Спустя 6 лет агенту ФБР Нику Дюрану в день убийства его жены Эмили Бирн ночью звонит серийный убийца Конрад Харлоу и говорит, что Эмили ещё жива. Специальная команда ФБР во главе с Ником отправляются на указанный адрес и находят Эмили в баке, заполненным водой из реки, в которой утром было найдено неизвестное тело. Проходит пару дней, и Эмили решает вернуться к семье. Но Ник уже женат на другой женщине, а её родной сын не воспринимает её как мать. Исследуя исчезновение Эмили, Ник обнаружил связь между ней и секс-торговцем Робертом Семеровым, который испытывает негативные чувства к Эмили. Когда ФБР следит за секс-торговцем, подозрение внезапно падает на Эмили.

Конрад Харлоу освобождается из тюрьмы, так как Эмили была найдена живой. В это время к детективу Томми Гиббсу приходит загадочный свидетель, который утверждает, что Роберта Семерова убила именно Эмили 2 недели назад. Все подозрения Эмили отрицает и говорит, что свидетель ложный. Ник и его напарник следят за свидетелем и узнают её настоящую личность. Во время погони за её напарником, тот говорит, что этот свидетель обмывал деньги и для Семерова, и для подставного агента ФБР.

Конрад Харлоу мёртв, и вновь все подозрения падают на Эмили. Начальник полиции Бостона приказывает Томми арестовать её. Ник и Эмили продолжают искать продажного агента ФБР, которым возможно оказывается Адам Радфорд. Эмили уверена, что именно он стоит за её похищением

Доказательства виновности Эмили становятся всё более вескими, и Нику приказано отвести её под стражу. Эмили просит заскочить в отель и забрать вещи, но между бывшими супругами разгораются старые чувства. Эмили решает, что лучше ей стоит сбежать и самой разгадывать эту тайну. Она похищает Адама, который рассказывает, что именно он сливал всю информацию Семерову о его деле. Когда ФБР находят их, Эмили убегает, а Адама убивает загадочный человек.

Проникая к психологу ФБР, Эмили вспоминает времена своего пребывания в детском доме и дерево с глазом, где она играла в детстве. Она решает вернутся в этот лес и найти это дерево. Об этом узнают ФБР и следуют за ней. Когда Эмили приезжает к назначенному месту, она находит закопанный скелет, но ей приходится быстро убегать от ФБР и убегать через реку. Эмили решает спрятаться от преследователей в машине дальнобойщика, но водитель грозится её убить.

Дальнобойщик решает помочь Эмили и довозит её до Бостона. Там она проникает в квартиру Джека, её брата, где в его ноутбуке обнаруживает жёсткое БДСМ порно и переписку со своей любовницей в стиле Роберта Семерова. Услышав крики, соседка Джека вызывает полицию. С ними приезжает Томми и конфискует ноутбук. Эмили следит за братом и узнаёт, что его любовница работает в клубе Семерова. Она проникает в клуб и расспрашивает девушку про их отношения с Джеком. Но охрана прерывает разговор и пытается убить Эмили. Им удаётся только подстрелить её. Раненая Эмили приезжает на могилу своей матери, где просит Джека встретиться с ним в последний раз.

Раненая Эмили приходит в себя, и видит своего брата Джека, который сообщает ей, что вытащил пулю, которой она была ранена. Эмили, обнаружившая кардиостимулятор в захоронении в лесу, просит брата узнать информацию о производителе. Эмили понимает, что человек, имеющий отношение к кардиостимулятору, также имеет отношение как к приюту, где в детстве жила Эмили, так и к ее похищению. Данным человеком, оказывается врач, некоторое время работавший в том приюте. Эмили узнает шокирующую правду об экспериментах, которые этот врач ставил над детьми. Ник, посещая сына и Элис, не обнаруживает их в доме сестры Элис, но находит там телефон с записью от Эмили, которая говорит что еще жива, и скоро они будут вместе.

Элис и Флинн приходят в себя в незнакомом им помещении. Тем временем Эмили узнает имя одного из подопытных участников экспериментов. Ник думая, что Эмили причастна к похищению Элис и Флинна, обращается к ней через телевидение. Эмили проникает в психиатрическую клинику, где в настоящее время содержится этот человек и пытается у него узнать имя второго объекта опытов. Эмили завладевает дневником этого человека. При попытке сбежать Эмили ловит Ник, и просит ее вернуть Элис и Флинна. Эмили спрашивает его, как он мог подумать, что она причинит вред Флинну. Чтобы уйти, Эмили вынуждена выстрелить в Ника.

Эмили с дневником Чарльза сбегает от Гиббса, преследующего ее. Изучая дневник,Эмили выходит на фирму, производящую аквариумы. Эмили просит брата узнать адрес офиса этой фирмы и имя заказчика того аквариума, в котором ее нашли. В здании, где ранее располагался офис,Эмили находит фотографию дома, рядом с которым находит вход в катакомбы. Найдя данную фотографию,Эмили звонит Нику и просит его приехать одного, так как большое количество полиции может привести к смерти Элис и Флинна. Тем временем Элис приходит в себя, и не находит Флинна. Используя пружину от матраса,Элис выбирается из данной комнаты и находит Флинна, который заперт в баке, который заполняется водой. Элис освобождает Флинна из бака. При попытке сбежать неизвестный в маске стреляет в Элис усыпляющим дротиком.

Эмили пробирается по катакомбам и некто в маске подкарауливает ее и стреляет в нее усыпляющим средством.Эмили приходит в себя в неизвестном помещении и видит контуры человеческого тела, находящегося под простыней на прикованной к стене койке. Эмили стягивает простыню и к своему ужасу видит Элис. Пытаясь ее разбудить, Эмили приводит в действие систему, используя которую данную комнату может видеть их похититель. Похититель говорит Эмили, что именно Эмили должна была стать объектом опытов, но воспитываясь в приюте Эмили поменяла данные в двух делах о детях. Похититель снимает маску и Эмили видит Лори Колсон, чье настоящее имя Логан Брент, которая все рассказывает Эмили. Также Лори по видео показывает Эмили комнату для опытов, где в закрытом баке находится Флинн. Лора говорит Эмили, что для того чтобы спасти Флинна, Эмили должна задушить Элис. Эмили не может пойти на это. В этот момент их находит Ник, вместе они освобождают Флинна из бака. При попытке покинуть катакомбы Лори стреляет в Ника, ранив его. Эмили прикрывает их отход из катакомб и выбегает оттуда в лес, где прячется Лори, которая с целью убийства вновь стреляет в Ника. Между Эмили и Лори завязывается борьба, в результате которой Эмили в порядке самообороны убивает Лори. В результате все обвинения с Эмили сняты, и она получает предложение вернуться к работе в ФБР.