Dopo che per anni si era creduto che l'agente dell'FBI Emily Byrne fosse stata una possibile vittima del serial killer Conrad Harlow, lei torna miracolosamente a casa dalla sua famiglia. Emily deve fare i conti con i misteri della sua prigionia e con il fatto che la vita di tutti i suoi conoscenti è proseguita senza di lei.

Con l'omicidio del testimone, tutte le prove sembrano ricadere su Emily. Tommy Gibbs e il capo della polizia di Boston accusano Emily, mentre lei e Nick vanno alla ricerca dell'agente dell'FBI che ha indotto il testimone a mentire. Emily sospetta che lo stesso agente è anche coinvolto nel suo rapimento.

Le prove a carico di Emily non possono essere ignorate dall'FBI e dalla polizia di Boston, e le viene chiesto di costituirsi. Nel frattempo vecchi ricordi riaffiorano tra Emily e Nick. Emily decide di allontanarsi da Nick e provare a risolvere definitivamente i misteri che le hanno rovinato la vita.

Mentre Emily si avvicina alla risoluzione del mistero del suo rapimento, Nick non si dà pace, cercando Alice e Flynn. Le loro indagini li distruggeranno?