בפרק הראשון אנחנו רואים כיצד נשיכת עכביש משנה את פיטר פארקר, ומעניקה לו כוחות-על מופלאים. אנו מצטרפים אליו כשהוא מנסה לגלות מה הוא מסוגל לעשות בעזרת כוחותיו החדשים.

פיטר מגלה שהדודה מיי מתקשה לשלם את שכר-הלימוד שלו לתיכון "הורייזון". הוא מחפש עבודה נוספת כדי לעזור לה בזמן שהוא משפר את תלבושת-הספיידרמן שלו, ונתקל בתעלומה לא קטנה.

נורמן אוסבורן, אביו של הארי, פותח את בית-הספר החדש שהקים כדי להתחרות בתיכון "הורייזון", ותהליך המיונים נעשה מסוכן ביותר כשהוא מעודד צמד נערים להתחרות זה בזה על מקום פנוי אחד בבית-הספר.

ספיידרמן רודף אחרי החתולה השחורה, שמביאה לו מזל רע במיוחד, וזה משפיע על חייו כספיידרמן הלוחם בפשע וגם כפיטר פארקר, שנאלץ לזגזג בין הלימודים, העבודה והחברים.

ריימונד וורדן מנסה להוכיח את יכולתו לנורמן אוסבורן ולהציג לו את פריצת הדרך שעשה בתחום הכלאת הדנ"א, על חשבונו של אלכסיי סיטסביץ', שנהפך לקרנף. בינתיים חלה התפתחות בדבר ההאשמות נגד הארי.

ספיידרמן פוגש את פלינט מרקו, איש-החול, שמנסה להציל את בתו קימיה מהמאפיונר "ראש-פטיש", בזמן שה-וי-252 נעשה לא-יציב יותר ויותר.

פיטר צובר יותר ויותר ביטחון עצמי בזכות חליפת ה-וי-252 בזמן שנורמן אוסבורן משחרר את אדריאן טומס מהכלא ומגייס אותו לצוות-המורים של אקדמיית אוסבורן.

מיילס ננשך על ידי עכביש שהונדס גנטית ומקבל כוחות-על הדומים מאוד לאלו של ספיידרמן. בהתחלה הוא חושב שמדובר בעבודה קלה, אבל כשקוטלי-העכביש רודפים אחריו, הוא מבין שיש לו הרבה ללמוד.

קרייבן הצייד מגיע לניו יורק כדי לצוד את אנשי-העכביש - פיטר פארקר ומיילס מוראלס, וכדי לתעד את זה בשידור חי לתוכנית-הריאליטי שלו.

איש-זאב מסתורי מופיע בליל-ההאלווין, וספיידרמן והאלק מאחדים כוחות כדי להביס אותו.

רנדי מקלין, עבריין קטן, נתקל בכפפה הקריוגנית שפיטר והארי יצרו, ומשתמש בה כדי להשליט פחד מושלג בניו יורק. ספיידרמן יוצא לעצור אותו, אבל מבין שעליו להתאים את התלבושת שלו לסביבה הקרה.

ספיידי נתקל ביצור ענקי שלובש את חליפת-הסימביוט. בזמן שהוא נלחם בו הוא מנסה להבין מי הוא, וחשוב יותר - איך לעצור אותו.

ספיידרמן נלחם באיש הסופג ומשיג ממנו כונן נשלף, ובו פרטים מפלילים במיוחד על הבוס שלו, ראש-פטיש, בזמן שלזירת גיבורי-העל נכנסת שחקנית חדשה: המשוגעת.

קרימזון דינמו תוקפת את תיכון "הורייזון", ומנסה לשים את ידיה על אחת ההמצאות הסודיות של דוקטור אוטו אוקטביוס. בזמן המתקפה אוטו מעורב בתאונה, והיא תשנה אותו לתמיד.

ספיידי מזמין את האוקטופוס לסייר ברחובות איתו ועם קיד ארקניד, אך עד מהרה מתברר שאוטו הוא לא שחקן קבוצתי.

פיטר מבלה יום באקדמיית אוסבורן בתקווה למצוא רמז שישכנע את הארי שאביו רוצה לחסל את ספיידרמן.

כשספיידרמן מגלה שהתן שנכלא הוא רק שיבוט - פיטר, הארי וגוון חוקרים את עבודתו של ריימונד. כשנורמן אוסבורן בא כדי לעצור את התן אחת ולתמיד, אוטו אוקטביוס בוגד בנורמן.

אחרי הפיצוץ במידטאון, חליפת-ההסוואה של פיטר ושל מיילס נגנבת, והחשודים העיקריים הם הארי - שמבקש לנקום בשמו של אביו, וגוון - שעוברת שינוי מסתורי בעקבות הפיצוץ.

ספיידרמן וספיידר-גוון נלחמים בקרוסבונס. הם לוקחים ממנו את מפתח הוויברניום וחושפים את התוכנית של "הידרה" לשדוד את בנק-הוויברניום הלאומי. בינתיים כל תושבי מנהטן מקבלים כוחות-עכביש.

לאחר התפשטות וירוס העכבישים ברחבי ניו יורק, גוון, שהפכה לגיבורת-על, עוברת כמה שינויים נוספים ומטרידים למדיי. ההתפתחויות האחרונות מושכות העירה יריב מוכר של ספיידרמן: קרייבן הצייד.

פיטר והארי ממשיכים להילחם במפלצות העכביש, בזמן שאניה מנסה לסנתז תרופה שתחזיר אותן להיות בני-אדם. הקרב לוקח אותם אל בניין אוסקורפ, שם הם מגלים מי באמת שולט במפלצות העכביש.

לאחר שהם מחלצים את נורמן אוסבורן, בני החבורה ממשיכים את המלחמה בתן ובמפלצות העכביש שלו, ובד בבד מנסים למצוא תרופה עבור תושבי ניו יורק.

כשדוק אוק חוטף את מקס מודל, ספיידרמן צריך לנצח את חברי הצוות החדש שלו בזה אחר זה על מנת להציל את מודל. במקביל, הארי מנסה למצוא תרופה עבור אביו ונוקט אמצעים נואשים.

פיטר והארי משתפים פעולה היטב בתור ספיידרמן וההובגובלין וממשיכים לאסוף את יתר חברי "חמשת הרשעים", אבל התפתחות לא צפויה מעוררת בפיטר דאגה בנוגע למצב הבריאותי של חברו הטוב ביותר.