Cuando la agente del FBI, Emily Byrne regresa, después de haber estado desaparecida por seis años, la investigación de su ausencia perturba a sus seres queridos.

Emily es acusada de ser una asesina en serie. Conrad Harlow, es liberado de prisión, Y Emily todavía no tiene pistas sobre su secuestro y lo que pasó mientras estaba cautiva. Mientras Emily lucha por seguir con su vida normal, un testigo aparece haciendo inquietantes declaraciones sobre Emily.

Cuando el testigo en contra de Emily es asesinado, Nick y Emily deberán probar su inocencia antes de que Tommy Gibbs y el departamento de policía la arresten.

Con la Policía de Boston que le exige a Emily que se entregue sin poder probar su inocencia. Entonces ella, toma una decisión que podría alejarla de Flynn para siempre.

Nick y Tommy son testigos del asesinato de un agente del FBI y sospechan que Emily lo hizo. Mientras tanto, ella usa la información del interrogatorio de Adam para descubrir más evidencia.

Después de evadir a las autoridades, Emily regresa a Boston para descubrir que la única persona que puede ayudarla podría ser la que tambièn busca destruirla.

Con nueva información sobre su secuestro, la investigación de Emily la lleva a indagar su infancia. Mientras que Nick enfrenta otra tragedia.

Alice y Flynn son secuestrados por una persona misteriosa, mientras Nick sospecha que Emily fue la que raptó a su familia y trata de encontrarlos. Luego, un reportero asalta a Jack cada vez que quiere obtener información exclusiva.

Emily huye con una pista que tiene la clave para resolver su caso.

El presente y el pasado de Emily colisionan en un enfrentamiento impactante.

Emily Byrne lucha por dar sentido a su cautiverio y a su tumultuoso pasado. Mientras tanto, un ataque terrorista mortal sacude el corazón de Boston, y el agente especial Nick Durand del FBI tendrá que investigarlo.

Mientras Nick y el resto del equipo buscan al atacante del Federal Annex, Emily se encuentra con una sombría figura de su pasado cuya aparición amenaza destruir su frágil recuperación.

Impactada por una pérdida traumática, Emily debe volver al FBI para obtener respuestas. Mientras, Nick y Julianne estrechan el cerco al terrorista ya que temen un nuevo ataque más letal que el anterior.

La cacería de Nick al atacante del Federal Annex se intensifica, mientras Emily y Cal buscan pistas sobre el asesino del fentanilo, lo que les pone en una situación de alto riesgo.

Sigue aumentando la ola de muertes por fentanilo. Emily y Cal temen que la siguiente víctima sea alguien que no puedan permitirse perder.

Emily y Cal viajan a Moldavia tras el rastro del asesino del fentanillo, una tarea que va a resultar más peligrosa que previsible. Mientras Alice, aún en proceso de reconstrucción de su matrimonio, recibirá un terrible diagnóstico.

Mientras Emily y Cal viajan al interior de Moldavia, Nick pelea en los Estados Unidos por aceptar una gran mentira, y Alice tomará una decisión sin vuelta atrás que cambiará su vida.

De vuelta en Boston, el dolor de Emily deja paso a un propósito tras descubrir una pista que conecta a Rex Wolfe con su misterioso cautiverio. Mientras, la vida familiar de Nick se desmorona...

Emily lo arriesga todo para que se descubra por fin toda la verdad sobre la conexión que existe entre los asesinatos de Fentanilo y su pasado.

Emily se desmorona al descubrir que tiene un peligroso enemigo escondido acechando.

Emily vive los últimos días de su suspensión del FBI mientras intenta aceptar las consecuencias de sus acciones durante las dos temporadas anteriores. Emily desconfía de todo el mundo y ve amenazas por todas partes, por eso está más vigilante y al acecho que nunca.

Tras los terribles sucesos y a contrarreloj, Emily debe encontrar y salvar a Nick con la ayuda de Kai, su misterioso informador. Tras descubrir dónde está, Emily se da cuenta de que hay una conspiración mucho mayor y deberá enfrentarse a la posibilidad de que Nick haya sido asesinado.

Desorientado y drogado para no poder moverse, Nick despierta confinado en un lugar oscuro. Mientras, a pesar de no tener ninguna prueba de vida, Emily se niega a aceptar que Nick esté muerto y hace un trato para recuperarlo, pero entonces descubre que se trata de una trampa de Dawkins y de que todo el mundo corre peligro.

Ante la negativa del FBI a su petición de que busquen a Nick, Emily pone en marcha un arriesgado plan que la lleva a encontrarse cara a cara con el hombre que puede llevarla hasta Nick. Mientras, en algún lugar de Europa, Nick está siendo drogado y torturado psicológicamente, lo que saca a la luz la culpa e inseguridades que tiene como agente del FBI, marido y padre.

Emily cumple todas las peticiones de Dawkins para que la lleven hasta Nick y aprovecha para preparar una trampa. Mientras, la culpa y paranoia amenazan con superar a Nick, pero, finalmente, logra vencer a los demonios personales que lo atormentaban.

Nick sigue siendo torturado, pero encuentra una oportunidad para escapar de sus captores. Cal y Emily se unen para rescatar a Nick e intiman durante el camino. Pero cuando llegan a la misteriosa localización, a pesar de encontrar pruebas relacionadas con el caso de Nick en Boston, no encuentran ni rastro de Nick.

Emily hace un último intento de negociar los archivos robados por Nick y exige pruebas de que está vivo, sin saber que Nick ha escapado de sus secuestradores durante una emocionante persecución. Nick se pone en contacto con el FBI, y Emily toma la valiente decisión de hacer que Cal se enfrente a su pasado.

Emily y Nick idean un plan para infiltrarse en el campo de refugiados, y Cal se hace pasar por un vigilante de Meridian con la esperanza de encontrar a Armstrong y entregarlo a la justicia. Mientras tanto, Crown y Gunnarsen se acercan al topo de Meridian y un visitante inesperado llega a la granja.

Nick intenta liberar a los refugiados y Cal se enfrenta, por fin, a Armstrong. Gunnarsen y Crown se disponen a detener al director adjunto Webb, pero hacen un descubrimiento que podría ser letal. Mientras, Emily intenta llegar hasta el fondo de la operación de Elliot y no tiene miedo de hacer lo que haga falta para proteger a su familia.

Emily y Nick se reúnen por fin con Flynn en Boston, pero el arma biológica de Elliot todavía es una amenaza. Emily recurre a medidas drásticas y toma una decisión muy peligrosa para mantener segura a su familia.