David zostaje przydzielony do szkoły lotniczej Pterodona, a Karl zostaje wysłany, by zająć się wylęgarnią dinozaurów, w której ma się wykluć jego przyszły towarzysz życia dinozaura. David napotyka trudności podczas treningu. Karl ponownie próbuje uciec.

Główny Kamień Słoneczny wkrótce ulegnie awarii, co oznacza koniec Dinotopii. Gdy mięsożercy przygotowują się do ataku na stolicę, Karl, David i Cyrus udają się do zakazanych ruin starożytnej świątyni dinozaurów, desperacko próbując ocalić wszystkich.