 흥미로운 안이긴 해도 너무 소극적이라며 작전안을 기각한다. 결국 은하제국군의 공격으로 기함이 피탄돼 사령관은 중상을 입고, 지휘권을 물려받은 양 웬리는 은하제국군 상급대장 라인하르트가 생각지도 못한 전술로 허를 찌르는데...

"어린 시절 가난한 귀족이었던 라인하르트의 집이키르히아이스의 옆집으로 이사를 온 후로 두 사람의 오랜 인연은 시작된다. 라인하르트의 아름다운 누나, 안네로제를 보고첫눈에 반한 키르히아이스는 안네로제에게 남모르게 연심을 품는다. 그러던 어느 날 안네로제가 황제의 눈에 들어서 황궁으로 들어가게 되자라인하르트는 아버지가 누나를 황제에게 팔았다며 격분한다. 그 사건 이후로 갑자기 라인하르트가 종적을 감추자 키르히아이스는 무척 걱정하는데…"

양 웬리는 16살이 될 때까지 무역상인 아버지를 따라다니며 삶의 대부분을 우주선에서 보낸다. 역사에 관심이 많아서 온갖 역사 서적을 섭렵하는 양 웬리는독재자 루돌프를 사람들이 추종한 이유가 뭔지에 대해 어릴 때부터 의아한 마음을 품어 왔다. 그러다가 아버지가 죽은 후에 가난해진 웬리는 역사학과에 들어가고 싶지만,돈이 없어 학비를 면제해 주는 전사연구과가 있는 사관학교에 들어간다. 사관학교의 전략 전술 시뮬레이션 모의 전투에서 늘 수석인 와이드 본과 맞붙게 되는데...

대참패로 기록된 아스타테 전투 전사자들의 위령제에 참가한 양은자기는 안전한 곳에 있으면서 장병들의 희생을 독려하는 국방위원장의 연설이 탐탁지 않다.연설이 끝나자 참석한 사람들은 모두 일어서서 동맹군 만세와 제국 타도를 복창하는데도혼자서 가만히 앉아 있자 크리스티앙 대령이 와서 불만을 제기한다.그때 국방위원장 앞으로 뚜벅뚜벅 걸어가는 여성이 있었는데 그녀는 바로 양의 친구 장의 약혼녀 제시카였다. 국방위원장에게 후방에 편하게 앉아서 장병들의 죽음을 독려하는 게 옳으냐며 항의하자 위원장은 제시카를 끌어내라고 한다. 그때 양이 제시카의 손을 잡고 위령제 행사장을 빠져나간다.그런데 뒤에서 맹렬히 양의 차를 쫓아오는 트럭이 보이는데...

일반 함대의 절반 규모밖에 안 되는 제13함대의 사령관을 맡은 양 웬리는 마침내 이젤론 요새 공략 작전에 들어간다. 일반 함대로도 함락이 거의 불가능한 난공불락의 이젤론 요새를 제4, 6함대 잔존 병력과 신병들로 구성된 반쪽짜리 규모의 제13함대가 함락시킬 수 있으리라고는 아무도 기대하지 않는 상황. 하지만 불패의 마술사로 불리는 양 웬리는 그리 초조한 기색이 없다. 카젤느 소장에게 제국군의 순양함과 제국군 군복을 마련해 달라고 부탁한 양 웬리는 웬일인지 제국으로부터 망명해 온 군인들로 구성돼 있고 작전 능력은 동맹군 내에서도 손꼽힐 정로라는 지상전 전문 부대인 로젠리터 연대를 찾아가는데...

지금껏 한 번도 성공하지 못했던 난공불락의 이젤론 요새 공략 작전이 마침내 감행된다. 동맹령에서 첩보 활동을 벌이다 발각되어 도망쳐 왔다는 거짓말로 입항을 허락받은 쇤코프와 로젠리터 부대원들. 그러나 정확한 위치도 알려지지 않은 요새 사령실에 진입하기 위해 뛰어넘어야 할 난관은 한둘이 아니었다. 한편 수상한 낌새를 느낀 경비주임 레믈러는 다시 한 번 ID를 확인해야겠다며 사령실 입실 허가를 내주지 않고 이에 작전이 수포로 돌아갈 위기를 맞닥뜨린 로젠리터 부대원들은 당황한다. 하지만 이미 동맹군의 계략에 빠진 요새 사령관의 지시 덕분에 무사히 사령실에 들어가게 되는데...

제국령 카스트로프 성계의 영주인 오이겐 카스트로프가 죽은 뒤 그가 수많은 공금을 횡령한 사실이 드러나자 제국 정부는 부정 축재한 재산을 몰수하려 한다. 하지만 그의 아들 막시밀리안이 반발함으로써 카스트로프 동란이 발발하고 이를 진압하라는 황제의 칙령이 키르히아이스에게 내려진다. 이에 소장에 불과한 키르히아이스에 대한 주변의 불안과 의구심은 커져만 가고 원수부 소속 장군들 사이에선 소꿉친구인 키르히아이스가 공적을 쌓을 수 있도록 라인하르트가 손을 쓴 거라는 불만의 목소리가 나오는 가운데, 드디어 키르히아이스는 카스트로프 동란 진압을 위해 출격하는데...

수많은 민간인 기술자들과 전문가들이 군에 징용으로 끌려간 여파로 민간 사회의 전문 인력 부족으로 인해 동맹국에서는 크고 작은 직장 내 사고가 끊이지 않는다. 그럼에도 동맹국 최고 평의회는 이젤론 요새를 함락시킨 걸 계기로 제국을 침공하느냐 마느냐를 놓고 설전을 벌인다. 주전파가 우세한 가운데 반전을 주장하는 평의회 위원들은 군의 전문 인력들의 일부를 민간으로 돌려 보내야 한다고 강력히 주장하지만 결국 결론을 표결에 부치기로 한다. 그런 가운데 양 웬리는 이젤론 공략 전에 생각했던 대로 자신의 할 일은 끝났다며 사표를 제출하는데...

마침내 자유행성동맹군은 3천만 명의 병력을 투입한 대대적인 침공을 감행하지만, 막상 적은 아무런 저항도 하지 않고 후방 깊숙이 후퇴해 버린 상황. 알고 보니 귀족들은 전부 후퇴하고 피지배층 주민만 남겨둔 채 거의 모든 식량을 가져가 버린 상태였다. 자유행성동맹은 이 전쟁이 전제 정치에 신음하는 제국의 인민들을 해방하기 위한 정의로운 전쟁이라는 기치를 내걸고 점령지의 주민들에게 민주주의 시민으로서의 정치적 권리를 모두 보장하겠다면서 선전 활동을 벌이지만, 정작 주민들은 정치적 권리니 뭐니에는 관심이 없고 식량을 달라는 요구만 한다. 이에 동맹군 측은 5천만 명에 달하는 점령지 주민들의 식량 보급을 위해 비상이 걸리고, 동맹국 본국에서의 보급 지원이 올 때까지 자신들이 비축한 식량을 나눠 줄 수밖에 없는 상황에 처하는데...

제국군은 동맹군의 보급선을 끊기 위해 보급 부대 하나에무려 2만 척이 넘는 전함을 출격시켜서 철저하게 분쇄해 버린다. 보급이 끊어진 동맹군들은 전투 물자는 물론 식량도 바닥이 나서전투병이 아닌 정비병 등은 굶주림에 시다릴 정도로 위기에 몰린다. 전황 역시 당연히 제국군의 압도적 우세 속에서 졸전을 면치 못하는 상황.하지만 동맹군 중에서 유일하게 선전을 펼치고 있는 함대가 있었으니그것은 바로 양 웬리가 이끄는 제13함대였다. 13함대 소속 공중전대의 활약에 고전을 면치 못하던 켐프의 함대는결국 전열 재정비를 위해 퇴각을 결정하는데...