クローバー王国と隣国ダイヤモンド王国との国境付近に“魔宮（ダンジョン）”が出現した。ダンジョンとは遺跡のようなもので、貴重な宝物が隠されている反面、盗難や秘密事項の流出を防ぐため、たくさんのトラップ魔法が仕掛けられた危険な場所でもある。　なぜか魔法帝じきじきの指名で調査任務を任されたアスタは、ノエルと先輩のラック・ボルティアとともに調査を開始。そんな中、感知能力に優れたラックが何かに気づき、アスタとノエルを置き去りにしてどこかに行ってしまう。

ノエルの助けで戦いに集中できるようになったアスタ。だがラデスが操る屍体が放った呪力の塊“呪弾（じゅだん）”のせいで体力を奪われ、思ったように動けなくなってしまう。勝ち誇ったラデスはいっきにアスタにトドメを刺そうとするが、この窮地を救ったのはフエゴレオン団長だった。魔法騎士団の精鋭たちに向かって「魔法帝になってオマエら全員黙らせてやる！」と豪語し、人々を護るために必死で戦うアスタの姿を見たフエゴレオン団長は、ここでアスタを死なすわけにはいかないと、自らラデスとの戦いを買って出る！

何の前触れもなく姿を消した町の子供たち。その中にはレベッカの妹ルカと弟のマルコ、ゴーシュの妹マリーもいた。教会でマリーの世話をしているシスター・テレジアから話を聞き、マリーのことが心配でならないゴーシュは、ほかの子供たちのことを心配するアスタやシスター・テレジアとともに、妹に持たせている“魔導具（まどうぐ）”の鏡に宿ったマナをたどって居場所を探す。だが、子供たちから魔力を奪って高く売りつけることが目的の犯人の魔の手がいよいよマリーにも迫っていた――！